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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 在ncbi上怎样查找一段dna序列是否有锌指结构
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绿柚子lily

新虫 (初入文坛)

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在ncbi上怎样查找一段dna序列是否有锌指结构
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用事实说话，用实验证明。
1楼 2015-05-30 07:42:03
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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绿柚子lily: 金币+5, ★有帮助 2015-05-30 22:32:17
首先纠正一下，锌指结构是指的蛋白质结构。对于DNA核酸序列，可以在NCBI上做blastx，然后根据比对结果看翻译后的蛋白中是否有该结构。或者你可以自己找到DNA中的编码区，翻成蛋白，然后用NCBI的CDD查找该蛋白序列中的结构域来看是否有锌指结构。
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2楼2015-05-30 10:05:50
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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绿柚子lily: 金币+5, ★有帮助 2015-05-30 22:32:30
查结构域最好用pfam，基因要先翻译成蛋白质

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2015-05-30 10:39:00
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