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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian计算频率时输出的hessian是那一部分啊
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xixi1007

木虫 (小有名气)
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引用回帖:
9楼: Originally posted by beefly at 2015-04-16 23:54:10
M^1/2 * hessian * M^1/2就是质量加权的hessian。M是原子量矩阵。Matlab语言的写法是
sqrtm(M) * hessian *  sqrtm(M)。

有的对角化程序不需要提前计算质量加权的hessian。Matlab命令：
=eig(hessian,M); q=d ...

您好！我以NMA分子为例计算了此分子的振动频率和hessian矩阵，如下图所示，第一列是gaussian计算得到的30个振动模式的频率。第二列是将Hessian after L703后面的矩阵对角化后取其中最后的30个本征值，第二例是将Force constants in Cartesian coordinates后面的矩阵对角化后取其中最后的30个本征值，可以看出这两列的值是非常相近的，但其本证矢量是不一样的。所以我不确定这两个哪一个是质量加权的hessian矩阵。
另外,图中第四列是第一例和第二例的比值，如按您所说5140.48715246*sqrt(q)就是转换成波数单位的振动频率，那这个比值应该是5140.48715246，可这里显然不是啊。
同时，Vibrational analysis in Gussian 中说，将质量加权的hessian矩阵对角化后，其本征值就是基本频率，之后gaussian将其转换成波数的单位cm-1并输出。如果是这样的话，第四列也应该是一个常数啊，起码应该比较相近吧。
gaussian计算频率时输出的hessian是那一部分啊
NMA.jpg
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11楼2015-04-20 14:54:07
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