版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

xixi1007

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1918.4
散金: 225
红花: 1
帖子: 228
在线: 394.4小时
虫号: 571532
注册: 2008-06-10

[求助] gaussian计算频率时输出的hessian是那一部分啊

我用水做一例子计算hessian矩阵。以下是输出文件中的一部分，但是不太清楚哪部分是。是最后的 Hessian after L703:后面的吗。是的话，水的话其hessian矩阵是9*9的吗，那么它上三角的内容是什么呢。还有下面出现的D是什么意思啊。是我们平常说的指数e吗？
Hessian from J:
            1          2          3          4          5
   1  0.000000D+00
   2  0.000000D+00  0.000000D+00
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.441362D+01
   5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.948350D+00
   6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
   8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
   9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.121877D+01
   10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
   11  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
   12  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.121877D+01
            6          7          8          9          10
   6 -0.273959D+01
   7  0.000000D+00 -0.214794D+01
   8  0.121674D+01  0.000000D+00 -0.602963D+00
   9  0.136980D+01  0.000000D+00 -0.121776D+01 -0.129566D+01
   10  0.000000D+00 -0.588633D-01  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.214794D+01
   11 -0.121674D+01  0.000000D+00  0.128788D+00 -0.101712D-02  0.000000D+00
   12  0.136980D+01  0.000000D+00  0.101712D-02 -0.741375D-01  0.000000D+00
            11          12
   11 -0.602963D+00
   12  0.121776D+01 -0.129566D+01
Force constants from FoF:
            1          2          3          4          5
   1  0.000000D+00
   2  0.000000D+00  0.000000D+00
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.441362D+01
   5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.948350D+00
   6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
   8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
   9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.121877D+01
   10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
   11  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
   12  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.121877D+01
            6          7          8          9          10
   6 -0.273959D+01
   7  0.000000D+00 -0.214794D+01
   8  0.121674D+01  0.000000D+00 -0.602963D+00
   9  0.136980D+01  0.000000D+00 -0.121776D+01 -0.129566D+01
   10  0.000000D+00 -0.588633D-01  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.214794D+01
   11 -0.121674D+01  0.000000D+00  0.128788D+00 -0.101712D-02  0.000000D+00
   12  0.136980D+01  0.000000D+00  0.101712D-02 -0.741375D-01  0.000000D+00
            11          12
   11 -0.602963D+00
   12  0.121776D+01 -0.129566D+01
Second derivatives from L703 IAtSt=0:
            1          2          3          4          5
   1  0.000000D+00
   2  0.000000D+00  0.000000D+00
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.441362D+01
   5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.948350D+00
   6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
   8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
   9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.121877D+01
   10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
   11  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
   12  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.121877D+01
            6          7          8          9          10
   6 -0.273959D+01
   7  0.000000D+00 -0.214794D+01
   8  0.121674D+01  0.000000D+00 -0.602963D+00
   9  0.136980D+01  0.000000D+00 -0.121776D+01 -0.129566D+01
   10  0.000000D+00 -0.588633D-01  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.214794D+01
   11 -0.121674D+01  0.000000D+00  0.128788D+00 -0.101712D-02  0.000000D+00
   12  0.136980D+01  0.000000D+00  0.101712D-02 -0.741375D-01  0.000000D+00
            11          12
   11 -0.602963D+00
   12  0.121776D+01 -0.129566D+01
Polarizability into L703:
            1          2          3
   1  0.783222D+00
   2  0.000000D+00  0.680812D+01
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.362564D+01
Polarizability after L703:
            1          2          3
   1  0.783222D+00
   2  0.000000D+00  0.680812D+01
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.362564D+01
Dipole Derivatives into L703:
               1          2          3          4          5
   1  -0.871467D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.435734D+00  0.000000D+00
   2 0.000000D+00 -0.387147D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.193574D+00
   3 0.000000D+00  0.000000D+00 -0.329661D+00  0.000000D+00  0.103814D+00
               6          7          8          9
   1 0.000000D+00  0.435734D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   2 0.176832D+00  0.000000D+00  0.193574D+00 -0.176832D+00
   3 0.164831D+00  0.000000D+00 -0.103814D+00  0.164831D+00
Dipole Derivatives after L703:
               1          2          3          4          5
   1  -0.871467D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.435734D+00  0.000000D+00
   2 0.000000D+00 -0.387147D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.193574D+00
   3 0.000000D+00  0.000000D+00 -0.329661D+00  0.000000D+00  0.103814D+00
               6          7          8          9
   1 0.000000D+00  0.435734D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   2 0.176832D+00  0.000000D+00  0.193574D+00 -0.176832D+00
   3 0.164831D+00  0.000000D+00 -0.103814D+00  0.164831D+00
Hessian into L703:
            1          2          3          4          5
   1  0.441373D+01
   2  0.000000D+00  0.166319D+01
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.317440D+01
   4 -0.220687D+01  0.000000D+00  0.000000D+00  0.214806D+01
   5  0.000000D+00 -0.831595D+00 -0.103436D+01  0.000000D+00  0.997733D+00
   6  0.000000D+00 -0.957818D+00 -0.158720D+01  0.000000D+00  0.996090D+00
   7 -0.220687D+01  0.000000D+00  0.000000D+00  0.588069D-01  0.000000D+00
   8  0.000000D+00 -0.831595D+00  0.103436D+01  0.000000D+00 -0.166139D+00
   9  0.000000D+00  0.957818D+00 -0.158720D+01  0.000000D+00  0.382723D-01
            6          7          8          9
   6  0.149973D+01
   7  0.000000D+00  0.214806D+01
   8 -0.382723D-01  0.000000D+00  0.997733D+00
   9  0.874759D-01  0.000000D+00 -0.996090D+00  0.149973D+01
Hessian after L703:
            1          2          3          4          5
   1  0.117370D-03
   2  0.000000D+00  0.714839D+00
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.434810D+00
   4 -0.586851D-04  0.000000D+00  0.000000D+00  0.115086D-03
   5  0.000000D+00 -0.357419D+00  0.182376D+00  0.000000D+00  0.394771D+00
   6  0.000000D+00  0.260955D+00 -0.217405D+00  0.000000D+00 -0.221665D+00
   7 -0.586851D-04  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.564006D-04  0.000000D+00
   8  0.000000D+00 -0.357419D+00 -0.182376D+00  0.000000D+00 -0.373513D-01
   9  0.000000D+00 -0.260955D+00 -0.217405D+00  0.000000D+00  0.392894D-01
            6          7          8          9
   6  0.204067D+00
   7  0.000000D+00  0.115086D-03
   8 -0.392894D-01  0.000000D+00  0.394771D+00
   9  0.133384D-01  0.000000D+00  0.221665D+00  0.204067D+00

