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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 真核生物是否有基因没有内含子
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朱庆平

铜虫 (小有名气)

[求助] 真核生物是否有基因没有内含子 已有7人参与

本人从NCBI找到一目的基因mRNA的全序列，分别根据该序列的CDS从起始密码子和终止密码子处设计了一对上下游引物；再根据该基因的5’和3’段UTR设计了一对引物；以基因组DNA为模板，进行了两轮扩增，扩增结果见图；第一轮扩增基本上无结果，而第二轮扩增以第一轮的PCR反应液为模板，使用了与第一轮同样的引物，条带清晰，请问为什么会这样呢？另外，从第二轮PCR的电泳图上可以看出，以DNA为模板，根据CDS序列设计的引物进行的PCR条带的大小为1300左右，这个大小与mRNA的CDS大小1331bp基本上一致的，那么问题是这个基因没有内含子吗？该基因是个核基因，其编码产物定位于质体或叶绿体上。另外，在UTR部分设计的上下游引物经两轮扩增出了两条带，500bp和800bp，加在一起也就1300bp左右，这与mRNA的1500bp全序列有出入，这又是为什么呢？

真核生物是否有基因没有内含子
DNA-FAD6-M3-C-U-第一轮-7.21.jpg


真核生物是否有基因没有内含子-1
DNA-FAD6-M3-U-C-第二轮-7.21.jpg
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1楼 2015-07-22 16:11:18
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小泓杨

捐助贵宾 (初入文坛)

初出茅庐

【答案】应助回帖

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-25 22:14:42
首先，咱们是根据宏观的电泳来看待微观的问题。这样不可避免的出现不可解释的现象，还有，第一轮扩增都没有扩增出来，这本身就有问题。还有，这是你从NCBI中查到的额，而不是自己做的，即便是自己做的，有差错很正常。最好怎么样？多测几遍序，然后综合。如果实在不行，放弃吧。
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中国的-boy 是一个缺心眼子！
10楼2015-07-25 19:52:45
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-22 17:40:29
真核生物中确实有些基因没有内含子的，碰到过两个这样的基因。
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2楼2015-07-22 16:45:59
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朱庆平

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-07-22 16:45:59
真核生物中确实有些基因没有内含子的，碰到过两个这样的基因。

你是做实验碰到的吗？还是看的文献啊？
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3楼2015-07-22 18:03:40
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 朱庆平 at 2015-07-22 18:03:40
你是做实验碰到的吗？还是看的文献啊？...

做酶基因克隆表达时。
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4楼2015-07-23 09:23:19
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