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12楼2015-06-09 21:50:52

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曹欣

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7楼: Originally posted by yhz0626 at 2015-06-03 17:11:56
将de novo组装的数据用blastx 进行比对注释，还有go,kegg分析等，应该能够找到相关的基因

行家

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13楼2015-06-09 22:05:31

yhz0626

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13楼: Originally posted by 曹欣 at 2015-06-09 22:05:31
行家
...

见笑了，我是新手，很新很新的手

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14楼2015-06-10 07:58:34

曹欣

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14楼: Originally posted by yhz0626 at 2015-06-10 07:58:34
见笑了，我是新手，很新很新的手
...

拼接出来的数据直接Blast数据量太大，也不可信，应该进行严格的质控。做个差异分析什么的。

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15楼2015-06-10 20:53:49

yhz0626

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15楼: Originally posted by 曹欣 at 2015-06-10 20:53:49
拼接出来的数据直接Blast数据量太大，也不可信，应该进行严格的质控。做个差异分析什么的。
...

质控不是在组装之前完成吗，需要去除接头片段和低质量片段，组装之后也要质控吗？

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16楼2015-06-10 22:47:12

百客

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请问您现在做到哪里了

17楼2015-06-11 09:18:14

曹欣

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17楼: Originally posted by 百客 at 2015-06-11 09:18:14
请问您现在做到哪里了

什么做到哪里了

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18楼2015-06-13 08:40:12

曹欣

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16楼: Originally posted by yhz0626 at 2015-06-10 22:47:12
质控不是在组装之前完成吗，需要去除接头片段和低质量片段，组装之后也要质控吗？
...

拼接出来几万到上百万的序列，你一条条做blast要做到何年何月

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19楼2015-06-13 08:42:27

yhz0626

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19楼: Originally posted by 曹欣 at 2015-06-13 08:42:27
拼接出来几万到上百万的序列，你一条条做blast要做到何年何月
...

本地化的blastx比对，将要与比对的基因组或者蛋白质组下载到本地，输入比对命令，都是批量的出结果，或者用blast2go软件，数据分析一条龙

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20楼2015-06-13 13:46:03