版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

bluejh

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 185
帖子: 225
在线: 94.5小时
虫号: 748476

[交流] cp2k与vasp在分子动力学模拟方面的比较

最近在用vasp做abmd的模拟工作，结果很令人郁闷，15x15x15大小的盒子加入80个水左右，计算速度特别慢，基本没法做。每天也就是迭代200步。基本参数设置如下
IBRION = 0
  NSW = 3000
  POTIM = 1
  SMASS = 2
  TEBEG = 298.0
  TEEND = 298.0

# ISIF = 0
  ISYM = 0
  NELMIN=8
  ALGO =normal
  IALGO=38
  ISPIN = 2
  LWAVE = .FALSE.
  LCHARG = .FALSE.
  ISMEAR = -1
  SIGMA = 0.05
  LREAL= Auto
  NELECT=613

  APACO=10
  NPACO=200
  NBLOCK = 1
  KBLOCK = 50

想请教用过cp2k的大牛们，cp2k处理类似体系是否能快很多？实在不行就换软件啦。。。

回复此楼

» 猜你喜欢

之前让一硕士生水了7个发明专利，现在这7个获批发明专利的维护费可从哪儿支出哈？已经有3人回复
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗已经有12人回复
博士读完未来一定会好吗已经有27人回复
投稿精细化工已经有4人回复
高职单位投计算机相关的北核或SCI四区期刊推荐，求支招！已经有4人回复
导师想让我从独立一作变成了共一第一已经有9人回复
读博已经有4人回复
JMPT 期刊投稿流程已经有4人回复
心脉受损已经有5人回复
Springer期刊投稿求助已经有4人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

常见580个晶格结构-包含VASP, ABNIT, ELK, CPMD, CASTEP, CP2K 和Siesta格式已经有280人回复
gaussian如何让两个分子逐渐靠近已经有4人回复
VASP XCrysDenPWscf 单机安装教程(linux) 已经有12人回复
第一原理动力学的系综选择，和各种系综的输入文件Example 已经有13人回复
请教cp2k计算分子极性已经有4人回复
作为一个初学者，lz表示完全hold不住cp2k。。。求助方法、资料~~ 已经有18人回复
cp2k并行编译出错已经有3人回复
【求助】VASP做分子动力学模拟NVT系综下为啥内能竟然是升高的？已经有8人回复
【求助】关于vasp进行分子动力学模拟的求助已经有12人回复
【原创】vasp的分子动力学模拟已经有44人回复
【分享】世界上讲述电子结构计算的最权威和实用的网站已经有22人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:
查看全部散金贴

1楼2015-04-14 11:37:08

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

bluejh

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 185
帖子: 225
在线: 94.5小时
虫号: 748476

引用回帖:

2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-04-14 11:55:15
AIMD就是很慢，cp2k是专门做这个的，应该会快一点，但像你这样的体系在16个核的机器上cp2k大概一天也只能跑1-2ps，一般常规的采样也至少要20-30 ps，所以一般要跑一个月，如果没有足够的计算资源还是放弃吧。

To Isloneil，
请问20-30ps是针对CP2K的么？vasp是否可以用10-20ps？从原理上来说vasp是基于BOMD，弛豫过程中似乎结果更接近于基态！

赞一下(1人)

回复此楼

6楼2015-04-15 18:41:13

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

普通回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

★ ★
bluejh(金币+1): 谢谢参与
abinitio: 金币+1, 鼓励交流 2015-04-15 07:33:20

AIMD就是很慢，cp2k是专门做这个的，应该会快一点，但像你这样的体系在16个核的机器上cp2k大概一天也只能跑1-2ps，一般常规的采样也至少要20-30 ps，所以一般要跑一个月，如果没有足够的计算资源还是放弃吧。

赞一下

回复此楼

2楼2015-04-14 11:55:15

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

emilyoyang

木虫 (正式写手)

应助: 232 (大学生)
金币: 4340.4
帖子: 667
在线: 189.9小时
虫号: 1630291

★ ★
bluejh(金币+1): 谢谢参与
abinitio: 金币+1, 鼓励交流 2015-04-15 07:33:28

加快速度建议如下：
ALGO =normal 改为Fast or very Fast
NELMIN = 6
ISPIN = 1 关掉ISPIN，没必要
SIGMA = 0.05 再该大一点 0.1 or 0.2？（这个需要test）
EDIFF = 1E-4再小点改为 1E-3
另外，你的NSW=3000 偏小了。

赞一下

回复此楼

3楼2015-04-14 13:54:53

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

bluejh

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 185
帖子: 225
在线: 94.5小时
虫号: 748476

引用回帖:

3楼: Originally posted by emilyoyang at 2015-04-14 13:54:53
加快速度建议如下：
ALGO =normal 改为Fast or very Fast
NELMIN = 6
ISPIN = 1 关掉ISPIN，没必要
SIGMA = 0.05 再该大一点 0.1 or 0.2？（这个需要test）
EDIFF = 1E-4再小点改为 1E-3
另外，你的NSW=300 ...

谢谢emilyoang，我的体系设置ALGO=48开始时老报错，所以才使用normal先预优化，后面会改用48. EDIFF = 1E-4改为 1E-3会不会有点小么？看文献上似乎都是E-4居多

赞一下

回复此楼

5楼2015-04-15 09:14:42

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