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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian输入文件的内坐标输出形式
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十年磨练

木虫 (正式写手)

[求助] gaussian输入文件的内坐标输出形式已有2人参与

如题
如何输出这样形式的内坐标形式，如图1
gaussian输入文件的内坐标输出形式
图1.png

如何输出这样形式的内坐标形式，如图2
gaussian输入文件的内坐标输出形式-1
图2.png

本人刚刚接触gaussian，希望各位能够伸出援手为我指点迷津
谢谢了
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时刻保持虚心学习的态度
1楼2015-06-09 11:08:14
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 十年磨练 at 2015-06-10 21:50:19
哦，那我找找吧，
对了，能不能设置某些键或某些角用一个变量来表示？
对于没有加关键字variables和加关键字variables的有什么区别？...

你说的这个就是固定坐标，固定原子等等的计算了。
我当时保存的方式，如下，可能有的不是你想要的，我都告诉你
1:第一种方式
如何固定原子？
下例：固定C原子

%chk=G:\ByHand\wqb\aaaa.chk
# hf/3-21g opt

Title Card Required

0 1
C     -1         -3.09344800    0.33849017   -0.10614458
H      0         -2.73679357   -0.67031983   -0.10614458
H      0         -2.73677516    0.84288836   -0.97979608
H      0         -4.16344800    0.33850336   -0.10614458
C     -1         -2.49343761    1.18701049    1.36354954
H      0         -2.84849396    2.19638358    1.36257202
H      0         -2.85170672    0.68374206    2.23719943
H      0         -1.42343942    1.18530381    1.36452830

第二种方式：
%chk=CC-nei.chk
%nprocs=4
%mem=500MB
#p popt=Z-matrix b3lyp/6-31++g(d,p)

