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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求问关于纳米流体在ms中建模的问题
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Mayerss

新虫 (小有名气)

[求助] 求问关于纳米流体在ms中建模的问题 已有2人参与

大家好，我要用ms建立水性银纳米流体（在水中添加纳米颗粒）的模型，
第一步用nanocluster获得了直径为1nm的银纳米颗粒；
第二步用amorphous cell的construction建立了含有280个水分子的盒子；
第三步用amorphous cell中calculation里的packing把得到的纳米颗粒加进去，结果银颗粒的银原子分散开了，如图所示，这样就不是纳米颗粒了，请问怎样才能保证银原子不会分散开？

求问关于纳米流体在ms中建模的问题
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求问关于纳米流体在ms中建模的问题-1
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求问关于纳米流体在ms中建模的问题-2
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1楼 2015-04-23 22:08:18
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牛犊小子

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
abinitio: 金币+1, 鼓励交流 2015-04-24 07:18:21
不出意外都是会分开的，想不分开，只能fix了

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2楼2015-04-23 23:40:58
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
根据周期性，这些银颗粒没有分开，只是cluster正好在面附近
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3楼2015-04-24 10:53:22
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Mayerss

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-04-24 10:53:22
根据周期性，这些银颗粒没有分开，只是cluster正好在面附近

但是看上去好像是分开啦

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4楼2015-04-24 11:04:52
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Mayerss

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 牛犊小子 at 2015-04-23 23:40:58
不出意外都是会分开的，想不分开，只能fix了

多谢，我试一下

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5楼2015-04-24 11:06:21
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
4楼: Originally posted by Mayerss at 2015-04-24 11:04:52
但是看上去好像是分开啦
...

只是看上去而已
disphlay style设置C轴显示2个单位
就会看到完整的团簇

晶胞是周期性结构，没有这边的原子必须属于那边的原子说法，扩展成无穷大空间后，你能看到的就是一个个团簇
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6楼2015-04-24 11:08:30
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Mayerss

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2015-04-24 11:08:30
只是看上去而已
disphlay style设置C轴显示2个单位
就会看到完整的团簇

晶胞是周期性结构，没有这边的原子必须属于那边的原子说法，扩展成无穷大空间后，你能看到的就是一个个团簇...

你好，非常感谢。我按照你说的设置了一下，结果如图所示。
它还是一个团簇，但是跟原来的clusterl结构相比还是有变形，这样没问题吗？
我考虑的是，我在水中加入银颗粒，银颗粒应该不会有变形吧？
求问关于纳米流体在ms中建模的问题-3
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7楼2015-04-24 12:23:53
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
7楼: Originally posted by Mayerss at 2015-04-24 12:23:53
你好，非常感谢。我按照你说的设置了一下，结果如图所示。
它还是一个团簇，但是跟原来的clusterl结构相比还是有变形，这样没问题吗？
我考虑的是，我在水中加入银颗粒，银颗粒应该不会有变形吧？

4.png
...

1、印象中金的团簇画出来是有化学键约束的，我不清楚正确的银团簇有没有化学键约束，好像有一些关于Ag309的文献

2、关于团簇变形，不清楚construction（legacy）有没有勾选geometry optimize或者refine configuration等可能会引起构型改变的选项

3、可以考虑先建立盒子，将团簇复制到中心，用adsorption locator添加水分子为adsorbate的方法建模

4、后期的MD过程如果选的力场或方法不适合团簇，仍然可能使团簇变形，不知道这是不是你要的结果

以上是我想到的一些问题，因为我对团簇类不熟悉
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8楼2015-04-24 15:59:50
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Mayerss

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by pigrass at 2015-04-24 15:59:50
1、印象中金的团簇画出来是有化学键约束的，我不清楚正确的银团簇有没有化学键约束，好像有一些关于Ag309的文献

2、关于团簇变形，不清楚construction（legacy）有没有勾选geometry optimize或者refine configu ...

啊，真是太感谢你了~我先把你说的那几个方面都去试一下，有问题还要多向你请教！
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9楼2015-04-24 22:10:12
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csutzk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-04-24 10:53:22
根据周期性，这些银颗粒没有分开，只是cluster正好在面附近

你好，我想用materials studio画个银的纳米团簇，可是不知道如何画，build “nanocluster”栏是灰色的，点不开。可以指点一下么？
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10楼2016-08-05 11:24:44
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