应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian09 过渡态问题
61/1返回列表
查看: 1923  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

herarysara

木虫 (小有名气)

[求助] gaussian09 过渡态问题

请问：在进行过渡态搜索的时候，初始结构和终态结构到底该怎么建立？
（我是先将初始反应物放一起经过几何优化，找到可能的产物形式，然后搜索过渡态的，可是还是不太清楚细节，比如有人说要必须全部优化初始结构和终态结构，还有就是怎样调节初始结构）我有个算例如下：
初始结构r1和opt优化后的终态结构p1如图示。
如果要搜索这样的过渡态，初始结构需要优化吗？该怎么做，终态已经是优化后的结构还需要优化吗？
先谢谢大家了，初学量化，实验室以前没人做过，自己搞了很久还是不清楚。希望各位前辈能够耐心讲解下，不胜感激！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-07-04 09:51:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

锋线杀手

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-04 10:09:16
引用回帖:
Originally posted by herarysara at 2011-07-04 09:51:10:
请问：在进行过渡态搜索的时候，初始结构和终态结构到底该怎么建立？
（我是先将初始反应物放一起经过几何优化，找到可能的产物形式，然后搜索过渡态的，可是还是不太清楚细节，比如有人说要必须全部优化初始结构 ...

你这个还好啦，初始结构优化好，终态结果优化好。然后放在一起，用OPT=QST2进行优化即可，注意坐标要对应哈。可以在Givew中调整对应坐标。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-07-04 10:00:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-04 10:54:58
herarysara(金币+10): 2011-07-04 20:02:00
感觉初始构象有点不合理
S                  0.00000000    0.00000000    2.10072837
Cl                 0.00000000    1.62730406    3.20166256
Cl                 0.00000000   -1.62730406    3.20166256
Cl                -1.40816261    0.00000000    0.34923368
Cl                 1.40816261    0.00000000    0.34923368
S                  0.00000000    0.00000000   -1.21256791
Cl                 0.00000000   -1.65380691   -2.33345691
Cl                -0.00000000    1.65380691   -2.33345691
C                  0.00000000   -0.58744541   -3.91797541
H                  0.00000000   -1.60296873   -4.29389980
C                 -0.00000000    0.58744541   -3.91797541
H                 -0.00000000    1.60296873   -4.29389980
你可以参照这个构象看看

你这个体系可能有两条反应途径，一条是分布加成，一条是协同加成，如果你要说明问题的话两条路径必须都要找出来然后看反应路径的能量曲线。qst2么，对你这个体系不是很好用，还是用ts慢慢找吧，很快的~~
赞一下(1人) 回复此楼
轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
3楼2011-07-04 10:16:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 锋线杀手 at 2011-07-04 10:00:04:
你这个还好啦，初始结构优化好，终态结果优化好。然后放在一起，用OPT=QST2进行优化即可，注意坐标要对应哈。可以在Givew中调整对应坐标。

我就是想知道初始结构是分别优化好放一起就行了吗？还是要放一起优化，如果放一起优化就会出现后面终态的样子。还有终态是优化结构了，还需要优化吗？
赞一下 回复此楼
4楼2011-07-04 11:08:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-07-04 10:16:51:
感觉初始构象有点不合理
S                  0.00000000    0.00000000    2.10072837
Cl                 0.00000000    1.62730406    3.20166256
Cl                 0.00000000   -1.62730406    3.201 ...

初始结构不合理？是说后面那个氯化金二聚体不合理吗？
我是先分别优化的两个分子，然后放一起的。另外如果用ts搜索，你说可能两种路径，是不是在搜索的结果中看振动方向来确定呢？
赞一下 回复此楼
5楼2011-07-04 11:10:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

herarysara(金币+10): 2011-07-06 14:58:14
引用回帖:
Originally posted by herarysara at 2011-07-04 11:10:36:
初始结构不合理？是说后面那个氯化金二聚体不合理吗？
我是先分别优化的两个分子，然后放一起的。另外如果用ts搜索，你说可能两种路径，是不是在搜索的结果中看振动方向来确定呢？

Au……我看成S了。两种路径是我猜的，其中一种就是炔烃和Cl一次加成一个，分步反应，另一种就是两个Cl通过协同作用一次加成到炔烃上去。这只是我的猜测，你可以试下
赞一下 回复此楼
轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
6楼2011-07-04 18:58:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 herarysara 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕306英一数二 +5 z1z2z3879 2026-03-16 7/350 2026-03-17 11:07 by 学员h26Tkc
[考研] 271求调剂 +12 生如夏花… 2026-03-11 14/700 2026-03-17 10:56 by lovewei0727
[考研] 0703化学336分求调剂 +3 zbzihdhd 2026-03-15 4/200 2026-03-16 23:52 by zbzihdhd
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +3 张vvvv 2026-03-15 5/250 2026-03-16 20:25 by 张vvvv
[考研] 环境工程调剂 +6 大可digkids 2026-03-16 6/300 2026-03-16 17:16 by barlinike
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-15 6/300 2026-03-16 08:00 by wang_dand
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 0703化学调剂 +4 快乐的香蕉 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:41 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 +5 隔壁陈先生 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:03 by 星空星月
[考研] 考研调剂 +4 芬达46 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:04 by ruiyingmiao
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 08食品或轻工求调剂，本科发表3篇sci一区top论文，一志愿南师大食品科学与工程 +3 我是一个兵， 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:21 by Yuyi.
[考研] 283求调剂，材料、化工皆可 +8 苏打水7777 2026-03-11 10/500 2026-03-13 09:06 by Linda Hu
[考研] 321求调剂（食品/专硕） +3 xc321 2026-03-12 6/300 2026-03-13 08:45 by xc321
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