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mxbn55

金虫 (小有名气)

[求助] 先NVT后NVE的扩散系数计算 已有2人参与

模拟时先NVT后NVE,此时NVE能量波动一直不随时间变化,但MSD曲线前期和后期波动非常大,尤其是前期这一段,是否有研究的意义?还有我老师一直在强调双对数坐标下的图像,在MSD分析和得出扩散系数时,是否有必要?谢谢

先NVT后NVE的扩散系数计算
200ps nve.png
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1,从图中来看,我感觉时间稍短,建议再增加驰誉时间,等后期的msd平衡后再利用斜率求扩散系数
2,msd前期,除非你是专门研究驰誉,否则意义不大
3.你导师是有经验的,对于mad,一般是用对数形式表示,这样才能区分出驰誉过程中的原子运动规律
2楼2015-03-29 19:44:30
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mxbn55

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-29 19:44:30
1,从图中来看,我感觉时间稍短,建议再增加驰誉时间,等后期的msd平衡后再利用斜率求扩散系数
2,msd前期,除非你是专门研究驰誉,否则意义不大
3.你导师是有经验的,对于mad,一般是用对数形式表示,这样才能区 ...

感谢您的回答,不过我有点问题,我之前模拟的MSD图像后期基本都是变化很大的,通常我把后期删除,只算前期正常的斜率,老师说可能是软件计算所致,是这样吗?还有前期,老师认为可能是另外一种扩散机制,是这样吗,与弛豫有关吗?谢谢
3楼2015-03-30 09:05:32
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-29 19:44:30
1,从图中来看,我感觉时间稍短,建议再增加驰誉时间,等后期的msd平衡后再利用斜率求扩散系数
2,msd前期,除非你是专门研究驰誉,否则意义不大
3.你导师是有经验的,对于mad,一般是用对数形式表示,这样才能区 ...

“对于mad,一般是用对数形式表示,这样才能区分出驰誉过程中的原子运动规律”
以对数形式,能看出什么样的规律呢,可不可以请您举几个例子,说明一下对数形式画出图之后,各种曲线形式对应的原子运动规律。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
4楼2015-03-30 09:21:28
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-03-30 09:21:28
“对于mad,一般是用对数形式表示,这样才能区分出驰誉过程中的原子运动规律”
以对数形式,能看出什么样的规律呢,可不可以请您举几个例子,说明一下对数形式画出图之后,各种曲线形式对应的原子运动规律。...

先NVT后NVE的扩散系数计算-1

先NVT后NVE的扩散系数计算-2

第二张是对msd取了对数坐标,可以看到 第一张的区分度不大,而第二张区别很明显
草图,见谅
5楼2015-03-30 10:01:29
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-30 10:01:29
第二张是对msd取了对数坐标,可以看到 第一张的区分度不大,而第二张区别很明显
草图,见谅...

谢谢!
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
6楼2015-03-30 10:11:30
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xjniudong

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-29 19:44:30
1,从图中来看,我感觉时间稍短,建议再增加驰誉时间,等后期的msd平衡后再利用斜率求扩散系数
2,msd前期,除非你是专门研究驰誉,否则意义不大
3.你导师是有经验的,对于mad,一般是用对数形式表示,这样才能区 ...

版主好,我算了固态硬脂酸的MSD曲线,根据MSD的性质,在固态时,随时间应渐渐趋于定值,而液态的话是属于线性增加,我简单表征了固态时的MSD曲线,可是随时间感觉是一直有增大的趋势,是时间算的太短了么,NPT下统计的。
先NVT后NVE的扩散系数计算-3
10.png

7楼2015-04-14 11:06:28
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Awcse

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by mxbn55 at 2015-03-30 09:05:32
感谢您的回答,不过我有点问题,我之前模拟的MSD图像后期基本都是变化很大的,通常我把后期删除,只算前期正常的斜率,老师说可能是软件计算所致,是这样吗?还有前期,老师认为可能是另外一种扩散机制,是这样吗, ...

版主好?我也想计算一种晶体材料的MD模拟下的MSD但是最近用软件RINGS处理觉得有些问题,不知道版主是如何处理数据的,麻烦赐教一下!可否留下您的QQ?
8楼2015-12-22 09:01:34
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wjj318

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

内容已删除
9楼2015-12-22 09:41:29
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Awcse

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by wjj318 at 2015-12-22 09:41:29
直接用MS的forsite 模块不就能直接处理数据吗?你说的RINGS没用过啊,有啥好处啊。...

你好,我做的是VASP的MD,不是CMD,对了还有请教您个问题,NVT做MSD好还是NVE好啊?为什么我看文献上面说的都是NVT
10楼2016-01-13 20:28:20
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