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tianlanchong

新虫 (初入文坛)

[求助] 凋亡DNA Ladder 检测 已有1人参与

新虫一只,第一次在小木虫提问我这周开始做DNA ladder实验,今天刚得到这样一张图,看不太懂,请各位有经验的同学帮忙分析一下结果,谢谢!我想知道我的DNA是不是降解了,能否从这张图看出凋亡的情况?
我的操作步骤是这样的:
(1) 取100~300mg冻存的动物组织,用小剪刀尽量剪碎,转入匀浆器,加入1ml裂解液,电动匀浆。室温放置5分钟。
(2) 裂解细胞:加1ml细胞裂解液,裂解液在使用前加入RNase(20mg/ml)使其终浓度为20μg/mg,之后37℃孵育37分钟;充分混匀再加蛋白酶K(20mg/ml)100μl,置65℃水浴消化2小时或过夜;
(3) 蛋白处理:加750μl 8mol/L的醋酸钾,4℃15min,再加750μl氯仿,充分混匀后,10000r/min离心10分钟后,将上清移至一新的Eppendorf管中;
(4) 沉淀DNA:加入750μl无水乙醇,上下轻柔颠倒混合,即可见乳白色沉淀,若不明显时可置-20℃过夜,12000r/min离心10分钟,去上清;
(5) 洗涤DNA:加1ml70%乙醇,混匀,10000r/min 离心5min,去上清;
(6) 溶解DNA:根据 DNA 沉淀的大小,加一定量的蒸馏水或TE,37℃溶解;
(7) 测定DNA浓度;
(8) 2%琼脂糖凝胶电泳80V 2小时;
衷心感谢给我回复的大虾们!

裂解液的配方:
10mM TRIS-HCL, 0.1M EDTA, 0.8%(m/v)SDS

凋亡DNA Ladder 检测
2015-06-03 dna ladder 1.jpg
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calorimetry

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
tianlanchong: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-06-05 09:02:07
引用回帖:
4楼: Originally posted by tianlanchong at 2015-06-04 22:13:45
谢谢您的回复,我有一个疑问挺困扰的,希望能和您讨论一下,如何区分在提取过程中DNA降解和由于细胞坏死的引起的弥散式降解,这两者有何区别?...

在细胞凋亡时的200bp及其整数倍的DNA电泳带应该非常亮,但是肯定也有一些弥散的带,但是弥散的带的亮度因该不会比200bp及其整数倍的DNA电泳带更亮,至少在样品细胞的凋亡持续发生时。而坏死的情况下,DNA带肯定是弥散的,电泳如同地毯。
不过要是有条件的话,建议先用流式细胞仪把凋亡的细胞给筛选出来,在做DNA ladder。
6楼2015-06-05 08:33:23
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calorimetry

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tianlanchong: 金币+2, 有帮助 2015-06-05 09:02:43
我从7、8、9三个lane看到了肯定是有DNA弥散式降解,但是在200kb的带不亮,好像还比较暗,相对而言,所以仅凭此图,我个人为:不能证明细胞发生了凋亡。
2楼2015-06-04 11:18:09
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tianlanchong

新虫 (初入文坛)

DNA ladder 的原理:
“在细胞凋亡时,内源性Mg、Ca依赖性核酸内切酶被激活,切割细胞DNA,使其成核小体间DNA链的断裂、大分子DNA链的断裂及DNA单链的断裂。其中以核小体之间DNA断裂时最多见的一种断裂方式,断裂形成的DNA长度为核小体DNA长度的整数倍,即180~200bp的整数倍。通过提取凋亡细胞的基因组DNA在1.5~2%(一般是这个浓度^_^)琼脂糖凝胶电泳,紫外灯下观察可见到特征性的“梯状”(ladder)DNA条带。此称DNA LADDER实验。而坏死的细胞DNA则成模糊的弥散条带。”摘自细胞世界论坛.
3楼2015-06-04 22:07:36
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tianlanchong

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by calorimetry at 2015-06-04 11:18:09
我从7、8、9三个lane看到了肯定是有DNA弥散式降解,但是在200kb的带不亮,好像还比较暗,相对而言,所以仅凭此图,我个人为:不能证明细胞发生了凋亡。

谢谢您的回复,我有一个疑问挺困扰的,希望能和您讨论一下,如何区分在提取过程中DNA降解和由于细胞坏死的引起的弥散式降解,这两者有何区别?
4楼2015-06-04 22:13:45
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