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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 柔性扫描两个H2分子之间的势能曲线，该怎么写gauss配置文件？
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tahaomei

铜虫 (小有名气)

[求助] 柔性扫描两个H2分子之间的势能曲线，该怎么写gauss配置文件？ 已有3人参与

考虑bsse矫正，请问该怎么写配置文件呢？gaussian教程看了不少，还是不清楚。谢谢啦
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1楼 2014-07-09 19:37:20
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
BSSE矫正在命令行输入counterpoise＝n就可以，n指的是输入的分子（或聚合物的单体等）的数量。矫正值在输出文件（以文件形式打开，或者gview里面stream出来）可以读出。
柔性扫描参照 http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_opt.htm，在页面上搜索scan就能找到你要的说明了。主要就是要用到opt＝addredundant，以及在分子结构那一块后面要 空行，加一行命令说明addredundant要做什么，空行 。
有问题欢迎继续提出～
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16届本科在北美
2楼2014-07-09 23:03:30
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tahaomei

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by oinkmasta at 2014-07-09 23:03:30
BSSE矫正在命令行输入counterpoise＝n就可以，n指的是输入的分子（或聚合物的单体等）的数量。矫正值在输出文件（以文件形式打开，或者gview里面stream出来）可以读出。
柔性扫描参照 http://www.gaussian.com/g_t ...

问题是，两个H2分子之间不同的定位，是否会影响扫描结果？

比如说，两个H2分子最开始的时候，可以是相互垂直的，也可以使相互平行的。

还有，是否要以H2分子的中心为X原子来写配置文件？
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3楼2014-07-10 07:32:50
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

分子不太能被看成单个原子吧..扫描方面，一般只能扫描 坐标／键长／键角／二面角，因为要控制那一个自由度，优化其他的自由度。
你扫描想要得到的是什么信息？  一般来说我会先优化这两个H2分子，得到一个geometry（翻成“几何”太别扭了），然后比如说我想知道氢原子A和氢原子B之间间距对能量的影响，我就对它们的间距（即键长，不用担心有没有键）进行扫描。   每个扫描得到的都是在控制 间距＝xxx 的情况下的优化结果。也就是说，你不需要考虑它垂直或者平行有什么影响，Gaussian都是直接优化把能量降下去的，很有可能两种情况优化出来完全是同一个geometry。
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16届本科在北美
4楼2014-07-10 08:29:09
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by tahaomei at 2014-07-10 07:32:50
问题是，两个H2分子之间不同的定位，是否会影响扫描结果？

比如说，两个H2分子最开始的时候，可以是相互垂直的，也可以使相互平行的。

还有，是否要以H2分子的中心为X原子来写配置文件？...

你用scan应该会有影响。
如果你用opt=modredundant，然后在H2分子中心设虚原子，扫描两个虚原子的距离，应该没有影响，因为柔性扫描每步都会对结构进行优化。
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5楼2014-07-10 08:33:17
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
上述外，两个H2分子之间的作用是范德华作用，要考虑电子相关，体系如此之小，可用CCSD之类的方法和大的基组。
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6楼2014-07-10 09:18:36
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tahaomei

铜虫 (小有名气)
我现在不算H2，算C2 分子。这么写对不？

%chk=c2.chk
%mem=8GB
# opt=modredundant mp2/aug-cc-pvdz counterpoise=2

c2 c2 interaction

0 1
x 0.0 0.0 0.0
c 0.628765 0.0 0.0 1
c -0.628765 0.0 0.0 1
x 0.0 0.0 rcc
c 0.0 0.628765 rcc 2
c 0.0 -0.628765 rcc 2

rcc 2.0 S 10 0.3
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从是西方，过十万亿佛土，有世界名曰极乐。其土有佛，号阿弥陀，今现在说法。设我得佛，十方众生，至心信乐，欲生我国，乃至十念，若不生者，不取正觉。唯除五逆
7楼2014-07-10 11:42:37
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柒月小鱼

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-07-10 08:33:17
你用scan应该会有影响。
如果你用opt=modredundant，然后在H2分子中心设虚原子，扫描两个虚原子的距离，应该没有影响，因为柔性扫描每步都会对结构进行优化。...

