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其咕隆冬

新虫 (初入文坛)

[求助] 水样提取总DNA求助 已有4人参与

想从采的地表水中提取总DNA,但是水样中的微生物量应该比较低,水样也不是很多只有200多毫升。请问大神,要提取总DNA的话大概要用多少水?怎样提取效率比较高?先37℃摇24小时,微生物量会增加么?
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你可以把水样过滤下,生物都在膜上了

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-07-09 21:00:03
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lemian

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用0.2微米滤膜“抽滤”水样即可。微生物会截留在滤膜上,滤膜要冷冻保存,用的时候在无菌操作台里将滤膜剪成小碎片放入灭菌离心管待提取DNA。水样如果用于提取DNA,采样后需尽快过滤,如不能立即过滤,水样应冷藏,在几小时内完成过滤,所以你说培养是万万不行的。抽滤多少水要看情况,水体营养程度较低需多过滤些,较高可少过滤些。地表水一般情况下200 mL也是可以的,你过滤完以后提取下DNA,测下浓度,一般至少需要浓度在20 ng/uL以上,否则很难进行下游实验,例如PCR。你可以用试剂盒提取DNA,效率还是比较高的。建议你多看下相关文献!

http://www.nature.com/ismej/jour ... l/ismej201529a.html
10楼2015-07-11 14:56:13
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普通回帖

biolinker

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议用0.22um的滤膜进行过滤处理。
3楼2015-07-10 13:16:11
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
其咕隆冬: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-07-11 11:56:15
看过人家做环境的人都是抽滤十几升上百升的水到几张滤膜上,然后才提取DNA的。
4楼2015-07-10 14:20:14
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其咕隆冬

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fengjunchen at 2015-07-10 14:20:14
看过人家做环境的人都是抽滤十几升上百升的水到几张滤膜上,然后才提取DNA的。

谢谢,这样的话我的水样根本不够啊
5楼2015-07-11 11:56:42
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其咕隆冬

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by biolinker at 2015-07-10 13:16:11
建议用0.22um的滤膜进行过滤处理。

请问知道大概要对多少水样进行过滤么
6楼2015-07-11 11:58:01
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 其咕隆冬 at 2015-07-11 11:56:42
谢谢,这样的话我的水样根本不够啊...

我是说做环境的……多关注环境中微生物的群落分布什么的。既然你的样品有一定限制,那么只能根据你的研究目的采取些别的方法了。培养法会破坏菌落结构,很大一部分菌是培养不出来的,如果这些弊端对你的研究目的没啥影响的话,那是可以使用的。

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2015-07-11 12:14:40
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其咕隆冬

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by fengjunchen at 2015-07-11 12:14:40
我是说做环境的……多关注环境中微生物的群落分布什么的。既然你的样品有一定限制,那么只能根据你的研究目的采取些别的方法了。培养法会破坏菌落结构,很大一部分菌是培养不出来的,如果这些弊端对你的研究目的没 ...

我就是做环境的,就是要关注微生物的群落分布的
8楼2015-07-11 13:44:28
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szjjade

金虫 (小有名气)

听水生所做浮游的,一般的湖泊采集1,2升水即可.去西藏做,则是开水泵抽水24小时,抽上来的水全部过滤网。楼主参考

[ 发自小木虫客户端 ]
9楼2015-07-11 14:03:56
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