应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 系统发育树
51/1返回列表
查看: 1586  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

fcff123

新虫 (初入文坛)

[求助] 系统发育树 已有6人参与

各位同仁大家好：
   本人本科时学园林，研究生突然转战内生菌，现在建一个系统发育树，可是做出来有点怪，用DNAman做的，可是分支不明显，bootstrap 10000次，是不是我选择的同源性的序列有问题，现在急着分析，希望大家帮我看看问题出在什么地方了，小女子不胜感激！

系统发育树
DXE}13D5KDB)6I552BZOMGI.png
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-03-31 10:33:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

123q明

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gnot_nail at 2015-03-31 16:21:14
你这附图太小了吧，不好看出啥。。。bootstrap replication 1000就够了，不过这个应该影响不大，分支不明显除了和序列的选择有关，也和你建树的方法有一点相关，可以尝试用不同的算法建树，序列的选择可以选择和它相 ...

你好！我现在遇到一个问题，就是我的序列在NCBI，blast后下载相似度较高的序列，用mega做进化树，但是我的菌与其他菌亲缘性很低，数字都是0,2，不知道到底什么原因？你知道什么原因吗？
赞一下 回复此楼
9楼2015-05-27 18:37:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

444565008qq

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是你选序列的问题吧，
赞一下 回复此楼
2楼2015-03-31 15:45:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gnot_nail

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-05-28 08:32:12
你这附图太小了吧，不好看出啥。。。bootstrap replication 1000就够了，不过这个应该影响不大，分支不明显除了和序列的选择有关，也和你建树的方法有一点相关，可以尝试用不同的算法建树，序列的选择可以选择和它相似性高的多种菌属还有模式生物，常见的菌属都可以。其次也要注意下进化距离和bootstrap值，比如通常进化距离为0.000然后bootstrap值为100或者99的说明选的这两个序列是同一个东西，可以剔除掉一个，这样之后做的进化树就会比较准一点，还有就是最好不要选择序列长度差异太大的，譬如10个序列有8个长度差不多，但是有2个小很多的，这样你做出来的树也是有问题的。除非如果是客观就有差异的话。
赞一下 回复此楼
3楼2015-03-31 16:21:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

谈笑之夜

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
序列选的不好，选择一致性低一点的建树。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
一天又一天
4楼2015-03-31 18:25:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085701环境工程，267求调剂 +4 minht 2026-03-26 4/200 2026-03-26 20:14 by barlinike
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 274求调剂 +14 顾九笙要谦虚 2026-03-24 20/1000 2026-03-26 18:15 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 085602化学工程求调剂。 +4 平乐乐乐 2026-03-26 4/200 2026-03-26 17:57 by fmesaito
[考研] 334分 一志愿武理 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-26 4/200 2026-03-26 16:00 by 不吃魚的貓
[考研] 263求调剂 +6 yqdszhdap－ 2026-03-22 10/500 2026-03-26 13:11 by 公瑾逍遥
[考研] 打过很多竞赛，085406控制工程300分，求调剂 +3 askeladz 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:08 by 给你你注意休息
[考研] 299求调剂 +4 15188958825 2026-03-25 4/200 2026-03-25 22:56 by 418490947
[考研] 308求调剂 +5 墨墨漠 2026-03-25 5/250 2026-03-25 22:19 by 544594351
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪！？！
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
[考研] 299求调剂 +7 shxchem 2026-03-20 9/450 2026-03-25 10:41 by lbsjt
[考研] 306求0703调剂一志愿华中师范 +10 纸鱼ly 2026-03-21 11/550 2026-03-24 17:22 by qingfeng258
[考研] 298求调剂 +8 上岸6666@ 2026-03-20 8/400 2026-03-23 11:02 by laoshidan
[考研] 311求调剂 +3 26研0 2026-03-20 3/150 2026-03-22 14:46 by ColorlessPI
[考研] 考研调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-21 3/150 2026-03-21 20:04 by 无际的草原
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 353求调剂 +3 拉钩不许变 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:56 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