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fcff123

新虫 (初入文坛)

[求助] 系统发育树 已有6人参与

各位同仁大家好：
   本人本科时学园林，研究生突然转战内生菌，现在建一个系统发育树，可是做出来有点怪，用DNAman做的，可是分支不明显，bootstrap 10000次，是不是我选择的同源性的序列有问题，现在急着分析，希望大家帮我看看问题出在什么地方了，小女子不胜感激！

系统发育树
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1楼 2015-03-31 10:33:28
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444565008qq

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是你选序列的问题吧，
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2楼2015-03-31 15:45:09
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gnot_nail

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-05-28 08:32:12
你这附图太小了吧，不好看出啥。。。bootstrap replication 1000就够了，不过这个应该影响不大，分支不明显除了和序列的选择有关，也和你建树的方法有一点相关，可以尝试用不同的算法建树，序列的选择可以选择和它相似性高的多种菌属还有模式生物，常见的菌属都可以。其次也要注意下进化距离和bootstrap值，比如通常进化距离为0.000然后bootstrap值为100或者99的说明选的这两个序列是同一个东西，可以剔除掉一个，这样之后做的进化树就会比较准一点，还有就是最好不要选择序列长度差异太大的，譬如10个序列有8个长度差不多，但是有2个小很多的，这样你做出来的树也是有问题的。除非如果是客观就有差异的话。
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3楼2015-03-31 16:21:14
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谈笑之夜

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
序列选的不好，选择一致性低一点的建树。

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一天又一天
4楼2015-03-31 18:25:25
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谈笑之夜

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

算法也要改，试着用nj法试一试

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一天又一天
5楼2015-03-31 18:27:07
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19890218

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我都是用mega6建树的。你可以试试。另外你最好再筛选一下你的序列。

[ 发自小木虫客户端 ]
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我是植保人，我奋发昂扬；我是植保人，我将铸就辉煌。
6楼2015-03-31 18:30:27
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试试这个软件把，mega5.0
http://yunpan.cn/cZRtvBYtpy8ak  访问密码 5989
http://yunpan.cn/cZv3pTztNAaad  访问密码 bc36
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没有做不到，只有想不到！
7楼2015-03-31 19:09:05
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一生的约定

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主的问题解决了吗，我也遇到同样的问题的，能否帮解答下，谢谢
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广交益友，多多学习！
8楼2015-05-27 14:46:36
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123q明

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gnot_nail at 2015-03-31 16:21:14
你这附图太小了吧，不好看出啥。。。bootstrap replication 1000就够了，不过这个应该影响不大，分支不明显除了和序列的选择有关，也和你建树的方法有一点相关，可以尝试用不同的算法建树，序列的选择可以选择和它相 ...

你好！我现在遇到一个问题，就是我的序列在NCBI，blast后下载相似度较高的序列，用mega做进化树，但是我的菌与其他菌亲缘性很低，数字都是0,2，不知道到底什么原因？你知道什么原因吗？
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9楼2015-05-27 18:37:35
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gnot_nail

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 123q明 at 2015-05-27 18:37:35
你好！我现在遇到一个问题，就是我的序列在NCBI，blast后下载相似度较高的序列，用mega做进化树，但是我的菌与其他菌亲缘性很低，数字都是0,2，不知道到底什么原因？你知道什么原因吗？...

你有先在mega上比对后再建树么，会不会是你忘记比对然后直接建树造成的？如果操作都正常的话，那建议你用其他的建树方法都试一下看是不是都是一样结果，我曾经有次也是构建的亲缘性很低，但具体原因忘了，记得是软件操作上疏忽弄错，后来就正常了。
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10楼2015-05-27 23:25:18
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