应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 系统发育树
101/1返回列表
查看: 1584  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

fcff123

新虫 (初入文坛)

[求助] 系统发育树 已有6人参与

各位同仁大家好：
   本人本科时学园林，研究生突然转战内生菌，现在建一个系统发育树，可是做出来有点怪，用DNAman做的，可是分支不明显，bootstrap 10000次，是不是我选择的同源性的序列有问题，现在急着分析，希望大家帮我看看问题出在什么地方了，小女子不胜感激！

系统发育树
DXE}13D5KDB)6I552BZOMGI.png
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-03-31 10:33:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

444565008qq

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是你选序列的问题吧，
赞一下 回复此楼
2楼2015-03-31 15:45:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gnot_nail

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-05-28 08:32:12
你这附图太小了吧，不好看出啥。。。bootstrap replication 1000就够了，不过这个应该影响不大，分支不明显除了和序列的选择有关，也和你建树的方法有一点相关，可以尝试用不同的算法建树，序列的选择可以选择和它相似性高的多种菌属还有模式生物，常见的菌属都可以。其次也要注意下进化距离和bootstrap值，比如通常进化距离为0.000然后bootstrap值为100或者99的说明选的这两个序列是同一个东西，可以剔除掉一个，这样之后做的进化树就会比较准一点，还有就是最好不要选择序列长度差异太大的，譬如10个序列有8个长度差不多，但是有2个小很多的，这样你做出来的树也是有问题的。除非如果是客观就有差异的话。
赞一下 回复此楼
3楼2015-03-31 16:21:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

谈笑之夜

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
序列选的不好，选择一致性低一点的建树。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
一天又一天
4楼2015-03-31 18:25:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

谈笑之夜

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

算法也要改，试着用nj法试一试

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
一天又一天
5楼2015-03-31 18:27:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

19890218

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我都是用mega6建树的。你可以试试。另外你最好再筛选一下你的序列。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
我是植保人，我奋发昂扬；我是植保人，我将铸就辉煌。
6楼2015-03-31 18:30:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
试试这个软件把，mega5.0
http://yunpan.cn/cZRtvBYtpy8ak  访问密码 5989
http://yunpan.cn/cZv3pTztNAaad  访问密码 bc36
赞一下 回复此楼
没有做不到，只有想不到！
7楼2015-03-31 19:09:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一生的约定

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主的问题解决了吗，我也遇到同样的问题的，能否帮解答下，谢谢
赞一下 回复此楼
广交益友，多多学习！
8楼2015-05-27 14:46:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

123q明

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gnot_nail at 2015-03-31 16:21:14
你这附图太小了吧，不好看出啥。。。bootstrap replication 1000就够了，不过这个应该影响不大，分支不明显除了和序列的选择有关，也和你建树的方法有一点相关，可以尝试用不同的算法建树，序列的选择可以选择和它相 ...

你好！我现在遇到一个问题，就是我的序列在NCBI，blast后下载相似度较高的序列，用mega做进化树，但是我的菌与其他菌亲缘性很低，数字都是0,2，不知道到底什么原因？你知道什么原因吗？
赞一下 回复此楼
9楼2015-05-27 18:37:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gnot_nail

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 123q明 at 2015-05-27 18:37:35
你好！我现在遇到一个问题，就是我的序列在NCBI，blast后下载相似度较高的序列，用mega做进化树，但是我的菌与其他菌亲缘性很低，数字都是0,2，不知道到底什么原因？你知道什么原因吗？...

你有先在mega上比对后再建树么，会不会是你忘记比对然后直接建树造成的？如果操作都正常的话，那建议你用其他的建树方法都试一下看是不是都是一样结果，我曾经有次也是构建的亲缘性很低，但具体原因忘了，记得是软件操作上疏忽弄错，后来就正常了。
赞一下 回复此楼
10楼2015-05-27 23:25:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fcff123 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工306 +7 z1z2z3879 2026-03-21 7/350 2026-03-26 17:59 by fmesaito
[考研] 总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂 +4 星沉uu 2026-03-26 5/250 2026-03-26 17:00 by tjDOVE1025
[考研] 271求调剂 +6 生如夏花… 2026-03-22 6/300 2026-03-26 16:48 by 张凯十八号
[考研] 085602 289分求调剂 +8 WWW西西弗斯 2026-03-24 8/400 2026-03-26 16:33 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿华理，数一英一285求A区调剂 +4 AZMK 2026-03-25 6/300 2026-03-26 16:12 by 王小欠i
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 7/350 2026-03-26 16:07 by 不吃魚的貓
[考研] 279 分 求调剂 +3 睡个好觉_16 2026-03-24 3/150 2026-03-26 15:43 by zzll406
[考研] 材料与化工考研调剂 +10 孅華 2026-03-22 10/500 2026-03-26 15:40 by zzll406
[考研] 085600 材料与化工 329分求调剂 +9 Mr. Z 2026-03-25 9/450 2026-03-26 10:36 by baoball
[考研] 机械学硕总分317求调剂！！！！ +4 Acaciad 2026-03-25 4/200 2026-03-25 19:59 by hanserlol
[考研] 招08考数学 +8 laoshidan 2026-03-20 17/850 2026-03-25 17:52 by 一个红太阳
[考研] 【2026考研调剂】制药工程 284分 求相关专业调剂名额 +4 袁奂奂 2026-03-25 8/400 2026-03-25 14:32 by lbsjt
[考研] 318求调剂 +5 plum李子 2026-03-21 8/400 2026-03-25 09:26 by aa331100
[考研] 一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂 +7 jhybd 2026-03-23 12/600 2026-03-24 09:03 by jhybd
[考研] 求调剂 +7 十三加油 2026-03-21 7/350 2026-03-23 23:48 by 热情沙漠
[考研] 材料/农业专业，07/08开头均可，过线就行 +3 呵唔哦豁 2026-03-23 4/200 2026-03-23 22:30 by 汪！？！
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境，总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-23 8/400 2026-03-23 20:36 by Creta
[考研] 269专硕求调剂 +6 金恩贝 2026-03-21 6/300 2026-03-22 14:31 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +4 要好好无聊 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:57 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