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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » MS晶胞计算出现问题
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409073837

木虫 (小有名气)

[求助] MS晶胞计算出现问题 已有4人参与

从findit导出的晶胞，在MS中计算带隙和态密度，任务失败。不知道什么原因，请各位大神赐教。

MS晶胞计算出现问题
}9I$GYNXT27L$MK1V~180L8.png
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1楼 2015-05-04 20:32:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

meimeidyh

铁杆木虫 (著名写手)

进城务工人员
引用回帖:
7楼: Originally posted by 409073837 at 2015-05-05 13:16:11
2015/05/05@13:08:36  Diagnostics INFO Log file created
2015/05/05@13:11:02   - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt ERROR CASTEP terminated with unknown error status.
2015/05/05@13:11:14   - icsd P121  ...

应该是你建的结果存储文件太长了。试试改下文件夹名字。

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9楼2015-05-05 20:34:48
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
409073837: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-05-09 18:03:15
引用回帖:
16楼: Originally posted by 409073837 at 2015-05-06 21:59:21
Unusual difference between calculated and measured density
            Position of 36 Elements of H Are Undetermined
这个会不会也是计算不出来的原因呢？

MS软件提示：2015/05/06@12:37:25  CIF Importer WARN No crystal system (cell setting) present in data block 2406-ICSD.
2015/05/06@12:37:25  CIF Importer WARN Data block 2406-ICSD does not contain any connectivity information.
晶体导入后，首先要确认，MS中的晶体和ICSD数据中的晶格参数完全一致，根据MS软件提示，该cif文件中没有晶体晶系信息，请检查。

ISCD数据对晶体信息的记录：Unusual difference between calculated and measured density
这一条信息不用管。
            Position of 36 Elements of H Are Undetermined
这一条信息很关键，说明晶体中H原子的坐标没有确定出来，你可以检查一下MS中的晶格，是不是找不到H原子？
这说明这个晶体晶胞不完整的，在ICSD数据中查找其中可替代晶体结构，如果整个数据库中都没有该晶体结构信息，试着在近几年文献中查找该晶体结构。如果最新的文中仍没有，要么您放弃对该晶体进行计算；要么您通过实验培养单晶，作单晶衍射，解析出该晶体的结构，然后再计算，其中单晶培养实验+解晶体也够发一篇普通SCI文章了。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
18楼2015-05-09 11:40:28
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普通回帖

meimeidyh

铁杆木虫 (著名写手)

进城务工人员

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
409073837: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-05-09 18:05:19
409073837: 金币+1 2015-05-24 21:27:16
这个对话框没有任何信息。你需要点击yes，然后把生成的结果文件贴出来，大家才能知道问题出在哪。

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2楼2015-05-04 20:43:19
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409073837

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by meimeidyh at 2015-05-04 20:43:19
这个对话框没有任何信息。你需要点击yes，然后把生成的结果文件贴出来，大家才能知道问题出在哪。

comment : CASTEP calculation from Materials Studio
task : GeometryOptimization
xc_functional : PBE
spin_polarized : false
opt_strategy : Default
page_wvfns :        0


task : BandStructure
continuation : default
spin_polarized : false
elec_energy_tol :   1.000000000000000e-006
cut_off_energy :      340.000000000000000
xc_functional : PBE
bs_nextra_bands :       12
bs_eigenvalue_tol :   1.000000000000000e-005
calculate_stress : false
calculate_ELF : false
popn_calculate : false
calculate_hirshfeld : false
calculate_densdiff : false
pdos_calculate_weights : false
num_dump_cycles : 0
bs_write_eigenvalues : true
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3楼2015-05-04 20:48:00
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409073837

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by meimeidyh at 2015-05-04 20:43:19
这个对话框没有任何信息。你需要点击yes，然后把生成的结果文件贴出来，大家才能知道问题出在哪。

我也是刚接触理论计算，不太懂。
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4楼2015-05-04 21:05:56
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meimeidyh

铁杆木虫 (著名写手)

进城务工人员
引用回帖:
3楼: Originally posted by 409073837 at 2015-05-04 20:48:00
comment : CASTEP calculation from Materials Studio
task : GeometryOptimization
xc_functional : PBE
spin_polarized : false
opt_strategy : Default
page_wvfns :        0


task : BandStructure
...

不是这个。结果文件的最下面应该有错误提示的。

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5楼2015-05-04 21:33:35
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大嘴猴路路

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
409073837: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-05-09 18:06:22
点yes，打开.castep文件夹然后往下滑，最后应该有warning提示你为什么出错了，我计算的时候也出现过类似的问题，有可能是scf值设置得太小了之类的，就根据出错原因改一下参数就可以了
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6楼2015-05-05 09:06:42
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409073837

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by meimeidyh at 2015-05-04 21:33:35
不是这个。结果文件的最下面应该有错误提示的。
...

2015/05/05@13:08:36  Diagnostics INFO Log file created
2015/05/05@13:11:02  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt ERROR CASTEP terminated with unknown error status.
2015/05/05@13:11:14  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_P121_C1_2.castep_bin
2015/05/05@13:11:14  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_P121_C1_2.geom
2015/05/05@13:11:14  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_P121_C1_2_BandStr.castep_bin
2015/05/05@13:11:14  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_P121_C1_2_BandStr.castep
2015/05/05@13:11:14  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_P121_C1_2_DOS.castep_bin
2015/05/05@13:11:14  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_P121_C1_2_DOS.castep
2015/05/05@13:11:15  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt ERROR Error on Job Complete. Failed to import document from D:\Documents\Materials Studio Projects\My quickstart_Files\Documents\icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt\icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt (2)\icsd P121 C1 2.xsd. - binary file with castep results not present.
2015/05/05@13:11:15  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt ERROR Files not removed from server due to previous errors.
2015/05/05@13:11:15  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN As instructed, files have been left on remote server, these may need to be manually archived.
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7楼2015-05-05 13:16:11
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409073837

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 大嘴猴路路 at 2015-05-05 09:06:42
点yes，打开.castep文件夹然后往下滑，最后应该有warning提示你为什么出错了，我计算的时候也出现过类似的问题，有可能是scf值设置得太小了之类的，就根据出错原因改一下参数就可以了

2015/05/05@13:08:36  Diagnostics INFO Log file created
2015/05/05@13:11:02  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt ERROR CASTEP terminated with unknown error status.
2015/05/05@13:11:14  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_P121_C1_2.castep_bin
2015/05/05@13:11:14  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_P121_C1_2.geom
2015/05/05@13:11:14  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_P121_C1_2_BandStr.castep_bin
2015/05/05@13:11:14  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_P121_C1_2_BandStr.castep
2015/05/05@13:11:14  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_P121_C1_2_DOS.castep_bin
2015/05/05@13:11:14  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_P121_C1_2_DOS.castep
2015/05/05@13:11:15  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt ERROR Error on Job Complete. Failed to import document from D:\Documents\Materials Studio Projects\My quickstart_Files\Documents\icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt\icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt (2)\icsd P121 C1 2.xsd. - binary file with castep results not present.
2015/05/05@13:11:15  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt ERROR Files not removed from server due to previous errors.
2015/05/05@13:11:15  [6XKCJ] - icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt WARN As instructed, files have been left on remote server, these may need to be manually archived.
这是？
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8楼2015-05-05 13:17:20
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409073837

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by meimeidyh at 2015-05-05 20:34:48
应该是你建的结果存储文件太长了。试试改下文件夹名字。
...

哦，好的
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10楼2015-05-06 11:17:02
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