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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » MS晶胞计算出现问题
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409073837

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by meimeidyh at 2015-05-05 20:34:48
应该是你建的结果存储文件太长了。试试改下文件夹名字。
...

还是不行，试了下，计算别的晶胞都没问题，都是从findit导出来的。不知道这个为什么还是算不了
2015/05/06@11:20:36  Diagnostics INFO Log file created
2015/05/06@11:20:58  Message Box WARN Reconnected to 2 job(s), 1 of which is still running.
2015/05/06@12:37:25  CIF Importer WARN No crystal system (cell setting) present in data block 2406-ICSD.
2015/05/06@12:37:25  CIF Importer WARN Data block 2406-ICSD does not contain any connectivity information.
2015/05/06@12:43:28  [8QOQE] - icsd 3H2O CASTEP GeomOpt ERROR CASTEP terminated with unknown error status.
2015/05/06@12:43:38  [8QOQE] - icsd 3H2O CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_3H2O.castep_bin
2015/05/06@12:43:38  [8QOQE] - icsd 3H2O CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_3H2O.geom
2015/05/06@12:43:38  [8QOQE] - icsd 3H2O CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_3H2O_BandStr.castep_bin
2015/05/06@12:43:38  [8QOQE] - icsd 3H2O CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_3H2O_BandStr.castep
2015/05/06@12:43:38  [8QOQE] - icsd 3H2O CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_3H2O_DOS.castep_bin
2015/05/06@12:43:38  [8QOQE] - icsd 3H2O CASTEP GeomOpt WARN File not found on server: icsd_3H2O_DOS.castep
2015/05/06@12:43:38  [8QOQE] - icsd 3H2O CASTEP GeomOpt ERROR Error on Job Complete. Failed to import document from D:\Documents\Materials Studio Projects\My quickstart_Files\Documents\icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt\icsd P121 C1 2 CASTEP GeomOpt (2)\9012546 CASTEP GeomOpt\icsd 3H2O CASTEP GeomOpt\icsd 3H2O.xsd. - binary file with castep results not present.
2015/05/06@12:43:38  [8QOQE] - icsd 3H2O CASTEP GeomOpt ERROR Files not removed from server due to previous errors.
2015/05/06@12:43:38  [8QOQE] - icsd 3H2O CASTEP GeomOpt WARN As instructed, files have been left on remote server, these may need to be manually archived.
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11楼2015-05-06 12:45:26
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meimeidyh

铁杆木虫 (著名写手)

进城务工人员
引用回帖:
11楼: Originally posted by 409073837 at 2015-05-06 12:45:26
还是不行，试了下，计算别的晶胞都没问题，都是从findit导出来的。不知道这个为什么还是算不了
2015/05/06@11:20:36  Diagnostics INFO Log file created
2015/05/06@11:20:58  Message Box WARN Reconnected t ...

实在不行就别用倒出来的算，自己建晶胞

[ 发自小木虫客户端 ]
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12楼2015-05-06 17:56:56
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409073837

木虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by meimeidyh at 2015-05-06 17:56:56
实在不行就别用倒出来的算，自己建晶胞
...

自己构建的和导出的不是一样吗？按照相同的参数，结构都是一样的吧？
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13楼2015-05-06 19:48:28
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meimeidyh

铁杆木虫 (著名写手)

进城务工人员
引用回帖:
13楼: Originally posted by 409073837 at 2015-05-06 19:48:28
自己构建的和导出的不是一样吗？按照相同的参数，结构都是一样的吧？...

是一样的。我都是用自己建的

[ 发自小木虫客户端 ]
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14楼2015-05-06 19:59:57
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409073837

木虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by meimeidyh at 2015-05-06 19:59:57
是一样的。我都是用自己建的
...

难道是因为含有结晶水的缘故？
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15楼2015-05-06 21:29:39
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409073837

木虫 (小有名气)
Unusual difference between calculated and measured density
            Position of 36 Elements of H Are Undetermined
这个会不会也是计算不出来的原因呢？
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16楼2015-05-06 21:59:21
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匿名

用户注销 (初入文坛)
★
409073837: 金币+1 2015-05-09 18:07:18
本帖仅楼主可见
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17楼2015-05-09 09:44:45
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
409073837: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-05-09 18:03:15
引用回帖:
16楼: Originally posted by 409073837 at 2015-05-06 21:59:21
Unusual difference between calculated and measured density
            Position of 36 Elements of H Are Undetermined
这个会不会也是计算不出来的原因呢？

MS软件提示：2015/05/06@12:37:25  CIF Importer WARN No crystal system (cell setting) present in data block 2406-ICSD.
2015/05/06@12:37:25  CIF Importer WARN Data block 2406-ICSD does not contain any connectivity information.
晶体导入后，首先要确认，MS中的晶体和ICSD数据中的晶格参数完全一致，根据MS软件提示，该cif文件中没有晶体晶系信息，请检查。

ISCD数据对晶体信息的记录：Unusual difference between calculated and measured density
这一条信息不用管。
            Position of 36 Elements of H Are Undetermined
这一条信息很关键，说明晶体中H原子的坐标没有确定出来，你可以检查一下MS中的晶格，是不是找不到H原子？
这说明这个晶体晶胞不完整的，在ICSD数据中查找其中可替代晶体结构，如果整个数据库中都没有该晶体结构信息，试着在近几年文献中查找该晶体结构。如果最新的文中仍没有，要么您放弃对该晶体进行计算；要么您通过实验培养单晶，作单晶衍射，解析出该晶体的结构，然后再计算，其中单晶培养实验+解晶体也够发一篇普通SCI文章了。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
18楼2015-05-09 11:40:28
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409073837

木虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-05-09 11:40:28
MS软件提示：2015/05/06@12:37:25  CIF Importer WARN No crystal system (cell setting) present in data block 2406-ICSD.
2015/05/06@12:37:25  CIF Importer WARN Data block 2406-ICSD does not contain an ...

谢谢，确实是找不到H原子，看来好像只能放弃计算了。做了单晶衍射，从jade里得到的参数也比较少吧？
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19楼2015-05-09 17:43:51
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409073837

木虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by NUAA张泽磊 at 2015-05-09 09:44:45
我用的是gulp模块，帮不了你～
我的findit最近打不开了～你的可不可以发我一份？zelei_zhang@nuaa.edu.cn
跪谢！！

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3696968这里面的百度网盘可下载
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20楼2015-05-09 18:17:32
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