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herarysara木虫 (小有名气)
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gaussian09 过渡态问题
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请问：在进行过渡态搜索的时候，初始结构和终态结构到底该怎么建立？ （我是先将初始反应物放一起经过几何优化，找到可能的产物形式，然后搜索过渡态的，可是还是不太清楚细节，比如有人说要必须全部优化初始结构和终态结构，还有就是怎样调节初始结构）我有个算例如下： 初始结构r1和opt优化后的终态结构p1如图示。 如果要搜索这样的过渡态，初始结构需要优化吗？该怎么做，终态已经是优化后的结构还需要优化吗？ 先谢谢大家了，初学量化，实验室以前没人做过，自己搞了很久还是不清楚。希望各位前辈能够耐心讲解下，不胜感激！   |
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2楼2011-07-04 10:00:04
【答案】应助回帖
★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-04 10:54:58
herarysara(金币+10): 2011-07-04 20:02:00
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herarysara(金币+10): 2011-07-04 20:02:00
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感觉初始构象有点不合理 S 0.00000000 0.00000000 2.10072837 Cl 0.00000000 1.62730406 3.20166256 Cl 0.00000000 -1.62730406 3.20166256 Cl -1.40816261 0.00000000 0.34923368 Cl 1.40816261 0.00000000 0.34923368 S 0.00000000 0.00000000 -1.21256791 Cl 0.00000000 -1.65380691 -2.33345691 Cl -0.00000000 1.65380691 -2.33345691 C 0.00000000 -0.58744541 -3.91797541 H 0.00000000 -1.60296873 -4.29389980 C -0.00000000 0.58744541 -3.91797541 H -0.00000000 1.60296873 -4.29389980 你可以参照这个构象看看 你这个体系可能有两条反应途径，一条是分布加成，一条是协同加成，如果你要说明问题的话两条路径必须都要找出来然后看反应路径的能量曲线。qst2么，对你这个体系不是很好用，还是用ts慢慢找吧，很快的~~ |
3楼2011-07-04 10:16:51
herarysara
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4楼2011-07-04 11:08:07
herarysara
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5楼2011-07-04 11:10:36
6楼2011-07-04 18:58:04
