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xixi1007

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[求助] gaussian计算频率时输出的hessian是那一部分啊

我用水做一例子计算hessian矩阵。以下是输出文件中的一部分，但是不太清楚哪部分是。是最后的 Hessian after L703:后面的吗。是的话，水的话其hessian矩阵是9*9的吗，那么它上三角的内容是什么呢。还有下面出现的D是什么意思啊。是我们平常说的指数e吗？
Hessian from J:
            1          2          3          4          5
   1  0.000000D+00
   2  0.000000D+00  0.000000D+00
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.441362D+01
   5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.948350D+00
   6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
   8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
   9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.121877D+01
   10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
   11  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
   12  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.121877D+01
            6          7          8          9          10
   6 -0.273959D+01
   7  0.000000D+00 -0.214794D+01
   8  0.121674D+01  0.000000D+00 -0.602963D+00
   9  0.136980D+01  0.000000D+00 -0.121776D+01 -0.129566D+01
   10  0.000000D+00 -0.588633D-01  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.214794D+01
   11 -0.121674D+01  0.000000D+00  0.128788D+00 -0.101712D-02  0.000000D+00
   12  0.136980D+01  0.000000D+00  0.101712D-02 -0.741375D-01  0.000000D+00
            11          12
   11 -0.602963D+00
   12  0.121776D+01 -0.129566D+01
Force constants from FoF:
            1          2          3          4          5
   1  0.000000D+00
   2  0.000000D+00  0.000000D+00
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.441362D+01
   5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.948350D+00
   6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
   8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
   9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.121877D+01
   10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
   11  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
   12  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.121877D+01
            6          7          8          9          10
   6 -0.273959D+01
   7  0.000000D+00 -0.214794D+01
   8  0.121674D+01  0.000000D+00 -0.602963D+00
   9  0.136980D+01  0.000000D+00 -0.121776D+01 -0.129566D+01
   10  0.000000D+00 -0.588633D-01  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.214794D+01
   11 -0.121674D+01  0.000000D+00  0.128788D+00 -0.101712D-02  0.000000D+00
   12  0.136980D+01  0.000000D+00  0.101712D-02 -0.741375D-01  0.000000D+00
            11          12
   11 -0.602963D+00
   12  0.121776D+01 -0.129566D+01
Second derivatives from L703 IAtSt=0:
            1          2          3          4          5
   1  0.000000D+00
   2  0.000000D+00  0.000000D+00
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.441362D+01
   5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.948350D+00
   6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
   8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
   9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.121877D+01
   10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
   11  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
   12  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.121877D+01
            6          7          8          9          10
   6 -0.273959D+01
   7  0.000000D+00 -0.214794D+01
   8  0.121674D+01  0.000000D+00 -0.602963D+00
   9  0.136980D+01  0.000000D+00 -0.121776D+01 -0.129566D+01
   10  0.000000D+00 -0.588633D-01  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.214794D+01
   11 -0.121674D+01  0.000000D+00  0.128788D+00 -0.101712D-02  0.000000D+00
   12  0.136980D+01  0.000000D+00  0.101712D-02 -0.741375D-01  0.000000D+00
            11          12
   11 -0.602963D+00
   12  0.121776D+01 -0.129566D+01
Polarizability into L703:
            1          2          3
   1  0.783222D+00
   2  0.000000D+00  0.680812D+01
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.362564D+01
Polarizability after L703:
            1          2          3
   1  0.783222D+00
   2  0.000000D+00  0.680812D+01
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.362564D+01
Dipole Derivatives into L703:
               1          2          3          4          5
   1  -0.871467D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.435734D+00  0.000000D+00
   2 0.000000D+00 -0.387147D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.193574D+00
   3 0.000000D+00  0.000000D+00 -0.329661D+00  0.000000D+00  0.103814D+00
               6          7          8          9
   1 0.000000D+00  0.435734D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   2 0.176832D+00  0.000000D+00  0.193574D+00 -0.176832D+00
   3 0.164831D+00  0.000000D+00 -0.103814D+00  0.164831D+00
Dipole Derivatives after L703:
               1          2          3          4          5
   1  -0.871467D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.435734D+00  0.000000D+00
   2 0.000000D+00 -0.387147D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.193574D+00
   3 0.000000D+00  0.000000D+00 -0.329661D+00  0.000000D+00  0.103814D+00
               6          7          8          9
   1 0.000000D+00  0.435734D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
   2 0.176832D+00  0.000000D+00  0.193574D+00 -0.176832D+00
   3 0.164831D+00  0.000000D+00 -0.103814D+00  0.164831D+00
Hessian into L703:
            1          2          3          4          5
   1  0.441373D+01
   2  0.000000D+00  0.166319D+01
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.317440D+01
   4 -0.220687D+01  0.000000D+00  0.000000D+00  0.214806D+01
   5  0.000000D+00 -0.831595D+00 -0.103436D+01  0.000000D+00  0.997733D+00
   6  0.000000D+00 -0.957818D+00 -0.158720D+01  0.000000D+00  0.996090D+00
   7 -0.220687D+01  0.000000D+00  0.000000D+00  0.588069D-01  0.000000D+00
   8  0.000000D+00 -0.831595D+00  0.103436D+01  0.000000D+00 -0.166139D+00
   9  0.000000D+00  0.957818D+00 -0.158720D+01  0.000000D+00  0.382723D-01
            6          7          8          9
   6  0.149973D+01
   7  0.000000D+00  0.214806D+01
   8 -0.382723D-01  0.000000D+00  0.997733D+00
   9  0.874759D-01  0.000000D+00 -0.996090D+00  0.149973D+01
Hessian after L703:
            1          2          3          4          5
   1  0.117370D-03
   2  0.000000D+00  0.714839D+00
   3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.434810D+00
   4 -0.586851D-04  0.000000D+00  0.000000D+00  0.115086D-03
   5  0.000000D+00 -0.357419D+00  0.182376D+00  0.000000D+00  0.394771D+00
   6  0.000000D+00  0.260955D+00 -0.217405D+00  0.000000D+00 -0.221665D+00
   7 -0.586851D-04  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.564006D-04  0.000000D+00
   8  0.000000D+00 -0.357419D+00 -0.182376D+00  0.000000D+00 -0.373513D-01
   9  0.000000D+00 -0.260955D+00 -0.217405D+00  0.000000D+00  0.392894D-01
            6          7          8          9
   6  0.204067D+00
   7  0.000000D+00  0.115086D-03
   8 -0.392894D-01  0.000000D+00  0.394771D+00
   9  0.133384D-01  0.000000D+00  0.221665D+00  0.204067D+00

