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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian09 过渡态问题
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herarysara

木虫 (小有名气)

[求助] gaussian09 过渡态问题

请问：在进行过渡态搜索的时候，初始结构和终态结构到底该怎么建立？
（我是先将初始反应物放一起经过几何优化，找到可能的产物形式，然后搜索过渡态的，可是还是不太清楚细节，比如有人说要必须全部优化初始结构和终态结构，还有就是怎样调节初始结构）我有个算例如下：
初始结构r1和opt优化后的终态结构p1如图示。
如果要搜索这样的过渡态，初始结构需要优化吗？该怎么做，终态已经是优化后的结构还需要优化吗？
先谢谢大家了，初学量化，实验室以前没人做过，自己搞了很久还是不清楚。希望各位前辈能够耐心讲解下，不胜感激！
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1楼 2011-07-04 09:51:10
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锋线杀手

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-04 10:09:16
引用回帖:
Originally posted by herarysara at 2011-07-04 09:51:10:
请问：在进行过渡态搜索的时候，初始结构和终态结构到底该怎么建立？
（我是先将初始反应物放一起经过几何优化，找到可能的产物形式，然后搜索过渡态的，可是还是不太清楚细节，比如有人说要必须全部优化初始结构 ...

你这个还好啦，初始结构优化好，终态结果优化好。然后放在一起，用OPT=QST2进行优化即可，注意坐标要对应哈。可以在Givew中调整对应坐标。
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2楼2011-07-04 10:00:04
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-04 10:54:58
herarysara(金币+10): 2011-07-04 20:02:00
感觉初始构象有点不合理
S                  0.00000000    0.00000000    2.10072837
Cl                 0.00000000    1.62730406    3.20166256
Cl                 0.00000000   -1.62730406    3.20166256
Cl                -1.40816261    0.00000000    0.34923368
Cl                 1.40816261    0.00000000    0.34923368
S                  0.00000000    0.00000000   -1.21256791
Cl                 0.00000000   -1.65380691   -2.33345691
Cl                -0.00000000    1.65380691   -2.33345691
C                  0.00000000   -0.58744541   -3.91797541
H                  0.00000000   -1.60296873   -4.29389980
C                 -0.00000000    0.58744541   -3.91797541
H                 -0.00000000    1.60296873   -4.29389980
你可以参照这个构象看看

你这个体系可能有两条反应途径，一条是分布加成，一条是协同加成，如果你要说明问题的话两条路径必须都要找出来然后看反应路径的能量曲线。qst2么，对你这个体系不是很好用，还是用ts慢慢找吧，很快的~~
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轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
3楼2011-07-04 10:16:51
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herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 锋线杀手 at 2011-07-04 10:00:04:
你这个还好啦，初始结构优化好，终态结果优化好。然后放在一起，用OPT=QST2进行优化即可，注意坐标要对应哈。可以在Givew中调整对应坐标。

我就是想知道初始结构是分别优化好放一起就行了吗？还是要放一起优化，如果放一起优化就会出现后面终态的样子。还有终态是优化结构了，还需要优化吗？
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4楼2011-07-04 11:08:07
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herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-07-04 10:16:51:
感觉初始构象有点不合理
S                  0.00000000    0.00000000    2.10072837
Cl                 0.00000000    1.62730406    3.20166256
Cl                 0.00000000   -1.62730406    3.201 ...

初始结构不合理？是说后面那个氯化金二聚体不合理吗？
我是先分别优化的两个分子，然后放一起的。另外如果用ts搜索，你说可能两种路径，是不是在搜索的结果中看振动方向来确定呢？
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5楼2011-07-04 11:10:36
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

herarysara(金币+10): 2011-07-06 14:58:14
引用回帖:
Originally posted by herarysara at 2011-07-04 11:10:36:
初始结构不合理？是说后面那个氯化金二聚体不合理吗？
我是先分别优化的两个分子，然后放一起的。另外如果用ts搜索，你说可能两种路径，是不是在搜索的结果中看振动方向来确定呢？

Au……我看成S了。两种路径是我猜的，其中一种就是炔烃和Cl一次加成一个，分步反应，另一种就是两个Cl通过协同作用一次加成到炔烃上去。这只是我的猜测，你可以试下
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轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
6楼2011-07-04 18:58:04
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