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小情绪你不懂

金虫 (小有名气)

[求助] PCR后跑琼脂糖电泳有DNA条带、为什么跑DGGE胶没有任何条带??(加样20微升)已有1人参与

如题、希望大神指点啊~~
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lance-tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-07-30 23:24:13
1.PCR图片,以及扩增程序,体系,麻烦告知不然没办法分析
2.看你的目的片段是否大于500,如果大于500效果会较差
3.检查下你的DGGE凝胶是否过期
4.是否选择了正确的梯度
新手入门求各位大神指导
2楼2015-07-28 09:30:55
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小情绪你不懂

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lance-tan at 2015-07-28 09:30:55
1.PCR图片,以及扩增程序,体系,麻烦告知不然没办法分析
2.看你的目的片段是否大于500,如果大于500效果会较差
3.检查下你的DGGE凝胶是否过期
4.是否选择了正确的梯度

PCR 反应体系25微升;PCR反应程序:94度预变性5min,35个循环(94度,1min,56度,30s,72度,1min),最终72度延伸7min;产物经1.2%琼脂糖电泳检测;
我的目的片段大概是450bp;
DGGE所有试剂都木有过期,同一块胶同门都跑出来了(所有操作均一样,样品我的是羊肉,他的是牛肉,但目的片段大概都是450bp);
DGGE胶是43%-58%,浓缩胶为8%;
谢谢哈~~
PCR后跑琼脂糖电泳有DNA条带、为什么跑DGGE胶没有任何条带??(加样20微升)
IMG_20150725_181803.jpg

3楼2015-07-28 10:15:48
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feng37ye

新虫 (初入文坛)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-30 23:24:38
来交流的。产物浓度不高,若是加了loading buffer后上样20的话样品太少。如果DGGE上样空有亮带的话也可能没有条带。请问DGGE跑了多久?会不会是染色的问题?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2015-07-28 16:26:05
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lance-tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 小情绪你不懂 at 2015-07-28 10:15:48
PCR 反应体系25微升;PCR反应程序:94度预变性5min,35个循环(94度,1min,56度,30s,72度,1min),最终72度延伸7min;产物经1.2%琼脂糖电泳检测;
我的目的片段大概是450bp;
DGGE所有试剂都木有过期,同一块 ...

1.产物浓度不够,对后续DGGE影响较大
2.看下面都有引物二聚体了,可以适当增加模板浓度,提高一点退火温度试试看
建议把产物浓度调节好再上样,不然也是浪费时间。
新手入门求各位大神指导
5楼2015-07-29 10:34:38
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小情绪你不懂

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by feng37ye at 2015-07-28 16:26:05
来交流的。产物浓度不高,若是加了loading buffer后上样20的话样品太少。如果DGGE上样空有亮带的话也可能没有条带。请问DGGE跑了多久?会不会是染色的问题?
...

这个是琼脂糖电泳、DGGE 加完样200v 10min 后85v14个小时

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2015-07-29 16:24:55
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feng37ye

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 小情绪你不懂 at 2015-07-29 16:24:55
这个是琼脂糖电泳、DGGE 加完样200v 10min 后85v14个小时
...

这样看没什么问题。找到原因了吗?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
7楼2015-07-30 09:59:38
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小情绪你不懂

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by feng37ye at 2015-07-30 09:59:38
这样看没什么问题。找到原因了吗?
...

木有呢、重新提DNA了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
8楼2015-07-30 19:19:26
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小情绪你不懂

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lance-tan at 2015-07-29 10:34:38
1.产物浓度不够,对后续DGGE影响较大
2.看下面都有引物二聚体了,可以适当增加模板浓度,提高一点退火温度试试看
建议把产物浓度调节好再上样,不然也是浪费时间。...

现在退火温度12℃、低了么

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
9楼2015-07-30 19:20:13
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铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 小情绪你不懂 at 2015-07-30 19:20:13
现在退火温度12℃、低了么
...

您好 你的上述问题解决了吗 我的实验也出现如此类问题 pcr产物有明显的亮带 但是DGGE条带很少或者没有  憧憬你的答复 谢谢
10楼2016-04-21 11:09:21
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