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29050801新虫 (小有名气)
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gaussian如何让两个分子逐渐靠近
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在好多文献了看到研究小分子和大分子的包合作用的时候有用到gaussian设置大分子在一定空间结构，小分子通过设置的坐标渐渐靠近并逐步进入大分子内。 在进入的过程中每移动一定距离都会进行分子结构的优化和小分子的旋转。 但是，请问如何设置小分子逐渐靠近大分子呢？ 难道是小分子和大分子之间每一个位置关系，设置一个计算输入文件，在单独设置小分子的旋转二面角尽心能量优化。如果是这样，那么小分子的旋转是以什么为参考标准的呢？ 如果是通过一个输入文件设置的，请问怎么设置的呢？ 看到文献中有提到用dummy atom设置，但是通过redundant coordinate设置dummy atom的时候，gv提示不能设置dummy atom。别的就不知道怎么弄好了。 附上想要设置的分子的几张图片：    [ Last edited by 29050801 on 2014-1-17 at 10:07 ] |
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