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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian计算频率时输出的hessian是那一部分啊
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xixi1007

木虫 (小有名气)

[求助] gaussian计算频率时输出的hessian是那一部分啊

我用水做一例子计算hessian矩阵。以下是输出文件中的一部分，但是不太清楚哪部分是。是最后的 Hessian after L703:后面的吗。是的话，水的话其hessian矩阵是9*9的吗，那么它上三角的内容是什么呢。还有下面出现的D是什么意思啊。是我们平常说的指数e吗？
Hessian from J:
                1             2             3             4             5
      1  0.000000D+00
      2  0.000000D+00  0.000000D+00
      3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.441362D+01
      5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.948350D+00
      6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
      8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
      9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.121877D+01
     10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
     11  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
     12  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.121877D+01
                6             7             8             9            10
      6 -0.273959D+01
      7  0.000000D+00 -0.214794D+01
      8  0.121674D+01  0.000000D+00 -0.602963D+00
      9  0.136980D+01  0.000000D+00 -0.121776D+01 -0.129566D+01
     10  0.000000D+00 -0.588633D-01  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.214794D+01
     11 -0.121674D+01  0.000000D+00  0.128788D+00 -0.101712D-02  0.000000D+00
     12  0.136980D+01  0.000000D+00  0.101712D-02 -0.741375D-01  0.000000D+00
               11            12
     11 -0.602963D+00
     12  0.121776D+01 -0.129566D+01
Force constants from FoF:
                1             2             3             4             5
      1  0.000000D+00
      2  0.000000D+00  0.000000D+00
      3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.441362D+01
      5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.948350D+00
      6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
      8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
      9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.121877D+01
     10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
     11  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
     12  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.121877D+01
                6             7             8             9            10
      6 -0.273959D+01
      7  0.000000D+00 -0.214794D+01
      8  0.121674D+01  0.000000D+00 -0.602963D+00
      9  0.136980D+01  0.000000D+00 -0.121776D+01 -0.129566D+01
     10  0.000000D+00 -0.588633D-01  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.214794D+01
     11 -0.121674D+01  0.000000D+00  0.128788D+00 -0.101712D-02  0.000000D+00
     12  0.136980D+01  0.000000D+00  0.101712D-02 -0.741375D-01  0.000000D+00
               11            12
     11 -0.602963D+00
     12  0.121776D+01 -0.129566D+01
Second derivatives from L703 IAtSt=0:
                1             2             3             4             5
      1  0.000000D+00
      2  0.000000D+00  0.000000D+00
      3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.441362D+01
      5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.948350D+00
      6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
      8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
      9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.121877D+01
     10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.220681D+01  0.000000D+00
     11  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.474175D+00
     12  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.121877D+01
                6             7             8             9            10
      6 -0.273959D+01
      7  0.000000D+00 -0.214794D+01
      8  0.121674D+01  0.000000D+00 -0.602963D+00
      9  0.136980D+01  0.000000D+00 -0.121776D+01 -0.129566D+01
     10  0.000000D+00 -0.588633D-01  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.214794D+01
     11 -0.121674D+01  0.000000D+00  0.128788D+00 -0.101712D-02  0.000000D+00
     12  0.136980D+01  0.000000D+00  0.101712D-02 -0.741375D-01  0.000000D+00
               11            12
     11 -0.602963D+00
     12  0.121776D+01 -0.129566D+01
Polarizability into L703:
                1             2             3
      1  0.783222D+00
      2  0.000000D+00  0.680812D+01
      3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.362564D+01
Polarizability after L703:
                1             2             3
      1  0.783222D+00
      2  0.000000D+00  0.680812D+01
      3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.362564D+01
Dipole Derivatives into L703:
                 1             2             3             4             5
      1  -0.871467D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.435734D+00  0.000000D+00
      2   0.000000D+00 -0.387147D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.193574D+00
      3   0.000000D+00  0.000000D+00 -0.329661D+00  0.000000D+00  0.103814D+00
                 6             7             8             9
      1   0.000000D+00  0.435734D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      2   0.176832D+00  0.000000D+00  0.193574D+00 -0.176832D+00
      3   0.164831D+00  0.000000D+00 -0.103814D+00  0.164831D+00
Dipole Derivatives after L703:
                 1             2             3             4             5
      1  -0.871467D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.435734D+00  0.000000D+00
      2   0.000000D+00 -0.387147D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.193574D+00
      3   0.000000D+00  0.000000D+00 -0.329661D+00  0.000000D+00  0.103814D+00
                 6             7             8             9
      1   0.000000D+00  0.435734D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      2   0.176832D+00  0.000000D+00  0.193574D+00 -0.176832D+00
      3   0.164831D+00  0.000000D+00 -0.103814D+00  0.164831D+00
Hessian into L703:
                1             2             3             4             5
      1  0.441373D+01
      2  0.000000D+00  0.166319D+01
      3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.317440D+01
      4 -0.220687D+01  0.000000D+00  0.000000D+00  0.214806D+01
      5  0.000000D+00 -0.831595D+00 -0.103436D+01  0.000000D+00  0.997733D+00
      6  0.000000D+00 -0.957818D+00 -0.158720D+01  0.000000D+00  0.996090D+00
      7 -0.220687D+01  0.000000D+00  0.000000D+00  0.588069D-01  0.000000D+00
      8  0.000000D+00 -0.831595D+00  0.103436D+01  0.000000D+00 -0.166139D+00
      9  0.000000D+00  0.957818D+00 -0.158720D+01  0.000000D+00  0.382723D-01
                6             7             8             9
      6  0.149973D+01
      7  0.000000D+00  0.214806D+01
      8 -0.382723D-01  0.000000D+00  0.997733D+00
      9  0.874759D-01  0.000000D+00 -0.996090D+00  0.149973D+01
Hessian after L703:
                1             2             3             4             5
      1  0.117370D-03
      2  0.000000D+00  0.714839D+00
      3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.434810D+00
      4 -0.586851D-04  0.000000D+00  0.000000D+00  0.115086D-03
      5  0.000000D+00 -0.357419D+00  0.182376D+00  0.000000D+00  0.394771D+00
      6  0.000000D+00  0.260955D+00 -0.217405D+00  0.000000D+00 -0.221665D+00
      7 -0.586851D-04  0.000000D+00  0.000000D+00 -0.564006D-04  0.000000D+00
      8  0.000000D+00 -0.357419D+00 -0.182376D+00  0.000000D+00 -0.373513D-01
      9  0.000000D+00 -0.260955D+00 -0.217405D+00  0.000000D+00  0.392894D-01
                6             7             8             9
      6  0.204067D+00
      7  0.000000D+00  0.115086D-03
      8 -0.392894D-01  0.000000D+00  0.394771D+00
      9  0.133384D-01  0.000000D+00  0.221665D+00  0.204067D+00
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1楼 2015-04-09 14:49:42
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xixi1007

