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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 急求高人解决晶体A,B类错误（赝对称）
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yeqingchen

木虫 (正式写手)

[求助] 急求高人解决晶体A,B类错误（赝对称） 已有2人参与

有几个晶体，存在赝对称问题，急求高手给予帮助解决。在此先感谢了。
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    • 2015-06-03 12:40:59, 5.54 M

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片云天共远，永夜月同孤。
1楼 2015-06-03 12:41:25
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匿名

用户注销 (知名作家)

精修问题可私信
本帖仅楼主可见
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4楼2015-06-04 11:11:47
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yeqingchen: 金币+30, ★有帮助 2015-06-04 23:52:08
貌似加delu命令就会消除关于原子的几个错误，
剩下关于赝对称结构解释一下吧

_vrf_PLAT111
;
PROBLEM: ADDSYM Detects (Pseudo) Centre of Symmetry .....         100 %Fit  
RESPONSE:  The crystal is a  racemic twin and the space group has a  false center-of-inversion at
(x,y,z) owing to the twin component. The structure could not be refined in P21/c.   The refinement required an
unreasonably excessive number of restraints, and the R index was in excess of
10%.
这是一个模版，其中x，y，z是赝对称中心，你自己找一下坐标吧
赞一下 回复此楼
以大多数人的努力程度，还轮不到去拼天赋的地步
2楼2015-06-03 13:45:17
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yeqingchen: 金币+50, ★★★很有帮助 2015-06-04 23:53:49
帮你解好了一个，见附件。引起赝对称的原因是，结构中有一个tfa上的-CF3和-CH3按7:3无序。如楼上所说，赝对称的问题都可以解释，前提是这种无序你得处理好。剩下的两个数据应该都可以同样处理。
Bond precision:        C-C = 0.0179 A        Wavelength=0.71073
Cell:        a=10.959(2)        b=19.531(4)        c=13.299(3)
alpha=90        beta=108.30(3)        gamma=90
Temperature:        113 K               
Calculated        Reported
Volume        2702.6(11)        2702.5(9)
Space group        P 21        P2(1)
Hall group        P 2yb        ?
Moiety formula        C52 H36 Dy2 F14 N4 O10        ?
Sum formula        C52 H36 Dy2 F14 N4 O10        C52 H36 Dy2 F14 N4 O10
Mr        1467.85        1467.85
Dx,g cm-3        1.804        1.804
Z        2        2
Mu (mm-1)        2.852        2.853
F000        1428.0        1428.0
F000'        1428.15       
h,k,lmax        13,23,15        13,23,15
Nref        9521[ 4914]        9364
Tmin,Tmax        0.571,0.710        0.599,0.726
Tmin'        0.560       
Correction method= # Reported T Limits: Tmin=0.599 Tmax=0.726 AbsCorr = MULTI-SCAN       
Data completeness= 1.91/0.98        Theta(max)= 25.020
R(reflections)= 0.0510( 8174)        wR2(reflections)= 0.1011( 9364)
S = 0.952        Npar= 770
The following ALERTS were generated. Each ALERT has the format
       test-name_ALERT_alert-type_alert-level.
Click on the hyperlinks for more details of the test.
Alert level B
PLAT111_ALERT_2_B ADDSYM Detects (Pseudo) Centre of Symmetry .....         96 %Fit  
PLAT113_ALERT_2_B ADDSYM Suggests Possible Pseudo/New Space group.      P21/c Check
Alert level C
STRVA01_ALERT_4_C           Flack parameter is too small
           From the CIF: _refine_ls_abs_structure_Flack   -5.000
           From the CIF: _refine_ls_abs_structure_Flack_su   10.000
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  • 附件 1 : Dy(tfa)3-4-F.rar
    • 2015-06-04 11:04:19, 219.6 K
3楼2015-06-04 11:04:32
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yeqingchen

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2015-06-03 13:45:17
貌似加delu命令就会消除关于原子的几个错误，
剩下关于赝对称结构解释一下吧

_vrf_PLAT111
;
PROBLEM: ADDSYM Detects (Pseudo) Centre of Symmetry .....         100 %Fit  
RESPONSE:  The crystal is a  ...

谢谢，非常感谢。
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片云天共远，永夜月同孤。
6楼2015-06-04 23:52:40
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