老师您好 我在两个分子的中心设置了虚原子 却总是显示我的冗余内坐标无效 不晓得是什么原因
%chk=dimole.chk
%mem=4GB
%nprocshared=12
#p opt=modredundant b3lyp/6-311g(d,p)

Title Card Required

0 1
C              
C                  1            B1
C                  2            B2    1            A1
C                  3            B3    2            A2    1            D1    0
C                  4            B4    3            A3    2            D2    0
C                  1            B5    2            A4    3            D3    0
H                  1            B6    6            A5    5            D4    0
H                  2            B7    1            A6    6            D5    0
H                  4            B8    3            A7    2            D6    0
H                  5            B9    4            A8    3            D7    0
H                  6           B10    1            A9    2            D8    0
C                  3           B11    2           A10    1            D9    0
C                 12           B12    3           A11    2           D10    0
C                 12           B13    3           A12    2           D11    0
C                 13           B14   12           A13    3           D12    0
H                 13           B15   12           A14    3           D13    0
C                 14           B16   12           A15    3           D14    0
H                 14           B17   12           A16    3           D15    0
C                 17           B18   14           A17   12           D16    0
H                 15           B19   13           A18   12           D17    0
H                 17           B20   14           A19   12           D18    0
H                 19           B21   17           A20   14           D19    0
C                  1           B22    6           A21    5           D20    0
C                 23           B23    1           A22    6           D21    0
C                 24           B24   23           A23    1           D22    0
C                 25           B25   24           A24   23           D23    0
C                 26           B26   25           A25   24           D24    0
C                 23           B27    1           A26    6           D25    0
H                 23           B28    1           A27    6           D26    0
H                 24           B29   23           A28    1           D27    0
H                 26           B30   25           A29   24           D28    0
H                 27           B31   26           A30   25           D29    0
H                 28           B32   23           A31    1           D30    0
C                 25           B33   24           A32   23           D31    0
C                 34           B34   25           A33   24           D32    0
C                 34           B35   25           A34   24           D33    0
C                 35           B36   34           A35   25           D34    0
H                 35           B37   34           A36   25           D35    0
C                 36           B38   34           A37   25           D36    0
H                 36           B39   34           A38   25           D37    0
C                 39           B40   36           A39   34           D38    0
H                 37           B41   35           A40   34           D39    0
H                 39           B42   36           A41   34           D40    0
H                 41           B43   39           A42   36           D41    0
X                 25           B44   24           A43   23           D42    0
X                 12           B45   14           A44   17           D43    0

   B1             1.39516000
   B2             1.39471206
   B3             1.39542701
   B4             1.39482508
   B5             1.39482907
   B6             1.09961031
   B7             1.09965530
   B8             1.09968011
   B9             1.09976099
   B10            1.09960403
   B11            1.54000000
   B12            1.39516000
   B13            1.39482907
   B14            1.39471206
   B15            1.09965530
   B16            1.39513795
   B17            1.09960403
   B18            1.39482508
   B19            1.09968019
   B20            1.09976099
   B21            1.09968011
   B22            2.83891302
   B23            1.39516000
   B24            1.39471206
   B25            1.39542701
   B26            1.39482508
   B27            1.39482907
   B28            1.09961031
   B29            1.09965530
   B30            1.09968011
   B31            1.09976099
   B32            1.09960403
   B33            1.54000000
   B34            1.39516000
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   B36            1.39471206
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   A33          119.99722313
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   D21          120.03929129
   D22          -84.42313805
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   D24            0.03411439
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   D30          -91.92976501
   D31          179.96185208
   D32          180.00000000
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