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flyingfish00

铜虫 (正式写手)

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[求助] 求支援--gaussian 柔性扫描总是莫名退出，找不到原因。

做一个小的计算，进行邻苯二酚的柔性扫描（opt=modredundant）。分子结构是已经优化好的分子结构，导入进行柔性扫描。

开始使用小基组(uhf/3-21g)来做柔性扫描，还挺顺利的，顺利的找到了能量较高的点。
所使用的gjf文件内容为：
——————————————————————————————
%chk=C:\Gaussian\phenol\04_phenol_0H_othro_redundant.chk
%nprocshared=2
# opt=modredundant uhf/3-21g nosymm scf(maxcycle=300,qc) geom=connectivity

phenol-OH ortho redundant

0 2
C                -1.67101400 -1.02358000 0.23264100
C                -1.96232700 0.33247600 -0.06700600
C                -0.96971200 1.21545500 -0.39033700
C                0.48579000 0.84642900 -0.36921900
C                0.68967700 -0.62759100 -0.13072800
C                -0.33582000 -1.48367900 0.18943500
O                1.99025800 -1.00483700 -0.24180800
H                -2.46949000 -1.71202800 0.48972100
H                -2.99664000 0.66750300 -0.04492700
H                -1.19241400 2.25467200 -0.61602000
H                -0.11817000 -2.53147100 0.39541100
H                2.06095800 -1.95751000 -0.06419300
H                0.98144000 1.12280900 -1.31073500
O                1.20543100 1.64142600 0.60539400
H                0.74924500 1.50625700 1.45334400

1 2 1.5 6 1.5 8 1.0
2 3 2.0 9 1.0
3 4 1.0 10 1.0
4 5 1.0 13 1.0 14 1.0
5 6 2.0 7 1.0
6 11 1.0
7 12 1.0
8
9
10
11
12
13
14 15 1.0
15

B 4 14 S 3 0.0500000
————————————————————————————
结果还挺顺利，顺利完成扫描，下面是结果：
分子结构：

能量变化曲线

小基组完了以后，就准备采用更高一点的基组(ub3lyp/6-31g(d))来重新进行柔性扫描。gjf内容还是上面的内容，就是基组换成了 ub3lyp/6-31g(d)。

结果问题来了，运行了一段时候后，gaussian就弹出个对话框： openprocess failed in startlink。也没说原因。

再查看out文件，out文件最后也没有说明是什么原因。仿佛就是自然中断了一样。
————————————————————————————————
Harris functional with IExCor=  402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 1.61D-01 ExpMax= 5.48D+03 ExpMxC= 8.25D+02 IAcc=1 IRadAn=       1 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=       1 IDoV= 1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=          0 FMFlag=    100000 FMFlg1=          0
      NFxFlg=          0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
      Omega=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 ICntrl=    500 IOpCl=  0
      NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
      I1Cent=          4 NGrid=          0.
Symmetry not used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within  40 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on          energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
Initial convergence to 1.0D-05 achieved.  Increase integral accuracy.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -383.217669131    A.U. after 15 cycles
         Convg  = 0.5646D-08          -V/T =  2.0094
= 0.0000 = 0.0000 = 0.5000 = 0.7826 S= 0.5162
= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation    0.7826, after    0.7506
QCSCF skips out because SCF is already converged.
Calling FoFJK, ICntrl=    2127 FMM=F ISym2X=0 I1Cent= 0 IOpClX= 1 NMat=1 NMatS=1 NMatT=0.
-------------------------------------------------------------------
Center    Atomic                Forces (Hartrees/Bohr)
Number    Number             X             Y             Z
-------------------------------------------------------------------
   1       6          0.000552860 0.000261531 -0.000034388
   2       6       -0.000137206 -0.000662756 0.000380411
   3       6          0.003328125 0.001029937 0.001394776
   4       6          0.010272746 0.012638895 0.019845318
   5       6          0.001611720 0.003593828 0.001147491
   6       6       -0.001022950 -0.000054718 0.000259065
   7       8       -0.000318132 -0.000142463 -0.000093789
   8       1          0.000010625 -0.000006488 -0.000002513
   9       1          0.000045225 -0.000024698 -0.000178775
   10       1       -0.000091426 -0.000127936 -0.000143429
   11       1          0.000010046 0.000045639 -0.000135751
   12       1          0.000034210 -0.000016400 -0.000039541
   13       1          0.001273744 0.001644310 0.002561579
   14       8       -0.014140392 -0.016929990 -0.024093930
   15       1       -0.001429195 -0.001248691 -0.000866523
-------------------------------------------------------------------
Cartesian Forces:  Max    0.024093930 RMS    0.006279918
————————————————————————————————

目前，我所采取的对策有：
1. 使用优化后的分子构型；
2. 采用scf=qc；
3. 减小柔性扫描步长，原来步长是0.1，后来改成 0.05
4. 增加迭代次数 maxcyc=300;
5. 不考虑对称性，增加参数 nosymm；
但是都没有解决。而且用GaussianView打开chk文件，也打不开。说是非正常中断，不能打开。但是以前有柔性扫描中断什么的，用GaussianView也是可以打开的，比如扫了4-5步，这几步的数据就能打开。

6.现在我又尝试减少步数（steps）。开始是3步，成功；然后增加到5步，成功；再增加到10次，失败，莫名退出。估计这个步数有问题了。请问我如何解决？

真是奇怪，还请各位大牛帮忙指点一下。还有什么更好的解决方案没。多谢！

[ Last edited by flyingfish00 on 2012-11-24 at 13:36 ]

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1楼 2012-11-24 13:33:42

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flyingfish00

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引用回帖:

5楼: Originally posted by gauss98 at 2012-11-25 15:52:29
花了点时间对楼主的问题做了次重复计算，把结果拿出来共楼主参考。
计算条件：
gaussian09 B01版本， xeon 5472*2 服务器， nproc=8

1.用楼主的输入文件做计算，都正常结束。不知道楼主莫名其妙退出时什么原 ...

非常感谢。
您说的这几条对我来说，很有帮助。我现在问题还没解决。我用超算中心的服务器计算，也有问题。我想肯定是哪里出问题了。

其实我研究的是大气中，羟基自由基OH攻击有机物分子的过程，采用柔性扫描，是寻找羟基自由基OH接近有机物分子过程中的能量最高点，找到后再进行TS找寻过渡态。

再次表示感谢！我再琢磨琢磨。