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

自己感觉好的东西

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

求助，谢谢各位啦已经有1人回复
如何用分子模型计算固体的振动频率已经有4人回复
振动分辨的电子光谱的计算已经有30人回复
Gaussian 09优化MOF Cu-BTC（HKUST-1)结构后，用同样的方法和基组计算其频率报错？已经有6人回复
谈谈谐振频率校正因子已经有9人回复
MATERIAL STUDIO 6.0 DMOL3 模拟计算如何利用上次优化好的结果算其它性质? 已经有5人回复
Gaussian TDDFT 激发态频率计算输入文件已经有8人回复
gauss计算的频率是简正模式吗？那红外光谱怎么得到的？已经有11人回复
Gaussian计算频率输入文件编辑，请指教已经有3人回复
Gaussian频率计算，如何加温度？已经有13人回复
强烈求助Error termination request processed by link 9999错误已经有17人回复
【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧已经有105人回复
【求助】Gaussian优化和频率计算结果出现虚频怎么办呢？已经有12人回复
【求助】gaussian频率计算问题已经有9人回复
【求助】gaussian中简正坐标的输出已经有10人回复
【求助】TD-DFT优化激发态构型后的频率问题已经有11人回复

1楼 2015-04-09 14:49:42

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

专家经验: +458
QC强帖: 12
应助: 88 (初中生)
金币: 13049.7
散金: 27307
红花: 300
帖子: 4673
在线: 927.1小时
虫号: 408372
注册: 2007-06-21
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 计算模拟

★ ★
gmy1990: 金币+2 2015-04-17 01:42:10

引用回帖:

8楼: Originally posted by xixi1007 at 2015-04-16 11:37:46
gaussian计算时，不是要先将hessian矩阵转换为质量加权的hessian矩阵吗，然后将质量加权的hessian矩阵对角化，得到的本征值即为振动频率。我现在就需要这个质量加权的hessian矩阵。还有gaussian中这个hessian矩阵的 ...

