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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 分子生理 » 转录组测序
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lele6134569

金虫 (正式写手)

走天山

[求助] 转录组测序已有6人参与

本人做羊草耐盐性研究，但是，羊草的很多基因都还是未知的，本人想做相关基因的在盐胁迫下的定量表达，与植物生理数据相结合。想做个转录组测序，是不是就可以，用转录组测序的数据进行定量表达了呢？转录组测序的数据，又该如何使用呢？请求高人指点。
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积极向上
1楼2015-06-03 11:05:57
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yhz0626

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
19楼: Originally posted by 曹欣 at 2015-06-13 08:42:27
拼接出来几万到上百万的序列，你一条条做blast要做到何年何月
...

本地化的blastx比对，将要与比对的基因组或者蛋白质组下载到本地，输入比对命令，都是批量的出结果，或者用blast2go软件，数据分析一条龙

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20楼2015-06-13 13:46:03
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
先通过测序的RPKM或者RPKM值找到差异基因，再看注释的结果中哪些差异基因与你说的盐胁迫有关，一般公司都会给你做拼接，注释，差异基因筛选，如果你的样品多，还可以做表达量关联分析，同时，可以下载蛋白互作数据库，看一下，看一下差异或者相关目的基因的网络图。找到关键的一批基因，或者最好能定位到关键的代谢通路上，再通过qpcr验证，基本上是这么个思路！
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21楼2015-06-13 15:34:55
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普通回帖

syhorchid
★
lele6134569(金币+1): 谢谢参与
2楼2015-06-03 11:14:44
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dmbb
★
lele6134569(金币+1): 谢谢参与
3楼2015-06-03 11:28:48
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tzynew
★
lele6134569(金币+1): 谢谢参与
4楼2015-06-03 12:50:15
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mayunhui

新虫 (正式写手)
我也不是很清楚，不是至少应该弄清整个基因组么？
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书到用时方恨少
5楼2015-06-03 14:20:22
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晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
转录组测序可以帮助你获得你所测试组织或处理条件下的基因表达丰度。通过这个测序，可以获得相关的拼接序列，公司一般会帮你做好注释，你可以筛选出你需要的基因序列进行定量PCR的检测。
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6楼2015-06-03 16:56:10
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yhz0626

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
将de novo组装的数据用blastx 进行比对注释，还有go,kegg分析等，应该能够找到相关的基因

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7楼2015-06-03 17:11:56
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mtw922
8楼2015-06-05 10:02:07
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wenzhitian
9楼2015-06-05 11:40:27
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百客

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
转录组测序可以处理这个问题，您有解决的方法没有？
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10楼2015-06-05 14:31:30
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