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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 用虫友提供的ICSD数据在MS里自建晶胞时出现的问题
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caesarly

金虫 (小有名气)

[求助] 用虫友提供的ICSD数据在MS里自建晶胞时出现的问题

我用虫友提供的WO3的ICSD数据http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5996378 在MS中建立六方WO3的原胞（其中有一个O的原子占有率为0.5），在MS里显示的是W6O18（W与O原子比例1:3），但是在读取cell文件的时，文件里显示的是W6O24，原子比例是1:4了，这是为什么呢？请教各位虫友，如果有建立好的六方WO3的ICSD的MS文件，能不能发给我，谢谢！
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1楼 2013-07-03 14:11:42
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
MS直接读取cif文件，在属性的lattice 3D中反复确认空间群等信息与cif中的一致，不一致时，rebuild 晶体，自选空间群。
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3楼2013-07-03 17:06:34
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普通回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
六方晶系的WO3，空间群不同的不止一种，我找到了两种，见附件的cif文件。
*data for   ICSD #80634
Coll Code   80634
Rec  Date   1997/05/13
Chem Name   Tungsten Oxide - H
Structured  W O3
Sum         O3 W1
ANX         AX3
D(calc)     6.49
Title       Hexagonal tungsten trioxide obtained from peroxo-polytungstate and
            reversible lithium electro-intercalation into its framework
Author(s)   Oi, J.;Kishimoto, A.;Kudo, T.;Hiratani, M.
Reference   Journal of Solid State Chemistry
            (1992), 96, 13-19
Unit Cell   7.3244(6) 7.3244(6) 7.6628(5) 90. 90. 120.
Vol         356.01
Z           6
Space Group P 63/m c m
SG Number   193
Cryst Sys   hexagonal
Pearson     hP24
Wyckoff     k j g
R Value     .068
Red Cell    P  7.324 7.324 7.662 90 90 120 356.01
Trans Red   1.000 0.000 0.000 / 0.000 1.000 0.000 / 0.000 0.000 1.000
Comments    Model with atoms located in more general positions.
            Total SOF on at least one site differs from unity (SOF <
            0.997 resp. SOF > 1.003)
            The structure has been assigned a PDF number (calculated
            powder diffraction data): 01-085-2459
            Rietveld profile refinement applied
            X-ray diffraction (powder)
            At least one temperature factor missing in the paper.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
W    1  +6    6 g   0.4721(13)  0           0.25           1.         0   
O    1  -2    12 j  0.3745(92)  0.183(11)   0.25           1.         0   
O    2  -2    12 k  0.445(19)   0           0.016(27)      0.5        0   
*end for    ICSD #80634


*data for   ICSD #32001
Coll Code   32001
Rec  Date   1980/01/01
Chem Name   Tungsten Oxide
Structured  W O3
Sum         O3 W1
ANX         AX3
D(calc)     6.42
Title       Structural study of a new hexagonal form of tungsten trioxide
Author(s)   Gerand, B.;Novogorocki, G.;Guenot, J.;Figlarz, M.
Reference   Journal of Solid State Chemistry
            (1979), 29, 429-434
Unit Cell   7.298(2) 7.298(2) 3.899(2) 90. 90. 120.
Vol         179.84
Z           3
Space Group P 6/m m m
SG Number   191
Cryst Sys   hexagonal
Pearson     hP12
Wyckoff     l g f
R Value     .055
Red Cell    P  3.899 7.298 7.298 120 90 90 179.842
Trans Red   0.000 0.000 1.000 / 1.000 0.000 0.000 / 0.000 1.000 0.000
Comments    CELL PARAMETER C=7.798+3, DETERMINED BY ELECTRON
            DIFFRACTION
            The structure has been assigned a PDF number (calculated
            powder diffraction data): 01-075-2187
            X-ray diffraction from single crystal
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(B)   
W    1  +6    3 f   0.5         0           0              1.         0               0
O    1  -2    3 g   0.5         0           0.5            1.         0             6.3
O    2  -2    6 l   0.212(6)    0.424       0              1.         0             5.2
Lbl  Type   Beta11      Beta22      Beta33      Beta12      Beta13      Beta23
W1   W6+   0.015(4)    0.013(6)    0.057(9)    0.006(6)    0           0           
*end for    ICSD #32001
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  • 附件 1 : icsd_WO3_hexagonal.cif
    • 2013-07-03 17:04:26, 2.13 K
  • 附件 2 : icsd_WO3_hexagonal_2.cif
    • 2013-07-03 17:04:27, 2.23 K
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2013-07-03 17:04:33
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caesarly

