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系统发育树 已有6人参与
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各位同仁大家好： 本人本科时学园林，研究生突然转战内生菌，现在建一个系统发育树，可是做出来有点怪，用DNAman做的，可是分支不明显，bootstrap 10000次，是不是我选择的同源性的序列有问题，现在急着分析，希望大家帮我看看问题出在什么地方了，小女子不胜感激！  DXE}13D5KDB)6I552BZOMGI.png |
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4楼2015-03-31 18:25:25
444565008qq
新虫 (小有名气)
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2楼2015-03-31 15:45:09
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-05-28 08:32:12
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-05-28 08:32:12
| 你这附图太小了吧，不好看出啥。。。bootstrap replication 1000就够了，不过这个应该影响不大，分支不明显除了和序列的选择有关，也和你建树的方法有一点相关，可以尝试用不同的算法建树，序列的选择可以选择和它相似性高的多种菌属还有模式生物，常见的菌属都可以。其次也要注意下进化距离和bootstrap值，比如通常进化距离为0.000然后bootstrap值为100或者99的说明选的这两个序列是同一个东西，可以剔除掉一个，这样之后做的进化树就会比较准一点，还有就是最好不要选择序列长度差异太大的，譬如10个序列有8个长度差不多，但是有2个小很多的，这样你做出来的树也是有问题的。除非如果是客观就有差异的话。 |
3楼2015-03-31 16:21:14
5楼2015-03-31 18:27:07