M^1/2 * hessian * M^1/2就是质量加权的hessian。M是原子量矩阵。Matlab语言的写法是
sqrtm(M) * hessian * sqrtm(M)。

有的对角化程序不需要提前计算质量加权的hessian。Matlab命令：
[p,q]=eig(hessian,M); q=diag(q);
p是质量加权的简正模式（不是Gaussian程序打印的那种），q是原子单位的特征值。
5140.48715246*sqrt(q)是波数单位的振动频率。

赞一下(1人)

回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xixi1007

beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地

9楼2015-04-16 23:54:10

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

普通回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

专家经验: +458
QC强帖: 12
应助: 88 (初中生)
金币: 13049.7
散金: 27307
红花: 300
帖子: 4673
在线: 927.1小时
虫号: 408372
注册: 2007-06-21
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 计算模拟

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3, 感谢应助 2015-04-10 22:29:43
xixi1007: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢！ 2015-04-20 14:35:15

前面的Hessian是每个能量项分步叠加的结果。只有Hessian after L703之后才是频率计算用的总Hessian。

赞一下

回复此楼

beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地

2楼2015-04-09 22:51:46

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xixi1007

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1918.4
散金: 225
红花: 1
帖子: 228
在线: 394.4小时
虫号: 571532
注册: 2008-06-10

引用回帖:

2楼: Originally posted by beefly at 2015-04-09 22:51:46
前面的Hessian是每个能量项分步叠加的结果。只有Hessian after L703之后才是频率计算用的总Hessian。

谢谢回复！输出的hessian矩阵是下三角的。上三角的内容是和小三角的内容对称的吗

赞一下

回复此楼

3楼2015-04-11 10:27:11

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

应助: 718 (博后)
金币: 8336.9
散金: 175
红花: 80
帖子: 1498
在线: 542.6小时
虫号: 2620258
注册: 2013-08-28
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xixi1007: 金币+8, ★★★很有帮助 2015-04-15 13:48:34

引用回帖:

3楼: Originally posted by xixi1007 at 2015-04-11 10:27:11
谢谢回复！输出的hessian矩阵是下三角的。上三角的内容是和小三角的内容对称的吗...

应该是的。
水的hessian是9*9
hessian本身是对称的，所以输出一个三角的数据就够了。

赞一下

回复此楼

4楼2015-04-13 09:32:43

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xixi1007

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1918.4
散金: 225
红花: 1
帖子: 228
在线: 394.4小时
虫号: 571532
注册: 2008-06-10

引用回帖:

4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-04-13 09:32:43
应该是的。
水的hessian是9*9
hessian本身是对称的，所以输出一个三角的数据就够了。...

麻烦再问一下这个hessian矩阵就是the original Hessian matrix in the mass-weighted Cartesian coordinate system 吗

赞一下

回复此楼

5楼2015-04-15 15:09:16

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

应助: 718 (博后)
金币: 8336.9
散金: 175
红花: 80
帖子: 1498
在线: 542.6小时
虫号: 2620258
注册: 2013-08-28
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

5楼: Originally posted by xixi1007 at 2015-04-15 15:09:16
麻烦再问一下这个hessian矩阵就是the original Hessian matrix in the mass-weighted Cartesian coordinate system 吗...

hessian矩阵就是各个分量上的二阶导

赞一下

回复此楼

6楼2015-04-16 08:32:03

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

专家经验: +458
QC强帖: 12
应助: 88 (初中生)
金币: 13049.7
散金: 27307
红花: 300
帖子: 4673
在线: 927.1小时
虫号: 408372
注册: 2007-06-21
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 计算模拟

★ ★
gmy1990: 金币+2, 感谢应助 2015-04-17 01:41:59

引用回帖:

5楼: Originally posted by xixi1007 at 2015-04-15 15:09:16
麻烦再问一下这个hessian矩阵就是the original Hessian matrix in the mass-weighted Cartesian coordinate system 吗...

Hessian有是否mass-weighted的区别。质量无关的Hessian是基本量，质量加权只有在计算过程中遇到。

Cartesian coordinate system只有在计算反应坐标的时候才是mass-weighted，一般情况下和质量无关。

所以你这句话是毫无意义的。

赞一下

回复此楼

beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地

7楼2015-04-16 10:05:13

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xixi1007

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1918.4
散金: 225
红花: 1
帖子: 228
在线: 394.4小时
虫号: 571532
注册: 2008-06-10

引用回帖:

7楼: Originally posted by beefly at 2015-04-16 10:05:13
Hessian有是否mass-weighted的区别。质量无关的Hessian是基本量，质量加权只有在计算过程中遇到。

Cartesian coordinate system只有在计算反应坐标的时候才是mass-weighted，一般情况下和质量无关。

所以你这 ...

