| 查看: 1827 | 回复: 9 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
系统发育树 已有6人参与
|
||
|
各位同仁大家好： 本人本科时学园林，研究生突然转战内生菌，现在建一个系统发育树，可是做出来有点怪，用DNAman做的，可是分支不明显，bootstrap 10000次，是不是我选择的同源性的序列有问题，现在急着分析，希望大家帮我看看问题出在什么地方了，小女子不胜感激！  DXE}13D5KDB)6I552BZOMGI.png |
回复此楼» 猜你喜欢
富马酸贝达喹啉：二芳基喹啉类工具化合物的化学特征
已经有0人回复
-
BT投稿with editor状态快两周了，正常吗
已经有25人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有62人回复
-
Silevertinib（BDTX-1535）结构拆解：炔基双环片段为何成为合成瓶颈
已经有0人回复
-
RO4929097 解析：双苯并氮杂䓬骨架与 Notch 通路实验设计要点
已经有0人回复
-
分子量 1157 的 PROTAC 怎么配不析出：SGK3-PROTAC1 的溶解、分装与图谱复核
已经有0人回复
-
logP 6.1 的羧酸怎么配母液：GSK 650394 的溶解窗口与稀释顺序
已经有0人回复
-
从"水不溶"到 71 mg/mL：雷特格韦的 pH 依赖溶解与螯合色谱边界
已经有0人回复
-
133 Ų 的极性表面积，如何决定 TNG462 的母液配制与色谱条件
已经有0人回复
-
两个氟原子与一段氨基甲酸甲酯：BLU-5937 的母液配制与稳定性边界
已经有0人回复
-
司美那非（TPN171）：从嘧啶酮母核到工艺放大的结构、色谱与质控参数解析
已经有0人回复
10楼2015-05-27 23:25:18
444565008qq
新虫 (小有名气)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 389
- 散金: 2
- 红花: 1
- 帖子: 135
- 在线: 41.2小时
- 虫号: 3536386
- 注册: 2014-11-14
- 专业: 分子与进化生态学
2楼2015-03-31 15:45:09
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-05-28 08:32:12
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-05-28 08:32:12
| 你这附图太小了吧，不好看出啥。。。bootstrap replication 1000就够了，不过这个应该影响不大，分支不明显除了和序列的选择有关，也和你建树的方法有一点相关，可以尝试用不同的算法建树，序列的选择可以选择和它相似性高的多种菌属还有模式生物，常见的菌属都可以。其次也要注意下进化距离和bootstrap值，比如通常进化距离为0.000然后bootstrap值为100或者99的说明选的这两个序列是同一个东西，可以剔除掉一个，这样之后做的进化树就会比较准一点，还有就是最好不要选择序列长度差异太大的，譬如10个序列有8个长度差不多，但是有2个小很多的，这样你做出来的树也是有问题的。除非如果是客观就有差异的话。 |
3楼2015-03-31 16:21:14
4楼2015-03-31 18:25:25
