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yeqingchen木虫 (正式写手)
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[求助]
急求高人解决晶体A,B类错误（赝对称） 已有2人参与
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| 有几个晶体，存在赝对称问题，急求高手给予帮助解决。在此先感谢了。 |
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2015-06-03 12:40:59, 5.54 M
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yeqingchen
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7楼2015-06-04 23:53:26
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貌似加delu命令就会消除关于原子的几个错误， 剩下关于赝对称结构解释一下吧 _vrf_PLAT111 ; PROBLEM: ADDSYM Detects (Pseudo) Centre of Symmetry ..... 100 %Fit RESPONSE: The crystal is a racemic twin and the space group has a false center-of-inversion at (x,y,z) owing to the twin component. The structure could not be refined in P21/c. The refinement required an unreasonably excessive number of restraints, and the R index was in excess of 10%. 这是一个模版，其中x，y，z是赝对称中心，你自己找一下坐标吧 |
2楼2015-06-03 13:45:17
calebby
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帮你解好了一个，见附件。引起赝对称的原因是，结构中有一个tfa上的-CF3和-CH3按7:3无序。如楼上所说，赝对称的问题都可以解释，前提是这种无序你得处理好。剩下的两个数据应该都可以同样处理。 Bond precision: C-C = 0.0179 A Wavelength=0.71073 Cell: a=10.959(2) b=19.531(4) c=13.299(3) alpha=90 beta=108.30(3) gamma=90 Temperature: 113 K Calculated Reported Volume 2702.6(11) 2702.5(9) Space group P 21 P2(1) Hall group P 2yb ? Moiety formula C52 H36 Dy2 F14 N4 O10 ? Sum formula C52 H36 Dy2 F14 N4 O10 C52 H36 Dy2 F14 N4 O10 Mr 1467.85 1467.85 Dx,g cm-3 1.804 1.804 Z 2 2 Mu (mm-1) 2.852 2.853 F000 1428.0 1428.0 F000' 1428.15 h,k,lmax 13,23,15 13,23,15 Nref 9521[ 4914] 9364 Tmin,Tmax 0.571,0.710 0.599,0.726 Tmin' 0.560 Correction method= # Reported T Limits: Tmin=0.599 Tmax=0.726 AbsCorr = MULTI-SCAN Data completeness= 1.91/0.98 Theta(max)= 25.020 R(reflections)= 0.0510( 8174) wR2(reflections)= 0.1011( 9364) S = 0.952 Npar= 770 The following ALERTS were generated. Each ALERT has the format test-name_ALERT_alert-type_alert-level. Click on the hyperlinks for more details of the test. Alert level B PLAT111_ALERT_2_B ADDSYM Detects (Pseudo) Centre of Symmetry ..... 96 %Fit PLAT113_ALERT_2_B ADDSYM Suggests Possible Pseudo/New Space group. P21/c Check Alert level C STRVA01_ALERT_4_C Flack parameter is too small From the CIF: _refine_ls_abs_structure_Flack -5.000 From the CIF: _refine_ls_abs_structure_Flack_su 10.000 |
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匿名
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