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xcchh

银虫 (小有名气)

[求助] 有做过SNP检测的吗?请进啊 已有5人参与

有做过SNP检测的吗?采用的是Taqman MGB 还是 高分辨率熔解曲线的方法?哪种比较主流,检测更为准确?
还望知无不言言无不尽啊,欢迎交流
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wsad5213

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我做SNP的,但是我直接送去生工测序,然后再分析突变位点,最后分析单倍型什么的
2楼2015-06-30 16:11:37
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xcchh

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wsad5213 at 2015-06-30 16:11:37
我做SNP的,但是我直接送去生工测序,然后再分析突变位点,最后分析单倍型什么的

哦,好吧,那不是通过荧光PCR分析吗?
3楼2015-06-30 16:25:10
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Libra-z

银虫 (小有名气)

没做过,了解过一些……高分辨熔解曲线很准确,但仪器是专门的仪器,很贵,一半实验室没有吧……

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2015-06-30 17:15:31
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wsad5213

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xcchh at 2015-06-30 16:25:10
哦,好吧,那不是通过荧光PCR分析吗?...

那边测序后会有峰值图,根据峰值图可以分析出某一位点是发生什么突变(突变处会出现双峰),并且知道这个突变是哪种突变!我是这样分析的!溶解曲线的分析方法跟我这种类似,只不过曲线不一样吧,你的量大么?如果不是很多的话还是直接测序把,省钱省时
5楼2015-06-30 20:53:03
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xcchh: 金币+10 2015-07-02 13:22:14
我们这边做过SNP位点筛选,现实使用的HRM,高技术对各方面要求都比较高,我们用的仪器是罗氏的lightcycle96,用的荧光染料是LC Green,做了很多次,发现重复性不太好,而且对模板要求很高,聚合酶也必须是高保真,如果你做的是高通量,可以尝试用HRM,如果量少建议采用测序的方法。谢谢!
没有做不到,只有想不到!
6楼2015-06-30 21:42:11
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starseeker

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我做过Taqman-MGB探针,因为Taqman探针的长度一般在20bp内,如果你只是检测少数集中的SNP位点,Taqman探针是个不错的方法……合成2OD的探针大约2000~2500元。
但是如果样品少且SNP位点分布很分散,建议直接测序分析。
7楼2015-07-01 08:29:01
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易水秋寒

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
正在做SNP检测,以前用过HRM,效果还不错,目前正在研讨新方法。。。
8楼2015-07-01 14:15:13
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小小逍遥人

金虫 (正式写手)

张斌猪

这个最准确的是测序法,但是这个价格比较贵,适合少量样品和少位点,多位点的大量样品就用HRM把  ps我们是技术服务公司
生命还需要奇迹来衬托
9楼2015-07-01 14:16:45
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xcchh

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 王平阳 at 2015-06-30 21:42:11
我们这边做过SNP位点筛选,现实使用的HRM,高技术对各方面要求都比较高,我们用的仪器是罗氏的lightcycle96,用的荧光染料是LC Green,做了很多次,发现重复性不太好,而且对模板要求很高,聚合酶也必须是高保真,如 ...

我这边只是做同一个基因单个位点的野生型和突变型检测,不知道HRM效果会怎样?请问一下有同时做过Taqman MGB的方法吗?我现在不确定的是这两种方法哪一个检测的准确性,操作性更高,谢谢
10楼2015-07-01 16:45:28
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