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张牧童

新虫 (正式写手)

[求助] in文件运行失败(lost atoms)求助!!

刚刚接触lammps没多久,写个小的in文件试试手,运行中丢失原子,无法输出想要的结果~求指导!最好请大神运行下,给点建议!谢谢~
#3d contact simulation
units        metal
dimension     3
boundary      p p s
atom_style    atomic
neighbor      3.0 bin
neigh_modify  delay 5
# create geometry
region box block 0 80 0 80 0 100 units box
create_box 3 box
mass   1 64
mass   2 12
#atom region
region boundary block INF INF INF INF INF 35 units box
region coating block INF INF INF INF 35 40 units box
region tool cone z 40 40 0 18 40 60 units box
lattice fcc 3.6149
create_atoms 1 region boundary units box
lattice diamond 3.57
create_atoms 2 region coating units box
lattice diamond 3.57
create_atoms 3 region tool units box
# Eam Potentials
pair_style eam
pair_coeff * * Ni_u3.eam
# define groups
group boundary region boundary
group mobile subtract all boundary
group tool region tool
set group boundary type 1
set group mobile type 2
#initial velocities
compute new mobile temp/partial 0 0 1
velocity mobile create 0.1 482748 temp new
velocity tool set 0 0 -5 sum yes
# fixes
fix 1 all nve
fix 2 boundary setforce 0 0 0
fix 3 mobile temp/rescale 100 0.1 0.1 0.02 1.0
fix_modify 3 temp new
# Run
timestep 0.01
thermo 100
thermo_modify temp new
dump 1 all atom 500 dump.yahen.lammpstrj
run 2000
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张牧童

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 王者111111 at 2013-05-14 09:22:51
怎么没有设置C的作用势?

暂时刚接触,编个小程序试试,好多还不懂~
5楼2013-05-14 12:47:25
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-13 21:41:10
应该是有原子太过靠近,造成作用力太大,原子就飞了出去。 先用minimize优化,再跑nve。

也可以看看log文件里面的能量变化,应该有反映的。
2楼2013-05-13 20:47:39
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王者111111

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
怎么没有设置C的作用势?
3楼2013-05-14 09:22:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

张牧童

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-13 20:47:39
应该是有原子太过靠近,造成作用力太大,原子就飞了出去。 先用minimize优化,再跑nve。

也可以看看log文件里面的能量变化,应该有反映的。

谢谢指导,我试试~
4楼2013-05-14 12:46:50
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