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爱起点

新虫 (初入文坛)

[交流] PCR产物大小比引物距离大很多,什么原因

如图,最左边是DL500maker,最上面是500pb,间隔100bp吗,maker右边三个是三个引物P出来以后的结果,第一条不太明显,大概450bp左右,第二个有两条带,第三个大概400bp左右,现在的问题是,我用的NCBI在线设计的引物,三个引物的产物大小应该是145bp,138bp,172bp,现在pcr产物的大小明显大很多,这是什么原因,请各位大侠多多指教。

PCR产物大小比引物距离大很多,什么原因
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铁拳虎

至尊木虫 (知名作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
祝楼主万事顺意,心想事成,羊年发大财!!!
2楼2015-08-23 20:29:05
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我是鱼豆腐

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-08-23 22:54:22
首先,是marker不是maker...
你的marker跑出来的也不是很亮啊,你先改进一下你的电泳条件,该洗的都先洗干净换一换,然后才能判断是引物还是模板问题
3楼2015-08-23 21:21:31
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爱起点

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 我是鱼豆腐 at 2015-08-23 21:21:31
首先,是marker不是maker...
你的marker跑出来的也不是很亮啊,你先改进一下你的电泳条件,该洗的都先洗干净换一换,然后才能判断是引物还是模板问题

不是电泳的问题,谢谢。
4楼2015-08-24 09:01:14
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hanyu426980

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引物特异性不高,最好blast一下你的引物和你的模板序列
5楼2015-08-24 11:15:31
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小猪猪123456

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-08-27 22:59:04
爱起点: 金币+1, 谢谢 2015-08-29 21:19:34
可能是你引物设计不太正确,方便给一下序列么? 导致扩出来的PCR产物不是你想要扩增的目的基因。至于中间第二泳道出现了两条带,只能说明,你的产物不纯。第一条带没有说明你要么点样出了问题,要么是你的PCR引物不正确,导致不能扩增出产物。第三条带不那么清晰,可能是聚合酶加少了或者是聚合酶活性较低,或者是dNTP的量过少等等。终其原因,最好先重新设计一下引物,然后一步步重新认真做!祝君成功!
6楼2015-08-27 21:15:14
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爱起点

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 小猪猪123456 at 2015-08-27 21:15:14
可能是你引物设计不太正确,方便给一下序列么? 导致扩出来的PCR产物不是你想要扩增的目的基因。至于中间第二泳道出现了两条带,只能说明,你的产物不纯。第一条带没有说明你要么点样出了问题,要么是你的PCR引物不 ...

不好意思,序列不能提供。我从新设计了四对引物,跑胶结果依然不理想,目的片段150左右,跑出来600左右,无解了。
7楼2015-08-28 14:55:38
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Snow_amy

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
建议你设计引物的时候除了要扩增的片段外,上下游各加3kb的序列,这样设计出来的非特异性会少很多~
8楼2015-08-29 15:11:07
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爱起点

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by Snow_amy at 2015-08-29 15:11:07
建议你设计引物的时候除了要扩增的片段外,上下游各加3kb的序列,这样设计出来的非特异性会少很多~

怎么加序列,全部长度不到1kb
9楼2015-08-29 21:20:12
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