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Mayerss

新虫 (小有名气)

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[求助] 求问关于纳米流体在ms中建模的问题已有2人参与

大家好，我要用ms建立水性银纳米流体（在水中添加纳米颗粒）的模型，
第一步用nanocluster获得了直径为1nm的银纳米颗粒；
第二步用amorphous cell的construction建立了含有280个水分子的盒子；
第三步用amorphous cell中calculation里的packing把得到的纳米颗粒加进去，结果银颗粒的银原子分散开了，如图所示，这样就不是纳米颗粒了，请问怎样才能保证银原子不会分散开？

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纳米流体

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1楼 2015-04-23 22:08:18

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pigrass

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伊卡斯特的小猪

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引用回帖:

7楼: Originally posted by Mayerss at 2015-04-24 12:23:53
你好，非常感谢。我按照你说的设置了一下，结果如图所示。
它还是一个团簇，但是跟原来的clusterl结构相比还是有变形，这样没问题吗？
我考虑的是，我在水中加入银颗粒，银颗粒应该不会有变形吧？

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...

1、印象中金的团簇画出来是有化学键约束的，我不清楚正确的银团簇有没有化学键约束，好像有一些关于Ag309的文献

2、关于团簇变形，不清楚construction（legacy）有没有勾选geometry optimize或者refine configuration等可能会引起构型改变的选项

3、可以考虑先建立盒子，将团簇复制到中心，用adsorption locator添加水分子为adsorbate的方法建模

4、后期的MD过程如果选的力场或方法不适合团簇，仍然可能使团簇变形，不知道这是不是你要的结果

以上是我想到的一些问题，因为我对团簇类不熟悉