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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 求支援--gaussian 柔性扫描总是莫名退出，找不到原因。
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flyingfish00

铜虫 (正式写手)

[求助] 求支援--gaussian 柔性扫描总是莫名退出，找不到原因。

做一个小的计算，进行邻苯二酚的柔性扫描 （opt=modredundant）。分子结构是已经优化好的分子结构，导入进行柔性扫描。

开始使用小基组(uhf/3-21g)来做柔性扫描，还挺顺利的，顺利的找到了能量较高的点。
所使用的gjf文件内容为：
——————————————————————————————
%chk=C:\Gaussian\phenol\04_phenol_0H_othro_redundant.chk
%nprocshared=2
# opt=modredundant uhf/3-21g nosymm scf(maxcycle=300,qc) geom=connectivity

phenol-OH ortho redundant

0 2
C                 -1.67101400   -1.02358000    0.23264100
C                 -1.96232700    0.33247600   -0.06700600
C                 -0.96971200    1.21545500   -0.39033700
C                  0.48579000    0.84642900   -0.36921900
C                  0.68967700   -0.62759100   -0.13072800
C                 -0.33582000   -1.48367900    0.18943500
O                  1.99025800   -1.00483700   -0.24180800
H                 -2.46949000   -1.71202800    0.48972100
H                 -2.99664000    0.66750300   -0.04492700
H                 -1.19241400    2.25467200   -0.61602000
H                 -0.11817000   -2.53147100    0.39541100
H                  2.06095800   -1.95751000   -0.06419300
H                  0.98144000    1.12280900   -1.31073500
O                  1.20543100    1.64142600    0.60539400
H                  0.74924500    1.50625700    1.45334400

1 2 1.5 6 1.5 8 1.0
2 3 2.0 9 1.0
3 4 1.0 10 1.0
4 5 1.0 13 1.0 14 1.0
5 6 2.0 7 1.0
6 11 1.0
7 12 1.0
8
9
10
11
12
13
14 15 1.0
15

B 4 14 S 3 0.0500000
————————————————————————————
结果还挺顺利，顺利完成扫描，下面是结果：
分子结构：

能量变化曲线


小基组完了以后，就准备采用更高一点的基组(ub3lyp/6-31g(d))来重新进行柔性扫描。gjf内容还是上面的内容，就是基组换成了 ub3lyp/6-31g(d)。

结果问题来了，运行了一段时候后，gaussian就弹出个对话框： openprocess failed in startlink。也没说原因。

再查看out文件，out文件最后也没有说明是什么原因。仿佛就是自然中断了一样。
————————————————————————————————
Harris functional with IExCor=  402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 1.61D-01 ExpMax= 5.48D+03 ExpMxC= 8.25D+02 IAcc=1 IRadAn=         1 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         1 IDoV= 1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         Omega=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0
         NMat0=    1 NMatS0=    1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
         I1Cent=           4 NGrid=           0.
Symmetry not used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within  40 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
Initial convergence to 1.0D-05 achieved.  Increase integral accuracy.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -383.217669131     A.U. after   15 cycles
             Convg  =    0.5646D-08             -V/T =  2.0094
= 0.0000 = 0.0000 = 0.5000 = 0.7826 S= 0.5162
= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.7826,   after     0.7506
QCSCF skips out because SCF is already converged.
Calling FoFJK, ICntrl=      2127 FMM=F ISym2X=0 I1Cent= 0 IOpClX= 1 NMat=1 NMatS=1 NMatT=0.
-------------------------------------------------------------------
Center     Atomic                   Forces (Hartrees/Bohr)
Number     Number              X              Y              Z
-------------------------------------------------------------------
      1        6           0.000552860    0.000261531   -0.000034388
      2        6          -0.000137206   -0.000662756    0.000380411
      3        6           0.003328125    0.001029937    0.001394776
      4        6           0.010272746    0.012638895    0.019845318
      5        6           0.001611720    0.003593828    0.001147491
      6        6          -0.001022950   -0.000054718    0.000259065
      7        8          -0.000318132   -0.000142463   -0.000093789
      8        1           0.000010625   -0.000006488   -0.000002513
      9        1           0.000045225   -0.000024698   -0.000178775
     10        1          -0.000091426   -0.000127936   -0.000143429
     11        1           0.000010046    0.000045639   -0.000135751
     12        1           0.000034210   -0.000016400   -0.000039541
     13        1           0.001273744    0.001644310    0.002561579
     14        8          -0.014140392   -0.016929990   -0.024093930
     15        1          -0.001429195   -0.001248691   -0.000866523
-------------------------------------------------------------------
Cartesian Forces:  Max     0.024093930 RMS     0.006279918
————————————————————————————————

