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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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fcff123

新虫 (初入文坛)

[求助] 系统发育树 已有6人参与

各位同仁大家好：
   本人本科时学园林，研究生突然转战内生菌，现在建一个系统发育树，可是做出来有点怪，用DNAman做的，可是分支不明显，bootstrap 10000次，是不是我选择的同源性的序列有问题，现在急着分析，希望大家帮我看看问题出在什么地方了，小女子不胜感激！

系统发育树
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1楼 2015-03-31 10:33:28
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123q明

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gnot_nail at 2015-03-31 16:21:14
你这附图太小了吧，不好看出啥。。。bootstrap replication 1000就够了，不过这个应该影响不大，分支不明显除了和序列的选择有关，也和你建树的方法有一点相关，可以尝试用不同的算法建树，序列的选择可以选择和它相 ...

你好！我现在遇到一个问题，就是我的序列在NCBI，blast后下载相似度较高的序列，用mega做进化树，但是我的菌与其他菌亲缘性很低，数字都是0,2，不知道到底什么原因？你知道什么原因吗？
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9楼2015-05-27 18:37:35
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444565008qq

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是你选序列的问题吧，
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2楼2015-03-31 15:45:09
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gnot_nail

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-05-28 08:32:12
你这附图太小了吧，不好看出啥。。。bootstrap replication 1000就够了，不过这个应该影响不大，分支不明显除了和序列的选择有关，也和你建树的方法有一点相关，可以尝试用不同的算法建树，序列的选择可以选择和它相似性高的多种菌属还有模式生物，常见的菌属都可以。其次也要注意下进化距离和bootstrap值，比如通常进化距离为0.000然后bootstrap值为100或者99的说明选的这两个序列是同一个东西，可以剔除掉一个，这样之后做的进化树就会比较准一点，还有就是最好不要选择序列长度差异太大的，譬如10个序列有8个长度差不多，但是有2个小很多的，这样你做出来的树也是有问题的。除非如果是客观就有差异的话。
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3楼2015-03-31 16:21:14
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谈笑之夜

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
序列选的不好，选择一致性低一点的建树。

[ 发自小木虫客户端 ]
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一天又一天
4楼2015-03-31 18:25:25
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