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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Lammps 并行效率
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yanghl11

铜虫 (小有名气)

[交流] Lammps 并行效率 已有4人参与

发现Lammps在集群下跨节点的并行效率好低,  集群上每个节点有12个核, 分别测试了单节点1, 2, 4, 8, 12核, 2节点24核, 3节点36核, 4节点48核, 5节点60核, 结果如下:
Lammps 并行效率
还有发现Other time 随着节点数增多也出奇的增多, 请问这个是Lammps编译的问题吗?
还有对于一个问题如果有最佳的核数, 那如何找出一个体系的最佳核数呢?
非常感谢.
Lammps 并行效率-1
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活着，就是为了创造奇迹！
1楼 2015-03-27 23:47:02
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abinitio

版主 (著名写手)
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lammps的并行 效率，可以看一下Comm  time时间，如果这个时间占用值太大，说明 选用的核数太多，效率不高。
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2楼2015-03-29 19:47:36
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)
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2楼: Originally posted by abinitio at 2015-03-29 19:47:36
lammps的并行 效率，可以看一下Comm  time时间，如果这个时间占用值太大，说明 选用的核数太多，效率不高。

我想请教一下这个最佳核数与执行的任务是否有关，比如静态minimize和动态的run最佳核数会不同吗。另外不同的服务器是否也有影响？
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3楼2015-03-30 14:05:41
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abinitio

版主 (著名写手)
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3楼: Originally posted by lx_PICO at 2015-03-30 14:05:41
我想请教一下这个最佳核数与执行的任务是否有关，比如静态minimize和动态的run最佳核数会不同吗。另外不同的服务器是否也有影响？...

呵呵，这个就不知道了，上面那个参数还是在小木虫学到的。我一般不太关注效率，能算就行。属于笨人那类
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4楼2015-03-30 14:36:12
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
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请问楼主如何找到lammps并行计算的最佳核数？
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5楼2016-04-26 15:43:27
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deepbluezq

新虫 (初入文坛)
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请教楼主，我跨节点并行失败，能不能指导一下。有没有QQ，感谢
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6楼2017-09-30 10:41:45
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deepbluezq

新虫 (初入文坛)
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楼主，请问跨节点计算用的脚本和提交作业命令是什么？我单节点计算正常，跨节点失败，能提供些帮助吗，不胜感激！
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7楼2017-09-30 10:44:02
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