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落木风声

金虫 (正式写手)

[求助] 测序得到的序列分析 已有2人参与

请问各位前辈,PCR产物测序得到的序列都是怎么处理的,用什么软件,怎么比对,对于序列中的插入、缺失等情况都是怎么处理的啊?
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生化分子 序列分析

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baichi121234

禁虫 (职业作家)

本帖内容被屏蔽

2楼2015-09-20 20:43:19
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书生的哥哥啊

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这种软件多了去了,我常用DNAMAN和NTI

发自小木虫Android客户端
3楼2015-09-20 21:05:19
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反应链

新虫 (正式写手)

DNA测序数据abi文件,使用Vector NTI Explorer

1. 在任务栏“Assemble"下拉菜单选择”Open New Assembly Project"

2. 在新窗口的“project”下拉菜单选择“Add Fragements"里的”From ABI file"
测序得到的序列分析
open abi files.png

4楼2015-09-21 13:53:34
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反应链

新虫 (正式写手)

ABI文件打开后,根据测序峰图质量剪除两端序列信号不好的序列或者载体序列
测序得到的序列分析-1
cutting plasmids sequence.png

5楼2015-09-21 14:10:37
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反应链

新虫 (正式写手)

依据上述步骤处理冗余序列后,与参考序列比对,或者3个单克隆(生物重复)测序结果比对。

1. 选定列表中的三个序列文件

2. 选任务栏“Align"下拉菜单的”Align Selected Sequences“即可。

3. 对于InDel,首先返回查看ABI文件测序峰图,看是否误读所致。如果峰图碱基数据很好,那与参考序列相比很可能就存在这样的InDel
测序得到的序列分析-2
Vector NTI Align.png

6楼2015-09-21 14:39:22
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Even宁宁宁

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用Chromas Pro查看序列峰图,楼上给的方法很好。
其次就是用DNA Star进行拼接,如果返回的序列是拼接好了的,那么可以略过这一步。
再接下来用Clustal X2进行序列比对,个人感觉很好用,可以精确到每一个碱基是否正确。
7楼2015-09-21 14:58:48
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