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关于gaussian PCM溶剂化模型电荷补偿问题
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请教各位大神！ gaussian PCM输出文档中有Charge compensation : None这一部分，可我用QM/MM计算核酸和小分子配体体系，由于核酸分子使得体系不为中性，那我需不需要向分子动力学对体系添加抗衡离子那样对PCM模型里的charge compensation进行设置？如果需要，那该怎么设置呢？ Polarizable Continuum Model (PCM) ================================= Model : PCM. Atomic radii : UFF (Universal Force Field). Polarization charges : Total charges. Charge compensation : None. Solution method : Iterative solution. Cavity type : Scaled VdW (van der Waals Surface) (Alpha=1.100). Cavity algorithm : GePol (No added spheres) Default sphere list used, NSphG= 834. Lebedev-Laikov grids with approx. 5.0 points / Ang**2. Smoothing algorithm: Karplus/York (Gamma=1.0000). Polarization charges: spherical gaussians, with point-specific exponents (IZeta= 3). Self-potential: point-specific (ISelfS= 7). Self-field : sphere-specific E.n sum rule (ISelfD= 2). 1st derivatives : Analytical E(r).r(x)/FMM algorithm (CHGder, D1EAlg=3). Cavity 1st derivative terms included. Solvent : Water, Eps= 78.355300 Eps(inf)= 1.777849 |
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