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cp2k与vasp在分子动力学模拟方面的比较
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bluejh
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[交流]
cp2k与vasp在分子动力学模拟方面的比较
最近在用vasp做abmd的模拟工作,结果很令人郁闷,15x15x15大小的盒子加入80个水左右,计算速度特别慢,基本没法做。每天也就是迭代200步。基本参数设置如下
IBRION = 0
NSW = 3000
POTIM = 1
SMASS = 2
TEBEG = 298.0
TEEND = 298.0
# ISIF = 0
ISYM = 0
NELMIN=8
ALGO =normal
IALGO=38
ISPIN = 2
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
ISMEAR = -1
SIGMA = 0.05
LREAL= Auto
NELECT=613
APACO=10
NPACO=200
NBLOCK = 1
KBLOCK = 50
想请教用过cp2k的大牛们,cp2k处理类似体系是否能快很多? 实在不行就换软件啦。。。
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2015-04-14 11:37:08
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bluejh
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2楼
:
Originally posted by
lsloneil
at 2015-04-14 11:55:15
AIMD就是很慢,cp2k是专门做这个的,应该会快一点,但像你这样的体系在16个核的机器上cp2k大概一天也只能跑1-2ps, 一般常规的采样也至少要20-30 ps,所以一般要跑一个月,如果没有足够的计算资源还是放弃吧。
To Isloneil,
请问20-30ps是针对CP2K的么?vasp是否可以用10-20ps?从原理上来说vasp是基于BOMD,弛豫过程中似乎结果更接近于基态!
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2015-04-15 18:41:13
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lsloneil
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2015-04-15 07:33:20
AIMD就是很慢,cp2k是专门做这个的,应该会快一点,但像你这样的体系在16个核的机器上cp2k大概一天也只能跑1-2ps, 一般常规的采样也至少要20-30 ps,所以一般要跑一个月,如果没有足够的计算资源还是放弃吧。
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2楼
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emilyoyang
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2015-04-15 07:33:28
加快速度建议如下:
ALGO =normal 改为Fast or very Fast
NELMIN = 6
ISPIN = 1 关掉ISPIN,没必要
SIGMA = 0.05 再该大一点 0.1 or 0.2?(这个需要test)
EDIFF = 1E-4再小点 改为 1E-3
另外, 你的NSW=3000 偏小了。
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2015-04-14 13:54:53
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bluejh
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3楼
:
Originally posted by
emilyoyang
at 2015-04-14 13:54:53
加快速度建议如下:
ALGO =normal 改为Fast or very Fast
NELMIN = 6
ISPIN = 1 关掉ISPIN,没必要
SIGMA = 0.05 再该大一点 0.1 or 0.2?(这个需要test)
EDIFF = 1E-4再小点 改为 1E-3
另外, 你的NSW=300 ...
谢谢emilyoang,我的体系设置ALGO=48开始时老报错,所以才使用normal先预优化,后面会改用48. EDIFF = 1E-4改为 1E-3会不会有点小么? 看文献上似乎都是E-4居多
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2015-04-15 09:14:42
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luzihen
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为何不用CPMD,做这种体系的话快得多吧
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10楼
2015-12-03 19:00:20
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dingweilu
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做类似楼主这样的体系,gromacs是强项,4核8线程的电脑一周就能完成几十个ns
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11楼
2017-01-20 13:29:51
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dingweilu
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cp2k也是基于BOMD的
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12楼
2017-01-20 13:31:02
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magicmonk
4楼
2015-04-15 09:06
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天涯2012
7楼
2015-04-18 08:20
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shenrenren
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2015-04-18 08:26
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miaojiabing
9楼
2015-04-18 08:27
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