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沙儿飞飞

铜虫 (初入文坛)

[求助] MS模型导入Lammps 已有2人参与

想将MS模型导入到lammps中，但msi2lmp好像只支持cvff和pcff力场，但这两个力场不包含我建模型中的Zn原子，所以就不能用这两个力场了吧，请问大神，我该怎样做才能将MS模型导入到lammps中。拜托啦
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科研，无处不在！
1楼 2015-07-15 08:32:36
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

Ergon

金虫 (著名写手)
没有那个文件夹。和目录，是你的路径不对吧。刚开始的几个转换是在win下操作的。那个网站我转换过，但是后来没具体用过。呃，你在脚本前加个  ./   也就是  ./VASP-poscar2lammps.awk f.POSCAR > f.lammps 试试。也许是这里的错误哦。
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认真生活
6楼2015-07-17 15:34:27
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普通回帖

Ergon

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
沙儿飞飞: 金币+7, ★有帮助 2015-07-15 19:59:56
这是个没有设置力场，只有坐标的，导入方法。不知道合适你不。
http://www.52souji.net/how-to-im ... ing-ms-into-lammps/
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认真生活
2楼2015-07-15 10:18:28
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沙儿飞飞

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Ergon at 2015-07-15 10:18:28
这是个没有设置力场，只有坐标的，导入方法。不知道合适你不。
http://www.52souji.net/how-to-import-the-model-built-using-ms-into-lammps/

你好，我按你给的网址试了一下，把脚本和vasp文件都复制到了/usr/bin目录下，并将脚本权限改为可执行，在终端运行命令的时候，一直提示“没有那个文件或目录”，不知是什么原因？能否帮忙解答一下？不胜感激！
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科研，无处不在！
3楼2015-07-15 19:36:10
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likehere

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 沙儿飞飞 at 2015-07-15 19:36:10
你好，我按你给的网址试了一下，把脚本和vasp文件都复制到了/usr/bin目录下，并将脚本权限改为可执行，在终端运行命令的时候，一直提示“没有那个文件或目录”，不知是什么原因？能否帮忙解答一下？不胜感激！...

你直接用Forcite算不就行了，还倒腾啥嘞
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4楼2015-07-16 17:19:43
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likehere

金虫 (小有名气)
你直接用Forcite算不就行了，还倒腾啥嘞
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5楼2015-07-16 17:20:26
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沙儿飞飞

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Ergon at 2015-07-17 15:34:27
没有那个文件夹。和目录，是你的路径不对吧。刚开始的几个转换是在win下操作的。那个网站我转换过，但是后来没具体用过。呃，你在脚本前加个  ./   也就是  ./VASP-poscar2lammps.awk f.POSCAR > f.lammps 试试。 ...

嗯，非常感谢，已经解决。不过转换出来的data文件只有原子的信息，没有键和键角的信息，这个该怎么解决呢？
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科研，无处不在！
7楼2015-07-18 08:12:07
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Ergon

金虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 沙儿飞飞 at 2015-07-18 08:12:07
嗯，非常感谢，已经解决。不过转换出来的data文件只有原子的信息，没有键和键角的信息，这个该怎么解决呢？...

键？角？你用的势函数需要键角的话得用ms2lmp那个工具了，不过我没弄成功，我做的是石墨烯，手动建立的坐标，手动加键角，我不会高大上的编程，就用excelll解决的。
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认真生活
8楼2015-07-18 10:36:15
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沙儿飞飞

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Ergon at 2015-07-18 10:36:15
键？角？你用的势函数需要键角的话得用ms2lmp那个工具了，不过我没弄成功，我做的是石墨烯，手动建立的坐标，手动加键角，我不会高大上的编程，就用excelll解决的。...

哦，我有两个疑问：①请问一下你的坐标和键角参数都是怎样得到的啊？②我做的是MOF材料，键和键角数目都比较多，如果手动加的话，工作量是不是太大了···
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科研，无处不在！
9楼2015-07-18 14:31:35
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橙子学术

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Ergon at 2015-07-18 10:36:15
键？角？你用的势函数需要键角的话得用ms2lmp那个工具了，不过我没弄成功，我做的是石墨烯，手动建立的坐标，手动加键角，我不会高大上的编程，就用excelll解决的。...

你好，我刚学着用MS，现在需要采用石墨烯片层建立有机层状空隙模型，还不知道怎么建立模型，求指教,或者发些相关的石墨烯片层建模资料，非常感谢！qq：1094275131@qq.com
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10楼2015-07-24 17:25:21
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