CC-nei

0 1
C              
C                  1            B1
C                  2            B2    1            A1
C                  3            B3    2            A2    1            D1   
C                  4            B4    3            A3    2            D2   
C                  1            B5    2            A4    3            D3   
H                  1            B6    2            A5    3            D4   
H                  2            B7    1            A6    6            D5   
H                  4            B8    3            A7    2            D6   
H                  5            B9    4            A8    3            D7   
C                  3           B10    2            A9    1            D8   
  C                 11           B11    3           A10    2            D9  
C                 12           B12   11           A11    3           D10   
H                 12           B13   11           A12    3           D11   
C                 13           B14   12           A13   11           D12   
H                 13           B15   12           A14   11           D13   
C                 15           B16   13           A15   12           D14   
C                 17           B17   15           A16   13           D15   
  C                 17           B18   15           A17   13           D16  
C                 18           B19   17           A18   15           D17   
H                 18           B20   17           A19   15           D18   
C                 19           B21   17           A20   15           D19   
H                 19           B22   17           A21   15           D20   
C                 20           B23   18           A22   17           D21   
H                 20           B24   18           A23   17           D22   
H                 22           B25   19           A24   17           D23   
N                  6           B26    1           A25    2           D24   
H                 27           B27    6           A26    1           D25   
H                 27           B28    6           A27    1           D26   
N                 24           B29   20           A28   18           D27   
H                 30           B30   24           A29   20           D28   
H                 30           B31   24           A30   20           D29   
C                 11           B32    3           A31    2           D30   
C                 33           B33   11           A32    3           D31   
H                 34           B34   33           A33   11           D32   
H                 34           B35   33           A34   11           D33   
H                 34           B36   33           A35   11           D34   
C                 33           B37   11           A36    3           D35   
H                 38           B38   33           A37   11           D36   
H                 38           B39   33           A38   11           D37   
H                 38           B40   33           A39   11           D38   
   Variables:   
   B1             1.39370799
   B2             1.41176505
   B3             1.41555254
   B4             1.38753303
   B5             1.40195866
   B6             1.08763752
   B7             1.08155848
   B8             1.08463875
   B9             1.08765955
   B10            1.47032862
   B11            1.36535296
   B12            1.44075840
   B13            1.08403083
   B14            1.36531962
   B15            1.08407298
   B16            1.47026272
   B17            1.41142612
   B18            1.41589478
   B19            1.39405283
   B20            1.08155672
   B21            1.38724033
   B22            1.08462316
   B23            1.40161703
   B24            1.08763388
   B25            1.08768096
   B26            1.39771883
   B27            1.01089689
   B28            1.01088284
   B29            1.39796680
   B30            1.01105695
   B31            1.01109956
   B32            1.54320339
   B33            1.54938658
   B34            1.09251356
   B35            1.09455834
   B36            1.09261458
   B37            1.55284558
   B38            1.09440369
   B39            1.09213146
   B40            1.09212387
   A1           122.39528108
   A2           115.47160631
   A3           122.63260222
   A4           121.02998930
   A5           119.34527153
   A6           117.20646121
   A7           119.62124932
   A8           119.50650097
   A9           124.21746928
   A10          125.65909414
   A11          110.91876638
   A12          126.16633091
   A13          110.91342861
   A14          122.91141955
   A15          125.67048183
   A16          124.24321098
   A17          120.27991429
   A18          122.40133547
   A19          120.42011133
   A20          122.62391958
   A21          119.59147077
   A22          121.01593815
   A23          119.31139446
   A24          119.53663309
   A25          121.33292354
   A26          115.78558447
   A27          115.83128468
   A28          121.36201536
   A29          115.71980115
   A30          115.70833203
   A31          126.77264050
   A32          110.36714158
   A33          111.73741015
   A34          109.85456242
   A35          111.67907911
   A36          109.58756260
   A37          109.77468548
   A38          111.79178912
   A39          111.82753142
   D1             0.28236328
   D2            -0.42300153
   D3            -0.08111574
   D4           179.73326452
   D5           179.95245940
   D6           179.12372108
   D7          -179.65215261
   D8           179.99286088
   D10          178.73799204
   D11           -1.38533892
   D12            0.04394899
   D13          179.89922117
   D14         -178.95148233
   D15         -176.49974830
   D17          179.73683283
   D18            0.02627222
   D19         -179.75585801
   D20            0.53157711
   D21            0.11084008
   D22          179.83263245
   D23         -179.55333565
   D24          177.30802299
   D25           23.48411845
   D26          158.05846965
   D27          177.24560739
   D28           23.95077303
   D29          158.14034262
   D30           -4.32269191
   D31          -60.44131396
   D32         -176.03499727
   D33          -56.55917664
   D34           62.91543016
   D35           65.15994974
   D36           55.64476610
   D37          175.13930164
   D38          -63.87476511
   Constants:
   D9               160.770000000000
   D16              -12.9600000000000
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
7楼2015-06-11 10:25:50
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
十年磨练: 金币+1 2015-06-10 09:42:44
用GV打开output文件，然后选另存为，把下面的“cartesian coordinate"那个选项取消
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2楼2015-06-09 20:16:07
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小范范1989

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
十年磨练: 金币+9, ★★★★★最佳答案, 非常感谢，已成功测试 2015-06-10 09:43:15
今天刚刚回看了我收藏的帖子，正好有这个。
解决办法很简单，先把体系保存成.mol等其它格式，然后载入之，再保存成Gaussian输入文件，就会看到内坐标都用字母表示了：
http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=740
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3楼2015-06-09 21:07:51
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-06-09 21:07:51
今天刚刚回看了我收藏的帖子，正好有这个。
解决办法很简单，先把体系保存成.mol等其它格式，然后载入之，再保存成Gaussian输入文件，就会看到内坐标都用字母表示了：
http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=view ...

再问一个问题，对于分子的序号，能自己进行编号吗？ 难道都是系统默认的吗？
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时刻保持虚心学习的态度
4楼2015-06-10 09:44:35
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