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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 柔性扫描两个H2分子之间的势能曲线，该怎么写gauss配置文件？
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tahaomei

铜虫 (小有名气)

[求助] 柔性扫描两个H2分子之间的势能曲线，该怎么写gauss配置文件？ 已有3人参与

考虑bsse矫正，请问该怎么写配置文件呢？gaussian教程看了不少，还是不清楚。谢谢啦
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从是西方，过十万亿佛土，有世界名曰极乐。其土有佛，号阿弥陀，今现在说法。设我得佛，十方众生，至心信乐，欲生我国，乃至十念，若不生者，不取正觉。唯除五逆
1楼 2014-07-09 19:37:20
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

分子不太能被看成单个原子吧..扫描方面，一般只能扫描 坐标／键长／键角／二面角，因为要控制那一个自由度，优化其他的自由度。
你扫描想要得到的是什么信息？  一般来说我会先优化这两个H2分子，得到一个geometry（翻成“几何”太别扭了），然后比如说我想知道氢原子A和氢原子B之间间距对能量的影响，我就对它们的间距（即键长，不用担心有没有键）进行扫描。   每个扫描得到的都是在控制 间距＝xxx 的情况下的优化结果。也就是说，你不需要考虑它垂直或者平行有什么影响，Gaussian都是直接优化把能量降下去的，很有可能两种情况优化出来完全是同一个geometry。
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16届本科在北美
4楼2014-07-10 08:29:09
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
BSSE矫正在命令行输入counterpoise＝n就可以，n指的是输入的分子（或聚合物的单体等）的数量。矫正值在输出文件（以文件形式打开，或者gview里面stream出来）可以读出。
柔性扫描参照 http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_opt.htm，在页面上搜索scan就能找到你要的说明了。主要就是要用到opt＝addredundant，以及在分子结构那一块后面要 空行，加一行命令说明addredundant要做什么，空行 。
有问题欢迎继续提出～
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16届本科在北美
2楼2014-07-09 23:03:30
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tahaomei

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by oinkmasta at 2014-07-09 23:03:30
BSSE矫正在命令行输入counterpoise＝n就可以，n指的是输入的分子（或聚合物的单体等）的数量。矫正值在输出文件（以文件形式打开，或者gview里面stream出来）可以读出。
柔性扫描参照 http://www.gaussian.com/g_t ...

问题是，两个H2分子之间不同的定位，是否会影响扫描结果？

比如说，两个H2分子最开始的时候，可以是相互垂直的，也可以使相互平行的。

还有，是否要以H2分子的中心为X原子来写配置文件？
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从是西方，过十万亿佛土，有世界名曰极乐。其土有佛，号阿弥陀，今现在说法。设我得佛，十方众生，至心信乐，欲生我国，乃至十念，若不生者，不取正觉。唯除五逆
3楼2014-07-10 07:32:50
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by tahaomei at 2014-07-10 07:32:50
问题是，两个H2分子之间不同的定位，是否会影响扫描结果？

比如说，两个H2分子最开始的时候，可以是相互垂直的，也可以使相互平行的。

还有，是否要以H2分子的中心为X原子来写配置文件？...

你用scan应该会有影响。
如果你用opt=modredundant，然后在H2分子中心设虚原子，扫描两个虚原子的距离，应该没有影响，因为柔性扫描每步都会对结构进行优化。
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5楼2014-07-10 08:33:17
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