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汕头大学海洋科学接受调剂
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沙儿飞飞

铜虫 (初入文坛)

[求助] MS模型导入Lammps 已有2人参与

想将MS模型导入到lammps中,但msi2lmp好像只支持cvff和pcff力场,但这两个力场不包含我建模型中的Zn原子,所以就不能用这两个力场了吧,请问大神,我该怎样做才能将MS模型导入到lammps中。拜托啦
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Ergon

金虫 (著名写手)

没有那个文件夹。和目录,是你的路径不对吧。刚开始的几个转换是在win下操作的。那个网站我转换过,但是后来没具体用过。呃,你在脚本前加个  ./   也就是  ./VASP-poscar2lammps.awk f.POSCAR > f.lammps 试试。也许是这里的错误哦。
认真生活
6楼2015-07-17 15:34:27
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普通回帖

Ergon

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
沙儿飞飞: 金币+7, 有帮助 2015-07-15 19:59:56
这是个没有设置力场,只有坐标的,导入方法。不知道合适你不。
http://www.52souji.net/how-to-im ... ing-ms-into-lammps/
认真生活
2楼2015-07-15 10:18:28
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沙儿飞飞

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Ergon at 2015-07-15 10:18:28
这是个没有设置力场,只有坐标的,导入方法。不知道合适你不。
http://www.52souji.net/how-to-import-the-model-built-using-ms-into-lammps/

你好,我按你给的网址试了一下,把脚本和vasp文件都复制到了/usr/bin目录下,并将脚本权限改为可执行,在终端运行命令的时候,一直提示“没有那个文件或目录”,不知是什么原因?能否帮忙解答一下?不胜感激!
科研,无处不在!
3楼2015-07-15 19:36:10
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likehere

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 沙儿飞飞 at 2015-07-15 19:36:10
你好,我按你给的网址试了一下,把脚本和vasp文件都复制到了/usr/bin目录下,并将脚本权限改为可执行,在终端运行命令的时候,一直提示“没有那个文件或目录”,不知是什么原因?能否帮忙解答一下?不胜感激!...

你直接用Forcite算不就行了,还倒腾啥嘞
4楼2015-07-16 17:19:43
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likehere

金虫 (小有名气)

你直接用Forcite算不就行了,还倒腾啥嘞
5楼2015-07-16 17:20:26
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沙儿飞飞

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by Ergon at 2015-07-17 15:34:27
没有那个文件夹。和目录,是你的路径不对吧。刚开始的几个转换是在win下操作的。那个网站我转换过,但是后来没具体用过。呃,你在脚本前加个  ./   也就是  ./VASP-poscar2lammps.awk f.POSCAR > f.lammps 试试。 ...

嗯,非常感谢,已经解决。不过转换出来的data文件只有原子的信息,没有键和键角的信息,这个该怎么解决呢?
科研,无处不在!
7楼2015-07-18 08:12:07
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Ergon

金虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 沙儿飞飞 at 2015-07-18 08:12:07
嗯,非常感谢,已经解决。不过转换出来的data文件只有原子的信息,没有键和键角的信息,这个该怎么解决呢?...

键?角?你用的势函数需要键角的话得用ms2lmp那个工具了,不过我没弄成功,我做的是石墨烯,手动建立的坐标,手动加键角,我不会高大上的编程,就用excelll解决的。
认真生活
8楼2015-07-18 10:36:15
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沙儿飞飞

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by Ergon at 2015-07-18 10:36:15
键?角?你用的势函数需要键角的话得用ms2lmp那个工具了,不过我没弄成功,我做的是石墨烯,手动建立的坐标,手动加键角,我不会高大上的编程,就用excelll解决的。...

哦,我有两个疑问:①请问一下你的坐标和键角参数都是怎样得到的啊?②我做的是MOF材料,键和键角数目都比较多,如果手动加的话,工作量是不是太大了···
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9楼2015-07-18 14:31:35
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橙子学术

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by Ergon at 2015-07-18 10:36:15
键?角?你用的势函数需要键角的话得用ms2lmp那个工具了,不过我没弄成功,我做的是石墨烯,手动建立的坐标,手动加键角,我不会高大上的编程,就用excelll解决的。...

你好,我刚学着用MS,现在需要采用石墨烯片层建立有机层状空隙模型,还不知道怎么建立模型,求指教,或者发些相关的石墨烯片层建模资料,非常感谢!qq:1094275131@qq.com
10楼2015-07-24 17:25:21
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