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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 分子生理 » 转录组测序
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lele6134569

金虫 (正式写手)

走天山

[求助] 转录组测序 已有6人参与

本人做羊草耐盐性研究，但是，羊草的很多基因都还是未知的，本人想做相关基因的在盐胁迫下的定量表达，与植物生理数据相结合。想做个转录组测序，是不是就可以，用转录组测序的数据进行定量表达了呢？转录组测序的数据，又该如何使用呢？请求高人指点。
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积极向上
1楼 2015-06-03 11:05:57
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yhz0626

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
15楼: Originally posted by 曹欣 at 2015-06-10 20:53:49
拼接出来的数据直接Blast数据量太大，也不可信，应该进行严格的质控。做个差异分析什么的。
...

质控不是在组装之前完成吗，需要去除接头片段和低质量片段，组装之后也要质控吗？

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16楼2015-06-10 22:47:12
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mayunhui

新虫 (正式写手)
我也不是很清楚，不是至少应该弄清整个基因组么？
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书到用时方恨少
5楼2015-06-03 14:20:22
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晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
转录组测序可以帮助你获得你所测试组织或处理条件下的基因表达丰度。通过这个测序，可以获得相关的拼接序列，公司一般会帮你做好注释，你可以筛选出你需要的基因序列进行定量PCR的检测。
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6楼2015-06-03 16:56:10
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yhz0626

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
将de novo组装的数据用blastx 进行比对注释，还有go,kegg分析等，应该能够找到相关的基因

[ 发自小木虫客户端 ]
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7楼2015-06-03 17:11:56
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