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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 有做过SNP检测的吗？请进啊
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xcchh

银虫 (小有名气)

[求助] 有做过SNP检测的吗？请进啊 已有5人参与

有做过SNP检测的吗？采用的是Taqman MGB 还是 高分辨率熔解曲线的方法？哪种比较主流，检测更为准确？
还望知无不言言无不尽啊，欢迎交流
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1楼 2015-06-30 13:19:45
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wsad5213

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我做SNP的，但是我直接送去生工测序，然后再分析突变位点，最后分析单倍型什么的
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2楼2015-06-30 16:11:37
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xcchh

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wsad5213 at 2015-06-30 16:11:37
我做SNP的，但是我直接送去生工测序，然后再分析突变位点，最后分析单倍型什么的

哦，好吧，那不是通过荧光PCR分析吗？
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3楼2015-06-30 16:25:10
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Libra-z

银虫 (小有名气)
没做过，了解过一些……高分辨熔解曲线很准确，但仪器是专门的仪器，很贵，一半实验室没有吧……

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2015-06-30 17:15:31
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wsad5213

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xcchh at 2015-06-30 16:25:10
哦，好吧，那不是通过荧光PCR分析吗？...

那边测序后会有峰值图，根据峰值图可以分析出某一位点是发生什么突变（突变处会出现双峰），并且知道这个突变是哪种突变！我是这样分析的！溶解曲线的分析方法跟我这种类似，只不过曲线不一样吧，你的量大么？如果不是很多的话还是直接测序把，省钱省时
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5楼2015-06-30 20:53:03
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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xcchh: 金币+10 2015-07-02 13:22:14
我们这边做过SNP位点筛选，现实使用的HRM，高技术对各方面要求都比较高，我们用的仪器是罗氏的lightcycle96，用的荧光染料是LC Green，做了很多次，发现重复性不太好，而且对模板要求很高，聚合酶也必须是高保真，如果你做的是高通量，可以尝试用HRM，如果量少建议采用测序的方法。谢谢！
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没有做不到，只有想不到！
6楼2015-06-30 21:42:11
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starseeker

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我做过Taqman-MGB探针，因为Taqman探针的长度一般在20bp内，如果你只是检测少数集中的SNP位点，Taqman探针是个不错的方法……合成2OD的探针大约2000~2500元。
但是如果样品少且SNP位点分布很分散，建议直接测序分析。
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7楼2015-07-01 08:29:01
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易水秋寒

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
正在做SNP检测，以前用过HRM，效果还不错，目前正在研讨新方法。。。
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8楼2015-07-01 14:15:13
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小小逍遥人

金虫 (正式写手)

张斌猪
这个最准确的是测序法，但是这个价格比较贵，适合少量样品和少位点，多位点的大量样品就用HRM把  ps我们是技术服务公司
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生命还需要奇迹来衬托
9楼2015-07-01 14:16:45
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xcchh

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 王平阳 at 2015-06-30 21:42:11
我们这边做过SNP位点筛选，现实使用的HRM，高技术对各方面要求都比较高，我们用的仪器是罗氏的lightcycle96，用的荧光染料是LC Green，做了很多次，发现重复性不太好，而且对模板要求很高，聚合酶也必须是高保真，如 ...

我这边只是做同一个基因单个位点的野生型和突变型检测，不知道HRM效果会怎样？请问一下有同时做过Taqman MGB的方法吗？我现在不确定的是这两种方法哪一个检测的准确性，操作性更高，谢谢
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10楼2015-07-01 16:45:28
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