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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 先NVT后NVE的扩散系数计算
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mxbn55

金虫 (小有名气)

[求助] 先NVT后NVE的扩散系数计算 已有2人参与

模拟时先NVT后NVE，此时NVE能量波动一直不随时间变化，但MSD曲线前期和后期波动非常大，尤其是前期这一段，是否有研究的意义？还有我老师一直在强调双对数坐标下的图像，在MSD分析和得出扩散系数时，是否有必要？谢谢

先NVT后NVE的扩散系数计算
200ps nve.png
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1楼 2015-03-28 10:48:41
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1，从图中来看，我感觉时间稍短，建议再增加驰誉时间，等后期的msd平衡后再利用斜率求扩散系数
2，msd前期，除非你是专门研究驰誉，否则意义不大
3.你导师是有经验的，对于mad，一般是用对数形式表示，这样才能区分出驰誉过程中的原子运动规律
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2楼2015-03-29 19:44:30
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mxbn55

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-29 19:44:30
1，从图中来看，我感觉时间稍短，建议再增加驰誉时间，等后期的msd平衡后再利用斜率求扩散系数
2，msd前期，除非你是专门研究驰誉，否则意义不大
3.你导师是有经验的，对于mad，一般是用对数形式表示，这样才能区 ...

感谢您的回答，不过我有点问题，我之前模拟的MSD图像后期基本都是变化很大的，通常我把后期删除，只算前期正常的斜率，老师说可能是软件计算所致，是这样吗？还有前期，老师认为可能是另外一种扩散机制，是这样吗，与弛豫有关吗？谢谢
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3楼2015-03-30 09:05:32
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-29 19:44:30
1，从图中来看，我感觉时间稍短，建议再增加驰誉时间，等后期的msd平衡后再利用斜率求扩散系数
2，msd前期，除非你是专门研究驰誉，否则意义不大
3.你导师是有经验的，对于mad，一般是用对数形式表示，这样才能区 ...

“对于mad，一般是用对数形式表示，这样才能区分出驰誉过程中的原子运动规律”
以对数形式，能看出什么样的规律呢，可不可以请您举几个例子，说明一下对数形式画出图之后，各种曲线形式对应的原子运动规律。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2015-03-30 09:21:28
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-03-30 09:21:28
“对于mad，一般是用对数形式表示，这样才能区分出驰誉过程中的原子运动规律”
以对数形式，能看出什么样的规律呢，可不可以请您举几个例子，说明一下对数形式画出图之后，各种曲线形式对应的原子运动规律。...

先NVT后NVE的扩散系数计算-1

先NVT后NVE的扩散系数计算-2

第二张是对msd取了对数坐标，可以看到 第一张的区分度不大，而第二张区别很明显
草图，见谅
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5楼2015-03-30 10:01:29
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-30 10:01:29
第二张是对msd取了对数坐标，可以看到 第一张的区分度不大，而第二张区别很明显
草图，见谅...

谢谢！
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
6楼2015-03-30 10:11:30
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xjniudong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-29 19:44:30
1，从图中来看，我感觉时间稍短，建议再增加驰誉时间，等后期的msd平衡后再利用斜率求扩散系数
2，msd前期，除非你是专门研究驰誉，否则意义不大
3.你导师是有经验的，对于mad，一般是用对数形式表示，这样才能区 ...

版主好，我算了固态硬脂酸的MSD曲线，根据MSD的性质，在固态时，随时间应渐渐趋于定值，而液态的话是属于线性增加，我简单表征了固态时的MSD曲线，可是随时间感觉是一直有增大的趋势，是时间算的太短了么，NPT下统计的。
先NVT后NVE的扩散系数计算-3
10.png
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7楼2015-04-14 11:06:28
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Awcse

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mxbn55 at 2015-03-30 09:05:32
感谢您的回答，不过我有点问题，我之前模拟的MSD图像后期基本都是变化很大的，通常我把后期删除，只算前期正常的斜率，老师说可能是软件计算所致，是这样吗？还有前期，老师认为可能是另外一种扩散机制，是这样吗， ...

版主好？我也想计算一种晶体材料的MD模拟下的MSD但是最近用软件RINGS处理觉得有些问题，不知道版主是如何处理数据的，麻烦赐教一下！可否留下您的QQ？
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8楼2015-12-22 09:01:34
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wjj318

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

内容已删除
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9楼2015-12-22 09:41:29
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Awcse

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by wjj318 at 2015-12-22 09:41:29
直接用MS的forsite 模块不就能直接处理数据吗？你说的RINGS没用过啊，有啥好处啊。...

你好，我做的是VASP的MD，不是CMD，对了还有请教您个问题，NVT做MSD好还是NVE好啊？为什么我看文献上面说的都是NVT
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10楼2016-01-13 20:28:20
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