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lele6134569

金虫 (正式写手)

走天山

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[求助] 转录组测序已有6人参与

本人做羊草耐盐性研究，但是，羊草的很多基因都还是未知的，本人想做相关基因的在盐胁迫下的定量表达，与植物生理数据相结合。想做个转录组测序，是不是就可以，用转录组测序的数据进行定量表达了呢？转录组测序的数据，又该如何使用呢？请求高人指点。

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积极向上

1楼2015-06-03 11:05:57

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yhz0626

银虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

引用回帖:

19楼: Originally posted by 曹欣 at 2015-06-13 08:42:27
拼接出来几万到上百万的序列，你一条条做blast要做到何年何月
...

本地化的blastx比对，将要与比对的基因组或者蛋白质组下载到本地，输入比对命令，都是批量的出结果，或者用blast2go软件，数据分析一条龙

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20楼2015-06-13 13:46:03

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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！

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先通过测序的RPKM或者RPKM值找到差异基因，再看注释的结果中哪些差异基因与你说的盐胁迫有关，一般公司都会给你做拼接，注释，差异基因筛选，如果你的样品多，还可以做表达量关联分析，同时，可以下载蛋白互作数据库，看一下，看一下差异或者相关目的基因的网络图。找到关键的一批基因，或者最好能定位到关键的代谢通路上，再通过qpcr验证，基本上是这么个思路！

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21楼2015-06-13 15:34:55

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