目前，我所采取的对策有：
1. 使用优化后的分子构型；
2. 采用scf=qc；
3. 减小 柔性扫描步长，原来步长是0.1，后来改成 0.05
4. 增加迭代次数 maxcyc=300;
5. 不考虑对称性，增加参数 nosymm；
但是都没有解决。而且用GaussianView打开chk文件，也打不开。说是非正常中断，不能打开。但是以前有柔性扫描中断什么的，用GaussianView也是可以打开的，比如扫了4-5步，这几步的数据就能打开。

6.现在我又尝试减少步数（steps）。开始是3步，成功；然后增加到5步，成功；再增加到10次，失败，莫名退出。估计这个步数有问题了。请问我如何解决？

真是奇怪，还请各位大牛帮忙指点一下。还有什么更好的解决方案没。多谢！

[ Last edited by flyingfish00 on 2012-11-24 at 13:36 ]
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1楼 2012-11-24 13:33:42
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flyingfish00

铜虫 (正式写手)
没有人指导啊。我自己顶一下。
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2楼2012-11-24 20:01:44
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gauss98

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
flyingfish00: 金币+10, ★有帮助, 非常感谢！ 2012-11-25 15:39:51
本帖内容被屏蔽
3楼2012-11-25 13:38:10
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flyingfish00

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gauss98 at 2012-11-25 13:38:10
用你的输入文件计算了15个点，正常结束

help.JPG

请问您是用b3lyp基组计算的吗？我正文中的基组是HF，如果是HF，我这边计算也是比较顺利的。

但是一换成 高精度基组就出错了。奇怪！
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-25 15:40:57
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gauss98

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
flyingfish00: 金币+40, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2012-11-25 20:57:45
本帖内容被屏蔽
5楼2012-11-25 15:52:29
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gauss98

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
flyingfish00: 金币+60, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2012-11-25 21:02:02
本帖内容被屏蔽
6楼2012-11-25 16:01:14
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flyingfish00

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gauss98 at 2012-11-25 15:52:29
花了点时间对楼主的问题做了次重复计算，把结果拿出来共楼主参考。
计算条件：
gaussian09 B01版本， xeon 5472*2  服务器 ， nproc=8

1.用 楼主的输入文件做计算，都正常结束。不知道楼主莫名其妙退出时什么原 ...

非常感谢。
您说的这几条对我来说，很有帮助。我现在问题还没解决。我用超算中心的服务器计算，也有问题。我想肯定是哪里出问题了。

其实我研究的是大气中，羟基自由基OH攻击有机物分子的过程，采用柔性扫描，是寻找羟基自由基OH接近有机物分子过程中的能量最高点，找到后再进行TS找寻过渡态。

再次表示感谢！我再琢磨琢磨。
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7楼2012-11-25 21:01:28
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flyingfish00

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gauss98 at 2012-11-25 16:01:14
输入文件：

! %chk=C:\Gaussian\phenol\04_phenol_0H_othro_redundant.chk
%nprocshared=8
# opt=modredundant ub3lyp/6-31g(d) nosymm scf(maxcycle=300,qc) geom=connectivity

phenol-OH ortho redundan ...

非常感谢，我再用超算中心的计算机算一次。我自己的电脑太破了。
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8楼2012-11-25 21:02:31
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狼外婆

金虫 (著名写手)
好人好贴。。。
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9楼2012-11-27 09:19:50
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flyingfish00

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 狼外婆 at 2012-11-27 09:19:50
好人好贴。。。

奖励几个金币，鼓励一把。呵呵。
赞一下 回复此楼
10楼2012-11-27 16:11:24
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