应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 先NVT后NVE的扩散系数计算
101/1返回列表
查看: 3548  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

mxbn55

金虫 (小有名气)

[求助] 先NVT后NVE的扩散系数计算 已有2人参与

模拟时先NVT后NVE，此时NVE能量波动一直不随时间变化，但MSD曲线前期和后期波动非常大，尤其是前期这一段，是否有研究的意义？还有我老师一直在强调双对数坐标下的图像，在MSD分析和得出扩散系数时，是否有必要？谢谢

先NVT后NVE的扩散系数计算
200ps nve.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-03-28 10:48:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1，从图中来看，我感觉时间稍短，建议再增加驰誉时间，等后期的msd平衡后再利用斜率求扩散系数
2，msd前期，除非你是专门研究驰誉，否则意义不大
3.你导师是有经验的，对于mad，一般是用对数形式表示，这样才能区分出驰誉过程中的原子运动规律
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-03-29 19:44:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mxbn55

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-29 19:44:30
1，从图中来看，我感觉时间稍短，建议再增加驰誉时间，等后期的msd平衡后再利用斜率求扩散系数
2，msd前期，除非你是专门研究驰誉，否则意义不大
3.你导师是有经验的，对于mad，一般是用对数形式表示，这样才能区 ...

感谢您的回答，不过我有点问题，我之前模拟的MSD图像后期基本都是变化很大的，通常我把后期删除，只算前期正常的斜率，老师说可能是软件计算所致，是这样吗？还有前期，老师认为可能是另外一种扩散机制，是这样吗，与弛豫有关吗？谢谢
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2015-03-30 09:05:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-29 19:44:30
1，从图中来看，我感觉时间稍短，建议再增加驰誉时间，等后期的msd平衡后再利用斜率求扩散系数
2，msd前期，除非你是专门研究驰誉，否则意义不大
3.你导师是有经验的，对于mad，一般是用对数形式表示，这样才能区 ...

“对于mad，一般是用对数形式表示，这样才能区分出驰誉过程中的原子运动规律”
以对数形式，能看出什么样的规律呢，可不可以请您举几个例子，说明一下对数形式画出图之后，各种曲线形式对应的原子运动规律。
赞一下 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2015-03-30 09:21:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-03-30 09:21:28
“对于mad，一般是用对数形式表示，这样才能区分出驰誉过程中的原子运动规律”
以对数形式，能看出什么样的规律呢，可不可以请您举几个例子，说明一下对数形式画出图之后，各种曲线形式对应的原子运动规律。...

先NVT后NVE的扩散系数计算-1

先NVT后NVE的扩散系数计算-2

第二张是对msd取了对数坐标，可以看到 第一张的区分度不大，而第二张区别很明显
草图，见谅
赞一下 回复此楼
5楼2015-03-30 10:01:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-30 10:01:29
第二张是对msd取了对数坐标，可以看到 第一张的区分度不大，而第二张区别很明显
草图，见谅...

谢谢！
回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
6楼2015-03-30 10:11:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjniudong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-29 19:44:30
1，从图中来看，我感觉时间稍短，建议再增加驰誉时间，等后期的msd平衡后再利用斜率求扩散系数
2，msd前期，除非你是专门研究驰誉，否则意义不大
3.你导师是有经验的，对于mad，一般是用对数形式表示，这样才能区 ...

版主好，我算了固态硬脂酸的MSD曲线，根据MSD的性质，在固态时，随时间应渐渐趋于定值，而液态的话是属于线性增加，我简单表征了固态时的MSD曲线，可是随时间感觉是一直有增大的趋势，是时间算的太短了么，NPT下统计的。
先NVT后NVE的扩散系数计算-3
10.png
赞一下 回复此楼
7楼2015-04-14 11:06:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Awcse

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mxbn55 at 2015-03-30 09:05:32
感谢您的回答，不过我有点问题，我之前模拟的MSD图像后期基本都是变化很大的，通常我把后期删除，只算前期正常的斜率，老师说可能是软件计算所致，是这样吗？还有前期，老师认为可能是另外一种扩散机制，是这样吗， ...

版主好？我也想计算一种晶体材料的MD模拟下的MSD但是最近用软件RINGS处理觉得有些问题，不知道版主是如何处理数据的，麻烦赐教一下！可否留下您的QQ？
赞一下 回复此楼
8楼2015-12-22 09:01:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjj318

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

内容已删除
赞一下 回复此楼
9楼2015-12-22 09:41:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Awcse

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by wjj318 at 2015-12-22 09:41:29
直接用MS的forsite 模块不就能直接处理数据吗？你说的RINGS没用过啊，有啥好处啊。...

你好，我做的是VASP的MD，不是CMD，对了还有请教您个问题，NVT做MSD好还是NVE好啊？为什么我看文献上面说的都是NVT
赞一下 回复此楼
10楼2016-01-13 20:28:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mxbn55 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 288求调剂，一志愿华南理工大学071005 +5 ioodiiij 2026-03-17 5/250 2026-03-19 18:22 by zcl123
[考研] 0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章 +13 rare12345 2026-03-18 13/650 2026-03-19 17:30 by jean5056
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +8 薛云鹏 2026-03-13 8/400 2026-03-19 15:36 by haoshis
[考研] 346求调剂[0856] +3 WayneLim327 2026-03-16 6/300 2026-03-19 11:21 by WayneLim327
[考研] 267一志愿南京工业大学0817化工求调剂 +10 SUICHILD 2026-03-12 10/500 2026-03-19 09:51 by Delta2012
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +5 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 6/300 2026-03-18 17:53 by 无际的草原
[考研] 297求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-17 8/400 2026-03-18 14:30 by laoshidan
[考研] 302求调剂 +10 呼呼呼。。。。 2026-03-17 10/500 2026-03-18 12:45 by Linda Hu
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 材料，纺织，生物（0856、0710），化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
[考研] 0703化学336分求调剂 +6 zbzihdhd 2026-03-15 7/350 2026-03-18 09:53 by zhukairuo
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:12 by ruiyingmiao
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +6 RuitingC 2026-03-12 6/300 2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] ［0860］321分求调剂，ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[硕博家园] 085600 260分求调剂 +3 天空还下雨么 2026-03-13 5/250 2026-03-13 18:46 by 天空还下雨么
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