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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian如何让两个分子逐渐靠近
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29050801

新虫 (小有名气)

[求助] gaussian如何让两个分子逐渐靠近

在好多文献了看到研究小分子和大分子的包合作用的时候有用到gaussian设置大分子在一定空间结构，小分子通过设置的坐标渐渐靠近并逐步进入大分子内。
在进入的过程中每移动一定距离都会进行分子结构的优化和小分子的旋转。

但是，请问如何设置小分子逐渐靠近大分子呢？
难道是小分子和大分子之间每一个位置关系，设置一个计算输入文件，在单独设置小分子的旋转二面角尽心能量优化。如果是这样，那么小分子的旋转是以什么为参考标准的呢？

如果是通过一个输入文件设置的，请问怎么设置的呢？

看到文献中有提到用dummy atom设置，但是通过redundant coordinate设置dummy atom的时候，gv提示不能设置dummy atom。别的就不知道怎么弄好了。

附上想要设置的分子的几张图片：
gaussian如何让两个分子逐渐靠近

gaussian如何让两个分子逐渐靠近-1

gaussian如何让两个分子逐渐靠近-2

[ Last edited by 29050801 on 2014-1-17 at 10:07 ]
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1楼2014-01-17 10:06:09
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yongleli

木虫 (正式写手)
我只知道要用opt=zmatrix但是没有具体操作过。
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29050801
2楼2014-01-17 11:46:40
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29050801

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by yongleli at 2014-01-17 11:46:40
我只知道要用opt=zmatrix但是没有具体操作过。

嗯，是的。不知道怎么设置相对关系。
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3楼2014-01-17 12:00:44
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
设置两个参考点A、B，它们既可以是虚原子，也可以是真实原子。然后分别写两个单体中其他原子的Z矩阵
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
4楼2014-01-17 21:10:44
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29050801

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by beefly at 2014-01-17 21:10:44
设置两个参考点A、B，它们既可以是虚原子，也可以是真实原子。然后分别写两个单体中其他原子的Z矩阵

您的意思明白了。请问两个单体逐步靠近的设置是通过在输入文件中一次控制完成，还是针对两个单体不同的相互距离，设置了不同的输入文件呢？谢谢！
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5楼2014-01-18 08:25:14
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