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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】MS中小分子在沸石中擴散之設定
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alphawei

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS中小分子在沸石中擴散之設定已有6人参与

又?砬蠼蹋�
測試MS引用內建LTA沸石晶體，但是要如何將水放到裡面模擬擴散係數？參考範例用PDMS的方法OK，但是ZEOLITE有一些問題：
（1）先前試過直接複製水分子貼到LTA中，不能執行。
（2）將LTA用AMORPHOUS CELL模組進行PACKING也不行。
是否有先進有比較詳細STEP BY STEP程序？
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1楼2010-10-27 13:03:57
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-01 22:19:27
扩散的话应该先做吸附吧，用Sorption中的Fixed loading把一定量的水分子吸附在LTA结构中，然后再做MD计算，就可以了。
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2楼2010-10-27 13:21:52
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alphawei

金虫 (小有名气)
謝囉！趕快?碓囋嚳矗�
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3楼2010-10-27 17:16:16
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alphawei

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流~台湾同胞吗？ 2010-11-01 22:19:55
試了一陣子，約略可行。
（1）先用SORPTION模塊中，FIXED LOADING加入水分子個數。
（2）選取水分子集合。（後續分析時會用到）
（3）用FORCITE模塊，DYNAMIC計算。
（4）用FORCITE中ANALYZE功能，分析MSD。
粗略結果是可行，會再找一個文獻上數值比較計算結果。
只不過一直看不太懂為何後續時間的值會掉下?怼�
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4楼2010-11-01 21:39:48
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alphawei

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-03 08:01:06
找了一篇論文測試擴散係數，但是結果有些奇怪。
像水在MFI晶體上之分子動力模擬擴散，在249K時，50 ps之文獻之MSD只有100左右，而我則到了1800A2，
另一個系統水在4A分子篩模擬，我的結果又比文獻小很多，不知哪裡設定有所遺漏。
前兩天看蟲友說DISCOVER及FORCITE的重複性不太好，莫非被我碰上了？但是希望是自己功力不好，否則選了一個有問題的工具，後面的戲就唱不下去！
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5楼2010-11-02 22:10:36
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by alphawei at 2010-11-02 22:10:36:
找了一篇論文測試擴散係數，但是結果有些奇怪。
像水在MFI晶體上之分子動力模擬擴散，在249K時，50 ps之文獻之MSD只有100左右，而我則到了1800A2，
另一個系統水在4A分子篩模擬，我的結果又比文獻小很多，不知哪 ...

你的系综力场什么的，都跟文献一样吗？
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好好学习，天天向上。
6楼2010-11-02 23:53:44
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alphawei

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-11-17 22:44:46
重新測試，選用COMPASS力場，與文獻同為NVE，這次MSD選了文獻上249K，354K及491K比較，大概都小2-3倍左右。
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7楼2010-11-17 22:15:52
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-18 12:47:05
引用回帖:
Originally posted by alphawei at 2010-11-17 22:15:52:
重新測試，選用COMPASS力場，與文獻同為NVE，這次MSD選了文獻上249K，354K及491K比較，大概都小2-3倍左右。

已经很接近了，力场设定如果与文献也完全相同的话，加长模拟时间试试。另外，盒子大小是不是也有可能影响结果呢？
有一个问题不明白：为什么要使用NVE系综，而不是NVT呢？
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8楼2010-11-18 10:05:26
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alphawei

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-18 23:17:09
我看一般文獻也用NVT，但這一篇比較水在MFI中擴散的因為作了較多組溫度，所以選了和他一樣的方法，確定他是用NVE。
只是有些小疑問，NVT可以看成系統在?a溫下之擴散，那NVE？擴散過程是否造成能量損失？
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9楼2010-11-18 21:55:50
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alphawei

金虫 (小有名气)
對於ZEOLITE中水分子擴散，有一篇提到沸石結構模型採用全剛性，半剛性及全柔性三種，對水的擴散之MSD影響挺大，約略差了3-4倍，但是不知在MS中如何設定？
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10楼2010-11-22 21:51:57
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