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日光海

铜虫 (小有名气)

[求助] Red敲除,如何消除或降低假阳性

小弟最近做Red敲除,做了5个月了。最近遇到的问题是,敲除后12h内没长,24h后长出很小的单菌落,鉴定全是假阳性。
操作如下:平板挑单菌落(假单胞菌,L-阿拉伯糖-)接25ml(50mL管子)LB,四环素(pRKaraRed质粒)浓度12.5μg过夜培养做种子液。第二天早晨,1:100接种到新鲜LB+四环素12.5μg,加入0.2%的L-阿拉伯糖。培养至OD=0.4~0.5,冰浴菌液30min,然后离心浓缩,预冷超纯水洗涤四次,预冷10%甘油洗涤四次,200μL10%甘油重悬,取100μL+1μg打靶片段(来自pk18mobsacB),2500V,200Ω,2.5μF,电击时间显示5.1ms,加入室温LB 1mL,30℃孵育2~3h,离心,浓缩后全部涂板四环素+卡那(均10μg)平板,结果24h后才长出来一些小菌落,鉴定全是假阳性。
求大神赐教,为什么会出现这些假阳性?麻烦有经验的虫友支招怎么去除或减少假阳性?
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周老湿
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stogqy

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 日光海 at 2017-11-16 10:15:19
后续尝试过这个方案,未解决。转而用同源臂质粒的老方案成功敲除了...

请问你做的是恶臭假单胞菌吗?我最近做敲除也遇到类似问题,特别头疼,能不能交流一下?
4楼2018-08-22 09:56:05
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stogqy

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 日光海 at 2018-08-23 09:18:18
我做的是香鱼假单胞菌,16S鉴定为恶臭假单胞菌,他们两分类地位很近,16S序列一致。...

我现在用的是经典法,通过自杀包含同源臂的自杀质粒进行敲除,但是只能得到单次交换的菌,一直无法拿到二次重组菌。请问你是怎么解决的呢?有没有联系方式加一下?我是上海交大的。。。
7楼2018-08-26 21:51:26
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stogqy

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 日光海 at 2018-08-27 08:13:39
顺带说一下,我是波大的~...

哎呀,之前放暑假回家了,没看到不好意思。我现在遇到的情况就是同源臂能单交换整合上去,但是质粒骨架掉不能通过二次交换掉下来~~
10楼2018-09-07 16:17:15
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stogqy

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by 日光海 at 2018-09-08 09:05:42
相当于你是做两次单筛选,第一次抗性平板验证单交换,第二次用致死物质进行反筛选,这样第二个平板上能长的菌要不就是敲除株,要不就是回复突变株,理论上来说,这两者比例应该是1:1。建议加大样本量,得到更多第 ...

理论上是这样的啊,可实践起来真坑!不过不知道哪里飘来的运气,昨天好像拿到了一个二次重组菌,初步验证了,准备明天做测序看看。
12楼2018-09-08 14:20:39
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