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by beefly at 2015-04-16 10:05:13
Hessian有是否mass-weighted的区别。质量无关的Hessian是基本量，质量加权只有在计算过程中遇到。

Cartesian coordinate system只有在计算反应坐标的时候才是mass-weighted，一般情况下和质量无关。

所以你这 ...

gaussian计算时，不是要先将hessian矩阵转换为质量加权的hessian矩阵吗，然后将质量加权的hessian矩阵对角化，得到的本征值即为振动频率。我现在就需要这个质量加权的hessian矩阵。还有gaussian中这个hessian矩阵的具体单位是什么吗。怎样将这个频率转换为波数cm-1的形式呢。
赞一下 回复此楼
8楼2015-04-16 11:37:46
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3, 感谢应助 2015-04-10 22:29:43
xixi1007: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢！ 2015-04-20 14:35:15
前面的Hessian是每个能量项分步叠加的结果。只有Hessian after L703之后才是频率计算用的总Hessian。
赞一下 回复此楼
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2015-04-09 22:51:46
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xixi1007

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by beefly at 2015-04-09 22:51:46
前面的Hessian是每个能量项分步叠加的结果。只有Hessian after L703之后才是频率计算用的总Hessian。

谢谢回复！输出的hessian矩阵是下三角的。上三角的内容是和小三角的内容对称的吗
赞一下 回复此楼
3楼2015-04-11 10:27:11
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xixi1007: 金币+8, ★★★很有帮助 2015-04-15 13:48:34
引用回帖:
3楼: Originally posted by xixi1007 at 2015-04-11 10:27:11
谢谢回复！输出的hessian矩阵是下三角的。上三角的内容是和小三角的内容对称的吗...

应该是的。
水的hessian是9*9
hessian本身是对称的，所以输出一个三角的数据就够了。
赞一下 回复此楼
4楼2015-04-13 09:32:43
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[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 9/450 2026-08-11 22:12 by 医学老男孩
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] FileCode能看出啥？ +7 要乐观耀哥 2026-08-10 17/850 2026-08-11 10:50 by 要乐观耀哥
[基金申请] filecode +9 documentary 2026-08-10 9/450 2026-08-11 10:08 by wk7465
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
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