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1楼 2015-04-09 14:49:42

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2楼: Originally posted by beefly at 2015-04-09 22:51:46
前面的Hessian是每个能量项分步叠加的结果。只有Hessian after L703之后才是频率计算用的总Hessian。

谢谢回复！输出的hessian矩阵是下三角的。上三角的内容是和小三角的内容对称的吗

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3楼2015-04-11 10:27:11

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beefly

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gmy1990: 金币+3, 感谢应助 2015-04-10 22:29:43
xixi1007: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢！ 2015-04-20 14:35:15

前面的Hessian是每个能量项分步叠加的结果。只有Hessian after L703之后才是频率计算用的总Hessian。

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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地

2楼2015-04-09 22:51:46

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枪下游魂

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【答案】应助回帖

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xixi1007: 金币+8, ★★★很有帮助 2015-04-15 13:48:34

引用回帖:

3楼: Originally posted by xixi1007 at 2015-04-11 10:27:11
谢谢回复！输出的hessian矩阵是下三角的。上三角的内容是和小三角的内容对称的吗...

应该是的。
水的hessian是9*9
hessian本身是对称的，所以输出一个三角的数据就够了。

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4楼2015-04-13 09:32:43

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xixi1007

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引用回帖:

4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-04-13 09:32:43
应该是的。
水的hessian是9*9
hessian本身是对称的，所以输出一个三角的数据就够了。...

麻烦再问一下这个hessian矩阵就是the original Hessian matrix in the mass-weighted Cartesian coordinate system 吗

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5楼2015-04-15 15:09:16

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