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朱庆平

铜虫 (小有名气)

[求助] 真核生物是否有基因没有内含子 已有7人参与

本人从NCBI找到一目的基因mRNA的全序列,分别根据该序列的CDS从起始密码子和终止密码子处设计了一对上下游引物;再根据该基因的5’和3’段UTR设计了一对引物;以基因组DNA为模板,进行了两轮扩增,扩增结果见图;第一轮扩增基本上无结果,而第二轮扩增以第一轮的PCR反应液为模板,使用了与第一轮同样的引物,条带清晰,请问为什么会这样呢?另外,从第二轮PCR的电泳图上可以看出,以DNA为模板,根据CDS序列设计的引物进行的PCR条带的大小为1300左右,这个大小与mRNA的CDS大小1331bp基本上一致的,那么问题是这个基因没有内含子吗?该基因是个核基因,其编码产物定位于质体或叶绿体上。另外,在UTR部分设计的上下游引物经两轮扩增出了两条带,500bp和800bp,加在一起也就1300bp左右,这与mRNA的1500bp全序列有出入,这又是为什么呢?

真核生物是否有基因没有内含子
DNA-FAD6-M3-C-U-第一轮-7.21.jpg


真核生物是否有基因没有内含子-1
DNA-FAD6-M3-U-C-第二轮-7.21.jpg
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-22 17:40:29
真核生物中确实有些基因没有内含子的,碰到过两个这样的基因。
2楼2015-07-22 16:45:59
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朱庆平

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-07-22 16:45:59
真核生物中确实有些基因没有内含子的,碰到过两个这样的基因。

你是做实验碰到的吗?还是看的文献啊?
3楼2015-07-22 18:03:40
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 朱庆平 at 2015-07-22 18:03:40
你是做实验碰到的吗?还是看的文献啊?...

做酶基因克隆表达时。
4楼2015-07-23 09:23:19
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朱庆平

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-07-23 09:23:19
做酶基因克隆表达时。...

额,你觉得有没有真核基因DNA的intron位于UTR与CDS之间的呢?
5楼2015-07-23 10:51:24
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夏夜微风

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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酿酒酵母就有很多基因没有内含子。
还未成熟,就已老去!
6楼2015-07-23 13:10:02
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朱庆平

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 夏夜微风 at 2015-07-23 13:10:02
酿酒酵母就有很多基因没有内含子。

我这个是植物基因,其产物定位于质体上。
7楼2015-07-23 13:22:57
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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5楼: Originally posted by 朱庆平 at 2015-07-23 10:51:24
额,你觉得有没有真核基因DNA的intron位于UTR与CDS之间的呢?...

很正常。UTR区域本身就包含好几个内含子的情况并不奇怪
8楼2015-07-23 20:31:32
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 朱庆平 at 2015-07-23 13:22:57
我这个是植物基因,其产物定位于质体上。...

根据内共生学说,质体的基因组更接近于原核生物。
9楼2015-07-23 20:33:42
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小泓杨

捐助贵宾 (初入文坛)

初出茅庐

【答案】应助回帖


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-25 22:14:42
首先,咱们是根据宏观的电泳来看待微观的问题。这样不可避免的出现不可解释的现象,还有,第一轮扩增都没有扩增出来,这本身就有问题。还有,这是你从NCBI中查到的额,而不是自己做的,即便是自己做的,有差错很正常。最好怎么样?多测几遍序,然后综合。如果实在不行,放弃吧。
中国的-boy 是一个缺心眼子!
10楼2015-07-25 19:52:45
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