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in文件运行失败（lost atoms）求助！！
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刚刚接触lammps没多久，写个小的in文件试试手，运行中丢失原子，无法输出想要的结果~求指导！最好请大神运行下，给点建议！谢谢~ #3d contact simulation units metal dimension 3 boundary p p s atom_style atomic neighbor 3.0 bin neigh_modify delay 5 # create geometry region box block 0 80 0 80 0 100 units box create_box 3 box mass 1 64 mass 2 12 #atom region region boundary block INF INF INF INF INF 35 units box region coating block INF INF INF INF 35 40 units box region tool cone z 40 40 0 18 40 60 units box lattice fcc 3.6149 create_atoms 1 region boundary units box lattice diamond 3.57 create_atoms 2 region coating units box lattice diamond 3.57 create_atoms 3 region tool units box # Eam Potentials pair_style eam pair_coeff * * Ni_u3.eam # define groups group boundary region boundary group mobile subtract all boundary group tool region tool set group boundary type 1 set group mobile type 2 #initial velocities compute new mobile temp/partial 0 0 1 velocity mobile create 0.1 482748 temp new velocity tool set 0 0 -5 sum yes # fixes fix 1 all nve fix 2 boundary setforce 0 0 0 fix 3 mobile temp/rescale 100 0.1 0.1 0.02 1.0 fix_modify 3 temp new # Run timestep 0.01 thermo 100 thermo_modify temp new dump 1 all atom 500 dump.yahen.lammpstrj run 2000 |
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【答案】应助回帖
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dimension 3 boundary s s p newton on units metal atom_style atomic neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 5 lattice fcc 3.52 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 region box1 block 0 30 0 15 -3.0 3.0 side in units lattice region 1 sphere 15.0 20.0 0.0 2.0 side in units lattice region box2 block 0 30 15 22 -3.0 3.0 units lattice region box3 block 0 0.5 15 22 -3.0 3.0 region box4 block 29.5 30 15 22 -3.0 3.0 region box union 5 box1 1 box2 box3 box4 units lattice create_box 3 box mass 1 58.71 mass 2 58.71 mass 3 12 region 2 block INF INF INF 0.5 INF INF units lattice region 3 block INF 0.5 INF INF INF INF units lattice region 4 block 29.5 INF INF INF INF INF units lattice create_atoms 1 region box1 units lattice create_atoms 2 region 2 units lattice create_atoms 2 region 3 units lattice create_atoms 2 region 4 units lattice delete_atoms region box3 delete_atoms region box4 lattice none lattice diamond 3.57 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 create_atoms 3 region 1 units lattice pair_style eam pair_coeff * * Ni_u3.eam # define groups group sphere region 1 group lower region 2 group leftboundary region 3 group rightboundary region 4 group boundary union lower rightboundary leftboundary group mobile subtract all boundary set group mobile type 1 set group lower type 2 set group leftboundary type 2 set group rightboundary type 2 set group sphere type 3 # initial velocities compute new mobile temp velocity mobile create 0.1E-4 482748 temp new fix 1 all nve fix 2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0 fix 3 all temp/rescale 100 0.1E-4 0.1E-4 0.1E-7 1.0 # run with indenter timestep 0.001 variable y equal "0.8*ylat - step*dt*1.6*ylat" fix 4 sphere move variable NULL v_y NULL NULL NULL NULL thermo 100 thermo_modify temp new compute stress mobile stress/atom pair compute displ mobile displace/atom compute centro mobile centro/atom fcc compute pe mobile pe/atom dump 1 all custom 100 dump.*.trajectory id type xs ys zs c_stress[1] c_stress[2] c_stress[3] c_centro c_pe c_displ[1] c_displ[2] c_displ[3] c_displ[4] run 3000 # run without indenter variable dy equal "step*dt*1.6*ylat-20.0" fix 6 sphere move variable NULL v_dy NULL NULL NULL NULL run 1000 我的源程序！ |
9楼2013-05-15 23:15:45
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