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-07-03 17:06:34
MS直接读取cif文件，在属性的lattice 3D中反复确认空间群等信息与cif中的一致，不一致时，rebuild 晶体，自选空间群。

你好，我拿上面的数据自建了晶胞，P6/mmm这个空间群所建立的与你所给的附件1对比，空间群等信息一致

但是，P63/mcm这个空间群却出现了不一致，附件2的数据在ms里所显示的空间群是P6/mmm，改成P63/mcm后与我自建的一致。
这时候用CASTEP-Calculation-File建立P63/mcm的cell文件时，cell文件中的W与O原子比例由1:3变为1:4了，这个是合理的么？MS里显示的是W6O18，cell里就变成了W6O24了。很是疑惑
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4楼2013-07-03 21:48:57
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by caesarly at 2013-07-03 21:48:57
你好，我拿上面的数据自建了晶胞，P6/mmm这个空间群所建立的与你所给的附件1对比，空间群等信息一致

但是，P63/mcm这个空间群却出现了不一致，附件2的数据在ms里所显示的空间群是P6/mmm，改成P63/mcm后与我自建 ...

CASTEP-Calculation-File建立P63/mcm的cell文件，什么是cell文件？
你用的是MS吗？操作是： CASTEP-Calculation-Files-Save filies ？
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5楼2013-07-04 09:08:19
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by caesarly at 2013-07-03 21:48:57
你好，我拿上面的数据自建了晶胞，P6/mmm这个空间群所建立的与你所给的附件1对比，空间群等信息一致

但是，P63/mcm这个空间群却出现了不一致，附件2的数据在ms里所显示的空间群是P6/mmm，改成P63/mcm后与我自建 ...

看看附图
用虫友提供的ICSD数据在MS里自建晶胞时出现的问题
附图1.jpg


用虫友提供的ICSD数据在MS里自建晶胞时出现的问题-1
附图2.jpg
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6楼2013-07-04 09:11:55
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caesarly

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-07-04 09:11:55
看看附图

附图1.jpg

附图2.jpg
...

你给我的附件2在我这的MS里显示出来的和你的图不一样，是W12O30
用虫友提供的ICSD数据在MS里自建晶胞时出现的问题-2
MS截图.png
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7楼2013-07-04 09:49:12
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caesarly

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-07-04 09:11:55
看看附图

附图1.jpg

附图2.jpg
...

空间群信息和你的也不一样，而且原子之间分层，你QQ多少？想直接请教你
用虫友提供的ICSD数据在MS里自建晶胞时出现的问题-3
MS截图2.png
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8楼2013-07-04 09:54:49
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caesarly

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-07-04 09:11:55
看看附图

附图1.jpg

附图2.jpg
...

我把空间群改成P63/MCM后就与你的一致了，cell文件就是先
CASTEP-Calculation-Files-Save filies，
然后在电脑的
库-文档-Materials Studio Projects-Untitled Files-Documents中找到你刚才建立的files，里面有一个类型显示为cell的文件（用txt文本格式打开），这个文件中会有W和O原子的坐标，这里面显示的W与O原子的比例就不是6:18了，而是6:24了，你那里也是这样的么？
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9楼2013-07-04 10:57:19
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
caesarly: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2013-07-04 13:48:14
引用回帖:
8楼: Originally posted by caesarly at 2013-07-04 09:54:49
空间群信息和你的也不一样，而且原子之间分层，你QQ多少？想直接请教你

MS截图2.png
...

直接导入的cif很容易发生这种情况，空间群往往不对，需要自己rebuild
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10楼2013-07-04 13:46:25
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