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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 测序得到的序列分析
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落木风声

金虫 (正式写手)

[求助] 测序得到的序列分析 已有2人参与

请问各位前辈，PCR产物测序得到的序列都是怎么处理的，用什么软件，怎么比对，对于序列中的插入、缺失等情况都是怎么处理的啊？
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这世上一定存在着某些美好值得我们为之奋战到底
1楼 2015-09-20 20:41:54
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baichi121234

禁虫 (职业作家)
本帖内容被屏蔽
2楼2015-09-20 20:43:19
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书生的哥哥啊

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这种软件多了去了，我常用DNAMAN和NTI

发自小木虫Android客户端
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3楼2015-09-20 21:05:19
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反应链

新虫 (正式写手)
DNA测序数据abi文件，使用Vector NTI Explorer

1. 在任务栏“Assemble"下拉菜单选择”Open New Assembly Project"

2. 在新窗口的“project”下拉菜单选择“Add Fragements"里的”From ABI file"
测序得到的序列分析
open abi files.png
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4楼2015-09-21 13:53:34
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反应链

新虫 (正式写手)
ABI文件打开后，根据测序峰图质量剪除两端序列信号不好的序列或者载体序列
测序得到的序列分析-1
cutting plasmids sequence.png
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5楼2015-09-21 14:10:37
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反应链

新虫 (正式写手)
依据上述步骤处理冗余序列后，与参考序列比对，或者3个单克隆（生物重复）测序结果比对。

1. 选定列表中的三个序列文件

2. 选任务栏“Align"下拉菜单的”Align Selected Sequences“即可。

3. 对于InDel，首先返回查看ABI文件测序峰图，看是否误读所致。如果峰图碱基数据很好，那与参考序列相比很可能就存在这样的InDel
测序得到的序列分析-2
Vector NTI Align.png
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6楼2015-09-21 14:39:22
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Even宁宁宁

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用Chromas Pro查看序列峰图，楼上给的方法很好。
其次就是用DNA Star进行拼接，如果返回的序列是拼接好了的，那么可以略过这一步。
再接下来用Clustal X2进行序列比对，个人感觉很好用，可以精确到每一个碱基是否正确。
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7楼2015-09-21 14:58:48
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