gaussian计算时，不是要先将hessian矩阵转换为质量加权的hessian矩阵吗，然后将质量加权的hessian矩阵对角化，得到的本征值即为振动频率。我现在就需要这个质量加权的hessian矩阵。还有gaussian中这个hessian矩阵的具体单位是什么吗。怎样将这个频率转换为波数cm-1的形式呢。

赞一下

回复此楼

8楼2015-04-16 11:37:46

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xixi1007

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1918.4
散金: 225
红花: 1
帖子: 228
在线: 394.4小时
虫号: 571532
注册: 2008-06-10

引用回帖:

9楼: Originally posted by beefly at 2015-04-16 23:54:10
M^1/2 * hessian * M^1/2就是质量加权的hessian。M是原子量矩阵。Matlab语言的写法是
sqrtm(M) * hessian * sqrtm(M)。

有的对角化程序不需要提前计算质量加权的hessian。Matlab命令：
=eig(hessian,M); q=d ...

感谢您的回复！麻烦再问一下您公式中的（hessian,M）是社么意思，质量加权的hessian矩阵吗，是Hessian after L703后面的那个矩阵吗。那么Hessian after L703后面的那个矩阵跟Force constants in Cartesian coordinates后面的那个矩阵有什么不同。因为本身计算频率的hessian矩阵就是力常数矩阵啊。还有，gaussian输出文件里的力常数单位是mdyn*A-1*amu-1吗，转换成波数的单位是利用公式sqrt(q)/2*pi*c吧，我怎么得不到5140.48715246这个值呢。

赞一下

回复此楼

10楼2015-04-20 09:30:37

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 xixi1007 的主题更新

返回列表

最具人气热帖推荐 [查看全部]		作者	回/看	最后发表

[考研] 考研调剂-材料类-284 +19	想换手机不想解� 2026-04-08	19/950	2026-04-09 08:48 by psj2001
[考研] 一志愿0703化学招61最终排名62化学求调剂 +13	招61排名62 2026-04-07	15/750	2026-04-08 23:06 by 招61排名62
[考研] 302分求调剂 +4	凡语祈愿 2026-04-08	5/250	2026-04-08 22:03 by 土木硕士招生
[考研] 275求调剂 +4	1624447980 2026-04-08	5/250	2026-04-08 15:29 by 哦哦123
[考研] 材料专硕调剂 +17	CXN123456 2026-04-03	17/850	2026-04-08 11:10 by lijunpoly
[考研] 338求调剂 +8	wxygxsaaaaa 2026-04-06	8/400	2026-04-08 06:58 by 无际的草原
[考研] 生物医药调剂｜SCI中科院三区一作+多项科研成果 +8	likangxing 2026-04-07	11/550	2026-04-08 00:02 by lys0704
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6	崔wj 2026-04-02	6/300	2026-04-07 18:45 by 求调剂zz
[考研] 318求调剂 +5	李青山山山 2026-04-07	5/250	2026-04-07 18:24 by 蓝云思雨
[考研] 325 调剂 +6	QQ小虾 2026-04-07	6/300	2026-04-07 15:17 by Ccclqqq
[考研] 305分求调剂 +3	哈_哈_哈_哈_哈 2026-04-04	5/250	2026-04-07 14:49 by 哈_哈_哈_哈_哈
[考研] 08600生物与医药-327 +9	18755400796 2026-04-05	9/450	2026-04-06 22:35 by 52305043001
[考研] 专硕304找调剂，一线城市最好 +3	李lsl李 2026-04-05	3/150	2026-04-06 12:16 by ffffjjjj
[考研] 324求调剂 +3	k可乐 2026-04-05	4/200	2026-04-06 09:54 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿武汉理工大学-085601材料工程（专硕）-总分353求调剂 +3	2626262626li 2026-04-02	3/150	2026-04-06 09:08 by 无际的草原
[考研] 085600，320分求调剂 +16	大馋小子 2026-04-04	17/850	2026-04-06 07:58 by MOF_Catal
[考研] 计算机11408，286分求调剂 +7	木子念晞 2026-04-05	7/350	2026-04-05 19:02 by chy09050039
[考研] 326求调剂 +3	顾若浮生 2026-04-05	3/150	2026-04-05 18:32 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂 +3	心想事成可 2026-04-03	3/150	2026-04-03 11:22 by wangjy2002
[考研] 283求调剂 +3	jiouuu 2026-04-02	4/200	2026-04-02 14:08 by 哒哒哒呱呱呱